Jest to polecenie gmx-mdmat, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gmx-mdmat - Oblicz mapy kontaktów pozostałości
STRESZCZENIE
gmx mdmat [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-oznaczać [<.xpm>]] [-ramki [<.xpm>]] [-Nie [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-xvg ]
[-t ] [-npoziomy ]
OPIS
gmx mdmat tworzy macierze odległości składające się z najmniejszej odległości między resztami
pary. Z -ramki, te macierze odległości można przechowywać, aby zobaczyć różnice
struktura trzeciorzędowa w funkcji czasu. Jeśli wybierzesz opcje nierozsądnie, może to nastąpić
wygeneruj duży plik wyjściowy. Domyślnie tylko uśredniona macierz z całości
wyprowadzana jest trajektoria. Również liczba różnych kontaktów atomowych pomiędzy
można wykonać pozostałości na całej trajektorii. Dane wyjściowe można przetwarzać za pomocą gmx
xpm2ps aby utworzyć wykres PostScript (tm).
OPCJE
Opcje do określenia plików wejściowych:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktura + masa (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opcjonalnie)
Plik indeksu
Opcje do określenia plików wyjściowych:
-oznaczać [<.xpm>] (dm.xpm)
Plik macierzy zgodny z X PixMap
-ramki [<.xpm>] (dmf.xpm) (Opcjonalnie)
Plik macierzy zgodny z X PixMap
-Nie [<.xvg>] (liczba xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr
Inne opcje:
-b (0)
Pierwsza klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-e (0)
Ostatnia klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-DT (0)
Używaj ramki tylko wtedy, gdy t MOD dt = pierwszy raz (ps)
-xvg
Formatowanie wykresu xvg: xmgrace, xmgr, brak
-t (1.5)
odległość ścinania
-npoziomy (40)
Dyskretyzuj odległość w tej liczbie poziomów
Użyj gmx-mdmat online, korzystając z usług onworks.net
