To jest polecenie gmx-freevolume, które można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gmx-freevolume - Oblicz wolną objętość
STRESZCZENIE
wolny wolumin gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [ty ] [-xvg ] [-[nie]rmpbc]
[-sf ] [-selrpos ] [-Wybierz ]
[-promień ] [-nasionko ] [-wstaw ]
OPIS
gmx wolna objętość oblicza objętość swobodną w pudełku w funkcji czasu. Wolna objętość
jest wykreślany jako ułamek całkowitej objętości. Program próbuje wstawić sondę z a
dany promień do pola symulacji i jeśli odległość między sondą a dowolnym atomem
jest mniejsza niż suma promieni van der Waalsa obu atomów, pozycja jest brana pod uwagę
być zajętym, czyli niewolnym. Używając promienia sondy równego 0, rzeczywista wolna objętość wynosi
obliczone. Używając większego promienia, np. 0.14 nm, z grubsza odpowiadającego wodzie
cząsteczka, wytworzy się objętość swobodna dla hipotetycznej cząstki o takim rozmiarze.
Należy jednak zauważyć, że ponieważ atomy są traktowane jako twarde kule, liczba ta jest bardzo duża
przybliżone i zazwyczaj tylko względne zmiany mają znaczenie, na przykład poprzez wykonanie a
seria symulacji w różnych temperaturach.
Grupa określona przez wybór jest uważana za wyznaczającą wolumin niewolny. The
liczba wtrąceń na jednostkę objętości jest ważna, aby uzyskać zbieżny wynik. O
1000/nm^3 daje całkowite odchylenie standardowe, które jest określone przez fluktuacje w
trajektorii, a nie fluktuacjami wynikającymi z liczb losowych.
Wyniki są krytycznie zależne od promieni van der Waalsa; zalecamy skorzystanie z
wartości ze względu na Bondiego (1964).
Ułamkowa wolna objętość (FFV), której lubią używać niektórzy autorzy, wynosi 1 - 1.3*(1-wolna
Tom). Ta wartość jest drukowana na terminalu.
OPCJE
Opcje do określenia plików wejściowych:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Opcjonalnie)
Wprowadź trajektorię lub pojedynczą konfigurację: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Opcjonalnie)
Struktura wejścia: Tpr Gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opcjonalnie)
Dodatkowe grupy indeksów
Opcje do określenia plików wyjściowych:
-o [<.xvg>] (wolna objętość.xvg) (Opcjonalnie)
Obliczona wolna objętość
Inne opcje:
-b (0)
Pierwsza klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-e (0)
Ostatnia klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-DT (0)
Używaj ramki tylko wtedy, gdy t MOD dt == pierwszy raz (ps)
ty (ps)
Jednostka dla wartości czasu: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg (xmgracja)
Formatowanie wykresu: brak, xmgrace, xmgr
-[nie]rmpbc (tak)
Twórz cząsteczki w całości dla każdej klatki
-sf
Podaj wybory z plików
-selrpos (atom)
Wybór pozycji odniesienia: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
cal_res_com, caly_res_cog, caly_mol_com, caly_mol_cog, part_res_com,
część_res_cog, część_mol_com, część_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_kog
-Wybierz
Atomy, które są uważane za część wykluczonej objętości
-promień (0)
Promień sondy, która ma zostać wprowadzona (nm, 0 daje rzeczywistą wolną objętość)
-nasionko (-1)
Seed dla generatora liczb losowych.
-wstaw (1000)
Liczba prób wstawienia sondy na nm sześcienny dla każdej klatki na trajektorii.
Korzystaj z gmx-freevolume online, korzystając z usług onworks.net
