gmx-editconf — online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

gmx-editconf - Konwertuje i manipuluje plikami strukturalnymi

STRESZCZENIE

gmx edytuj konf. [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]] [- chłopak [<.dat>]]
[-o [<.gro/.g96/...>]] [-miód pitny [<.pqr>]] [-[teraz]
[-[nie]ndef] [-bt ] [-pudełko ]
[-kąty ] [-d ] [-[nie]c]
[-środek ] [-wyrównaj środek ]
[-wyrównywać ] [-Tłumaczyć ]
[-obracać się ] [-[nie]książę] [-skala ]
[-gęstość ] [-[nie]pbc] [-resnr ] [-[nie]uchwyć]
[-rvdw ] [-[nie]sig56] [-[nie]vdwread] [-[nie]atom]
[-[nie]legenda] [-etykieta ] [-[nie]połącz]

OPIS

gmx edycja konf konwertuje ogólny format struktury na .gro, g96 or .pdf.

Pudełko można modyfikować za pomocą opcji -pudełko, -d i -kąty. Zarówno -pudełko i -d będzie centrum
system w pudełku, chyba że -noc Jest używane.

Option -bt określa typ skrzynki: trójskośny jest skrzynką trójskośną, sześcienny jest prostokątem
pudełko ze wszystkimi bokami równymi dwunastościan reprezentuje rombowy dwunastościan i oktaedr is
ścięty ośmiościan. Dwa ostatnie to szczególne przypadki pudełka trójskośnego. Długość
trzy wektory skrzynkowe ośmiościanu ściętego to najkrótsza odległość między nimi
przeciwległe sześciokąty. W stosunku do sześciennego pudełka z pewną okresową odległością obrazu, objętość
dwunastościanu o tej samej odległości okresowej jest 0.71 razy większa od sześcianu i
że ośmiościanu ściętego wynosi 0.77 razy.

Option -pudełko wymaga tylko jednej wartości dla dwunastościanu sześciennego, rombowego lub obciętego
pudełko ośmiościenne.

Z -d oraz trójskośny pole rozmiar systemu w x-, y-, oraz z-kierunki są
używany. Z -d i sześcienny, dwunastościan or oktaedr pudełka, wymiary są ustawione na
średnica układu (największa odległość między atomami) plus dwukrotność określonej odległości.

Option -kąty ma sens tylko z opcją -pudełko i pudełko trójskośne i nie mogą być używane
z opcją -d.

Kiedy -n or -ndef jest ustawiona, można wybrać grupę do obliczenia rozmiaru i
środek geometryczny, w przeciwnym razie używany jest cały system.

-obracać się obraca współrzędne i prędkości.

-książę wyrównuje główne osie układu wzdłuż osi współrzędnych, z najdłuższą
oś zrównana z x-oś. Może to pozwolić ci zmniejszyć głośność pudełka, ale uważaj
że cząsteczki mogą obracać się znacznie w ciągu nanosekundy.

Skalowanie jest stosowane przed wykonaniem jakichkolwiek innych operacji. Pudełka i współrzędne
można przeskalować, aby uzyskać określoną gęstość (opcja -gęstość). Zauważ, że tak może być
niedokładne w przypadku a .gro plik jest podany jako dane wejściowe. Specjalna funkcja opcji skalowania
polega na tym, że gdy współczynnik -1 jest podany w jednym wymiarze, otrzymuje się lustrzane odbicie, lustrzane odbicie
w jednym z samolotów. Kiedy używa się -1 w trzech wymiarach, obraz lustrzany punktowy jest
uzyskane.

Grupy są wybierane po zastosowaniu wszystkich operacji.

Okresowość można usunąć w prymitywny sposób. Ważne jest, aby wektory pudełkowe w
dolnej części pliku wejściowego są poprawne, gdy okresowość ma zostać usunięta.

Podczas pisania .pdf plików, współczynniki B można dodać za pomocą - chłopak opcja. Czynniki B są odczytywane
z pliku o następującym formacie: pierwsza linia podaje liczbę wpisów w pliku,
następne wiersze określają indeks, po którym następuje współczynnik B. Współczynniki B zostaną dołączone wg
pozostałość, chyba że indeks jest większy niż liczba reszt lub -atom opcja
jest ustawiony. Oczywiście zamiast współczynników B można dodać dowolny typ danych liczbowych. -legenda
wytworzy rząd atomów CA o współczynnikach B w zakresie od minimum do maksimum
znaleziona wartość, skutecznie tworząc legendę do przeglądania.

