gmx-rdf — online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

gmx-rdf - Oblicz promieniowe funkcje rozkładu

STRESZCZENIE

gmx rdf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-cn [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [ty ] [-xvg ] [-[nie]rmpbc]
[-[nie]pbc] [-sf ] [-selrpos ] [-wybierz typ ]
[-kosz ] [-[nie] norma] [-[nie]xy] [-[nie] wył] [-skaleczenie ]
[-rmaks ] [-surfować ] [-ref ]
[-Sól ]

OPIS

gmx rdf oblicza promieniowe funkcje rozkładu z jednego zestawu odniesienia pozycji (zestaw
w -ref) do jednego lub więcej zestawów pozycji (zestaw za pomocą -Sól). Aby obliczyć RDF za pomocą
względem najbliższej pozycji w zestawie -ref zamiast tego użyj -surfować: jeśli ustawione, to -ref is
podzielone na zestawy na podstawie wartości -surfować, a najbliższa pozycja w każdym zestawie to
używany. Aby obliczyć RDF wokół osi równoległych do z-osi, tj. tylko w x-y samolot,
posługiwać się -xy.

Aby ustawić szerokość pojemnika i maksymalną odległość do użycia w RDF, użyj -kosz i -rmaks,
odpowiednio. Ten ostatni może być użyty do ograniczenia kosztów obliczeniowych, jeśli RDF nie jest
odsetki do wartości domyślnej (połowa rozmiaru pudełka z PBC, trzykrotność rozmiaru pudełka
bez PBC).

Aby użyć wykluczeń z topologii (-s), ustawić -wyklucz i upewnić się, że oba -ref i -Sól
wybierz tylko atomy. Bardziej zgrubną alternatywą wykluczenia pików wewnątrzcząsteczkowych jest ustawienie -skaleczenie
do wartości niezerowej, aby wyczyścić RDF na małych odległościach.

RDF są znormalizowane przez 1) średnią liczbę pozycji w -ref (liczba grup
w -surfować), 2) objętość pojemnika oraz 3) średnia gęstość cząstek -Sól stanowiska dla
ten wybór. Aby użyć tylko pierwszego czynnika do normalizacji, ustaw -nienormalne. W tym przypadku,
RDF jest skalowany tylko z szerokością pojemnika, aby całka krzywej reprezentowała
liczba par w przedziale. Zauważ, że wykluczenia nie wpływają na normalizację: nawet
if -wyklucz jest ustawiony, lub -ref i -Sól zawierają ten sam wybór, współczynnik normalizacji wynosi
nadal N*M, a nie N*(M-wykluczone).

W razie zamówieenia projektu -surfować, wybór podany do -ref musi wybrać atomy, tj. środki masy nie są
utrzymany. Dalej, -nienormalne jest dorozumiany, ponieważ pojemniki mają nieregularne kształty i objętość
kosza nie jest łatwo obliczyć.

Option -cn daje skumulowaną liczbę RDF, czyli średnią liczbę cząstek w środku
odległość r.

OPCJE

Opcje do określenia plików wejściowych:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Opcjonalnie)
Wprowadź trajektorię lub pojedynczą konfigurację: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Opcjonalnie)
Struktura wejścia: Tpr Gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opcjonalnie)
Dodatkowe grupy indeksów

Opcje do określenia plików wyjściowych:

-o [<.xvg>] (rdf.xvg)
Obliczone RDF

-cn [<.xvg>] (rdf_cn.xvg) (Opcjonalnie)
Skumulowane pliki RDF

Inne opcje:

-b (0)
Pierwsza klatka (ps) do odczytania z trajektorii

-e (0)
Ostatnia klatka (ps) do odczytania z trajektorii

-DT (0)
Używaj ramki tylko wtedy, gdy t MOD dt == pierwszy raz (ps)

ty (ps)
Jednostka dla wartości czasu: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (xmgracja)
Formatowanie wykresu: brak, xmgrace, xmgr

-[nie]rmpbc (tak)
Twórz cząsteczki w całości dla każdej klatki

-[nie]pbc (tak)
Używaj okresowych warunków brzegowych do obliczania odległości

-sf
Podaj wybory z plików

-selrpos (atom)
Wybór pozycji odniesienia: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
cal_res_com, caly_res_cog, caly_mol_com, caly_mol_cog, part_res_com,
część_res_cog, część_mol_com, część_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_kog

-wybierz typ (atom)
Domyślne pozycje wyjściowe wyboru: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
cal_res_com, caly_res_cog, caly_mol_com, caly_mol_cog, part_res_com,
część_res_cog, część_mol_com, część_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_kog

-kosz (0.002)
Szerokość pojemnika (nm)

-[nie] norma (tak)
Normalizuj objętość i gęstość pojemnika

-[nie]xy (Nie)
Użyj tylko składowych x i y odległości

-[nie] wył (Nie)
Użyj wykluczeń z topologii

-skaleczenie (0)
Najkrótsza odległość (nm), którą należy wziąć pod uwagę

-rmaks (0)
Największa odległość (nm) do obliczenia

-surfować (Nie)
RDF względem powierzchni wzorca: no, mol, res

-ref
Wybór odniesienia do obliczeń RDF

-Sól
Wybory do obliczenia RDF z odniesienia

Korzystaj z gmx-rdf online, korzystając z usług onworks.net