gmx-insert-molecules - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

gmx-insert-molecules - Wstaw molekuły do ​​istniejących wolnych miejsc

STRESZCZENIE

cząsteczki wstawek gmx [-f [<.gro/.g96/...>]] [-to [<.gro/.g96/...>]]
[-IP [<.dat>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-pudełko ]
[-nmol ] [-próbować ] [-nasionko ]
[-promień ] [-skala ] [-dr ]
[-gnić ]

OPIS

gmx wstawiane cząsteczki Wkłady -nmol kopie systemu określonego w ust -to plik wejściowy.
Insercje mają miejsce albo w pustej przestrzeni w konformacji substancji rozpuszczonej podanej w
-flub do pustego pola podanego przez -pudełko. Określenie obu -f i -pudełko zachowuje się jak -f, ale
umieszcza nowe pudełko wokół substancji rozpuszczonej przed wstawieniem. Wszelkie obecne prędkości są
odrzucone.

Domyślnie pozycje wstawiania są losowe (z początkowym ziarnem określonym przez -nasionko).
program iteruje do -nmol cząsteczki zostały wstawione do pudełka. Molekuły nie
wstawiony, gdzie odległość między jakimkolwiek istniejącym atomem a dowolnym atomem wstawionego
cząsteczka jest mniejsza niż suma oparta na promieniach van der Waalsa obu atomów. Baza danych
(vdwradii.dat) promieni van der Waalsa jest odczytywana przez program, a promienie wynikowe
skalowane przez -skala. Jeśli promienie nie zostaną znalezione w bazie danych, atomom tym przypisuje się tzw
(wstępnie przeskalowana) odległość -promień.

W sumie -nmol * -próbować próby włożenia są podejmowane przed poddaniem się. Zwiększyć -próbować Jeśli ty
mieć kilka małych dziur do wypełnienia. Opcja -gnić określa, czy cząsteczki insercyjne
są losowo zorientowane przed próbami wstawienia.

Alternatywnie, cząsteczki mogą być wstawiane tylko w pozycjach zdefiniowanych w position.dat
(-IP). Ten plik powinien mieć 3 kolumny (x,y,z), które podają przemieszczenia w porównaniu do
pozycja cząsteczki wejściowej (-to). Stąd, jeśli ten plik powinien zawierać absolut
pozycjach, cząsteczka musi być wyśrodkowana na (0,0,0) przed użyciem gmx wstawiane cząsteczki
(np. z gmx edycja konf -środek). Komentarze w tym pliku zaczynające się od # są ignorowane.
Option -dr określa maksymalne dopuszczalne przemieszczenia podczas prób wstawiania. -próbować i
-gnić pracować jak w trybie domyślnym (patrz wyżej).

OPCJE

Opcje do określenia plików wejściowych:

-f [<.gro/.g96/...>] (białko.gro) (Opcjonalnie)
Istniejąca konfiguracja do wstawienia do: Gro g96 pdb brk ent szczególnie Tpr

-to [<.gro/.g96/...>] (wstaw.gro)
Konfiguracja do wstawienia: Gro g96 pdb brk ent szczególnie Tpr

-IP [<.dat>] (pozycje.dat) (Opcjonalnie)
Predefiniowane pozycje próbne wprowadzania

Opcje do określenia plików wyjściowych:

-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro)
Konfiguracja wyjścia po włożeniu: Gro g96 pdb brk ent szczególnie

Inne opcje:

-pudełko (0 0 0)
Rozmiar pudełka (w nm)

-nmol (0)
Liczba dodatkowych cząsteczek do wstawienia

-próbować (10)
Spróbuj wstawić -nmol czasy -próbować czasy

-nasionko (1997)
Losowe ziarno generatora

-promień (0.105)
Domyślna odległość van der Waalsa

-skala (0.57)
Współczynnik skali do pomnożenia promieni Van der Waalsa z bazy danych w
share/gromacs/top/vdwradii.dat. Domyślna wartość 0.57 daje gęstość zbliżoną do
1000 g/l dla białek w wodzie.

-dr (0 0 0)
Dozwolone przemieszczenie w x/y/z z pozycji w -IP filet

-gnić
Losowo obracaj wstawione cząsteczki: xyz, z, brak

Korzystaj z gmx-insert-molecules online, korzystając z usług onworks.net