Z opcją -miód pitny Specjalne .pdf (.pqr) dla programu elektrostatycznego MEAD
(solwer Poissona-Boltzmanna). Kolejnym warunkiem wstępnym jest, aby plik wejściowy był plikiem
uruchom plik wejściowy. Pole współczynnika B jest następnie wypełniane promieniem Van der Waalsa
atomów, podczas gdy pole zajętości utrzyma ładunek.

Opcja -chwyt jest podobny, ale umieszcza ładunki we współczynniku B i promieniu
obłożenie.

Option -wyrównywać umożliwia wyrównanie głównej osi określonej grupy względem
dany wektor, z opcjonalnym środkiem obrotu określonym przez -wyrównaj środek.

Wreszcie z opcją -etykieta, edycja konf może dodać identyfikator łańcucha do a .pdf plik, który może
przydać się do analizy z np. Rasmolem.

Aby przekonwertować obcięty plik ośmiościanu utworzony przez pakiet, który używa sześciennego pudełka z
z odciętymi rogami (np. GROMOS), użyj:

gmx editconf -f in -rotate 0 45 35.264 -bt o -box veclen -o out

gdzie veclen jest wielkością sześciennego pudełka razy kwadrat(3)/2.

OPCJE

Opcje do określenia plików wejściowych:

-f [<.gro/.g96/...>] (konf.gro)
Plik struktury: Gro g96 pdb brk ent szczególnie Tpr

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opcjonalnie)
Plik indeksu

- chłopak [<.dat>] (bfact.dat) (Opcjonalnie)
Ogólny plik danych

Opcje do określenia plików wyjściowych:

-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro) (Opcjonalnie)
Plik struktury: Gro g96 pdb brk ent szczególnie

-miód pitny [<.pqr>] (miód pitny.pqr) (Opcjonalnie)
Plik współrzędnych dla MEAD

Inne opcje:

-[teraz (Nie)
Zobacz dane wyjściowe .xvg, .xpm, eps i .pdf pliki

-[nie]ndef (Nie)
Wybierz dane wyjściowe z domyślnych grup indeksów

-bt (trójskośny)
Typ skrzynki dla -pudełko i -d: trójskośny, sześcienny, dwunastościan, ośmiościan

-pudełko (0 0 0)
Długości wektora pudełkowego (a, b, c)

-kąty (90 90 90)
Kąty między wektorami skrzynkowymi (bc,ac,ab)

-d (0)
Odległość między substancją rozpuszczoną a pudełkiem

-[nie]c (Nie)
Środkowa cząsteczka w pudełku (sugerowana przez -pudełko i -d)

-środek (0 0 0)
Współrzędne środka geometrycznego

-wyrównaj środek (0 0 0)
Środek obrotu do wyrównania

-wyrównywać (0 0 0)
Wyrównaj do wektora docelowego

-Tłumaczyć (0 0 0)
Tłumaczenie

-obracać się (0 0 0)
Obrót wokół osi X, Y i Z w stopniach

-[nie]książę (Nie)
Zorientuj molekuły wzdłuż ich głównych osi

-skala (1 1 1)
Współczynnik skalowania

-gęstość (1000)
Gęstość (g/L) skrzynki wyjściowej uzyskana przez skalowanie

-[nie]pbc (Nie)
Usuń okresowość (uczyń cząsteczkę ponownie całością)

-resnr (-1)
Przenumeruj reszty zaczynając od resnr

-[nie]uchwyć (Nie)
Zapisz ładunek atomu w polu współczynnika B, a promień atomu w
pole okupacyjne

-rvdw (0.12)
Domyślny promień Van der Waalsa (w nm), jeśli nie można go znaleźć w bazie danych lub jeśli
w pliku topologii nie ma żadnych parametrów

-[nie]sig56 (Nie)
Użyj rmin/2 (minimum w potencjale Van der Waalsa) zamiast sigma/2

-[nie]vdwread (Nie)
Odczytaj promienie Van der Waalsa z pliku vdwradii.dat zamiast obliczać
promienie w oparciu o pole siłowe

-[nie]atom (Nie)
Wymuś przyłączenie czynnika B na atom

-[nie]legenda (Nie)
Stwórz legendę współczynnika B

-etykieta ()
Dodaj etykietę łańcucha dla wszystkich pozostałości

-[nie]połącz (Nie)
Dodaj rekordy CONECT do a .pdf plik po zapisaniu. Można to zrobić tylko wtedy, gdy topologia jest
teraźniejszość

ZNANE ZAGADNIENIA

· W przypadku złożonych cząsteczek procedura usuwania okresowości może się załamać, w takim przypadku Ty
można użyć gmx trjconv.

Użyj gmx-editconf online, korzystając z usług onworks.net