Jest to polecenie gmx-disre, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gmx-disre - Analizuj ograniczenia odległości
STRESZCZENIE
gmx disre [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-c [<.ndx>]] [- ds [<.xvg>]] [-W [<.xvg>]] [-dn [<.xvg>]]
[-dm [<.xvg>]] [-dr [<.xvg>]] [-l [<.log>]] [-q [<.pdf>]]
[-x [<.xpm>]] [-b ] [-e ] [-DT ] [-[teraz]
[-xvg ] [-ntop ] [-maxdr ]
[-npoziomy ] [- [nie] trzeci]
OPIS
gmx złość oblicza naruszenia ograniczeń odległości. Program zawsze oblicza
naruszenia natychmiastowe, a nie uśrednione w czasie, ponieważ analiza ta jest wykonywana na podstawie:
trajektorii, nie ma sensu używać uśredniania czasu. Jednak czas
w pliku dziennika podane są średnie wartości na utwierdzenie.
Plik indeksu może zostać użyty do wybrania określonych ograniczeń drukowania.
Kiedy opcjonalne -q flaga jest podana a .pdf plik pokolorowany według ilości średniej
naruszenia
Podczas -c zostanie podana opcja, zostanie odczytany plik indeksu zawierający ramki z pliku
trajektorię odpowiadającą klastrom (zdefiniowanym w inny sposób), które chcesz
analizować. Dla tych skupień program obliczy średnie naruszenia przy użyciu trzeciego
algorytm uśredniania mocy i wydrukuj je w pliku dziennika.
OPCJE
Opcje do określenia plików wejściowych:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Przenośny plik wejściowy xdr run
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (viol.ndx) (Opcjonalnie)
Plik indeksu
-c [<.ndx>] (clust.ndx) (Opcjonalnie)
Plik indeksu
Opcje do określenia plików wyjściowych:
- ds [<.xvg>] (drsum.xvg)
plik xvgr/xmgr
-W [<.xvg>] (draver.xvg)
plik xvgr/xmgr
-dn [<.xvg>] (drnum.xvg)
plik xvgr/xmgr
-dm [<.xvg>] (drmax.xvg)
plik xvgr/xmgr
-dr [<.xvg>] (rest.xvg)
plik xvgr/xmgr
-l [<.log>] (disres.log)
Plik dziennika
-q [<.pdf>] (viol.pdb) (Opcjonalnie)
Plik banku danych białka
-x [<.xpm>] (macierz.xpm) (Opcjonalnie)
Plik macierzy zgodny z X PixMap
Inne opcje:
-b (0)
Pierwsza klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-e (0)
Ostatnia klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-DT (0)
Używaj ramki tylko wtedy, gdy t MOD dt = pierwszy raz (ps)
-[teraz (Nie)
Zobacz dane wyjściowe .xvg, .xpm, eps oraz .pdf pliki
-xvg
Formatowanie wykresu xvg: xmgrace, xmgr, brak
-ntop (0)
Liczba dużych naruszeń zapisywanych w pliku dziennika na każdym kroku
-maxdr (0)
Naruszenie maksymalnej odległości na wyjściu matrycy. Jeśli jest mniejszy lub równy 0, maksimum
zostaną ustalone na podstawie danych.
-npoziomy (20)
Liczba poziomów na wyjściu macierzy
- [nie] trzeci (tak)
Użyj odwrotnego uśredniania trzeciej potęgi lub liniowego dla wyjścia matrycy
Użyj gmx-disre online, korzystając z usług onworks.net
