Jest to polecenie gmx-nmtraj, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gmx-nmtraj - Wygeneruj wirtualną trajektorię oscylacyjną z wektora własnego
STRESZCZENIE
gmx nmtraj [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-obcy ]
[-fazy ] [-temp ] [-amplituda ]
[-nframe ]
OPIS
gmx nmtraj generuje wirtualną trajektorię z wektora własnego, odpowiadającego a
harmoniczne oscylacje kartezjańskie wokół struktury średniej. Wektory własne powinny
zwykle są ważone masą, ale do generowania można używać nieważonych wektorów własnych
ruchy ortogonalne. Ramki wyjściowe są zapisywane jako plik trajektorii obejmujący całość
okres, a pierwsza klatka to średnia struktura. Jeśli napiszesz trajektorię w (lub
przekonwertować na) format PDB, możesz go wyświetlić bezpośrednio w PyMol, a także renderować fotorealistycznie
film. Amplitudy ruchu wyliczane są z wartości własnych i zadanej temperatury,
przy założeniu ekwipodziału energii na wszystkie mody. Aby ruch był wyraźnie widoczny w
PyMol, możesz go wzmocnić, ustawiając nierealistycznie wysoką temperaturę.
Należy jednak pamiętać, że zarówno liniowe przemieszczenia kartezjańskie, jak i ważenie masy będą mieć wpływ
prowadzić do poważnych deformacji konstrukcji przy dużych amplitudach – jest to po prostu ograniczenie
kartezjańskiego modelu trybu normalnego. Domyślnie wybrany wektor własny jest ustawiony na 7, ponieważ
pierwsze sześć postaci normalnych to translacyjne i obrotowe stopnie swobody.
OPCJE
Opcje do określenia plików wejściowych:
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktura + masa (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent
-v [<.trr/.cpt/...>] (własne.trr)
Pełna precyzyjna trajektoria: tr CPT tng
Opcje do określenia plików wyjściowych:
-o [<.xtc/.trr/...>] (nmtraj.xtc)
Trajektoria: xtc tr Gro g96 pdb tng
Inne opcje:
-obcy (7)
Ciąg wektorów własnych do użycia (pierwszy to 1)
-fazy (0.0)
Ciąg faz (domyślnie 0.0)
-temp (300)
Temperatura (K)
-amplituda (0.25)
Amplituda dla modów z wartością własną<=0
-nframe (30)
Liczba klatek do wygenerowania
Użyj gmx-nmtraj online, korzystając z usług onworks.net
