To jest polecenie gmx-rmsf, które można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gmx-rmsf - Oblicz fluktuacje atomowe
STRESZCZENIE
gmx rmsf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdf>]] [-ok [<.pdf>]] [-wół [<.pdf>]] [-o [<.xvg>]]
[-od [<.xvg>]] [-ok [<.xvg>]] [-reż [<.log>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-[teraz] [-xvg ] [-[nie]rez]
[-[nie] aniso] [-[Nie pasuje]
OPIS
gmx rmsf oblicza pierwiastek średniej kwadratowej fluktuacji (RMSF, czyli odchylenie standardowe) z
pozycje atomów w trajektorii (dostarczane z -f) po (opcjonalnie) dopasowaniu do a
ramka odniesienia (dostarczana z -s).
Z opcji -ok wartości RMSF są konwertowane na wartości współczynnika B, które są zapisywane do a
.pdf pliku ze współrzędnymi, pliku struktury lub pliku a .pdf plik kiedy -q is
określony. Opcja -wół zapisuje współczynniki B do pliku ze średnimi współrzędnymi.
Z opcją -od pierwiastek średniego kwadratowego odchylenia w odniesieniu do struktury odniesienia
jest wyliczone.
Z opcją -anizo, gmx rmsf obliczy anizotropowe współczynniki temperatury, a następnie to
wyświetli również średnie współrzędne i a .pdf plik z zapisami ANISOU (zgodny z
dotychczasowy -ok or -wół opcja). Należy pamiętać, że wartości U zależą od orientacji, więc wcześniej
porównanie z danymi eksperymentalnymi powinieneś sprawdzić, czy pasujesz do eksperymentu
współrzędne
Kiedy .pdf plik wejściowy jest przekazywany do programu, a plik -anizo flaga jest ustawiona na korelację
Wykres Uij zostanie utworzony, jeśli w układzie występują anizotropowe czynniki temperaturowe
.pdf plik.
Z opcji -reż średnia macierz MSF (3x3) jest przekątna. To pokazuje kierunki
w którym atomy fluktuują najbardziej i najmniej.
OPCJE
Opcje do określenia plików wejściowych:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktura + masa (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opcjonalnie)
Plik indeksu
-q [<.pdf>] (eiwit.pdb) (Opcjonalnie)
Plik banku danych białka
Opcje do określenia plików wyjściowych:
-ok [<.pdf>] (bfac.pdb) (Opcjonalnie)
Plik banku danych białka
-wół [<.pdf>] (xaver.pdb) (Opcjonalnie)
Plik banku danych białka
-o [<.xvg>] (rmsf.xvg)
plik xvgr/xmgr
-od [<.xvg>] (rmsdev.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr
-ok [<.xvg>] (correl.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr
-reż [<.log>] (rmsf. log) (Opcjonalnie)
Plik dziennika
Inne opcje:
-b (0)
Pierwsza klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-e (0)
Ostatnia klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-DT (0)
Używaj ramki tylko wtedy, gdy t MOD dt = pierwszy raz (ps)
-[teraz (Nie)
Zobacz dane wyjściowe .xvg, .xpm, eps i .pdf pliki
-xvg
Formatowanie wykresu xvg: xmgrace, xmgr, brak
-[nie]rez (Nie)
Oblicz średnie dla każdej reszty
-[nie] aniso (Nie)
Oblicz anizotropowe współczynniki temperatury
-[Nie pasuje (tak)
Wykonaj superpozycję metodą najmniejszych kwadratów przed obliczeniem RMSF. Bez tego musisz zrobić
upewnij się, że struktura odniesienia i trajektoria są zgodne.
Korzystaj z gmx-rmsf online, korzystając z usług onworks.net
