Jest to polecenie gmx-rotacf, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gmx-rotacf - Oblicz funkcję korelacji rotacyjnej dla cząsteczek
STRESZCZENIE
gmx rotacf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-DT ]
[-[teraz] [-xvg ] [-[ukłon] [-[nie]średnio]
[-akclen ] [-[nie]normalizuj] [-P ]
[-fitfn ] [-początek ] [-koniec ]
OPIS
gmx rotacf oblicza funkcję korelacji rotacyjnej dla cząsteczek. Trójki atomowe
(i,j,k) musi być podany w pliku indeksowym, definiując dwa wektory ij i jk. Obrotowy
ACF oblicza się jako funkcję autokorelacji wektora n = ij x jk, tj
iloczyn krzyżowy dwóch wektorów. Ponieważ trzy atomy rozciągają się na płaszczyznę, rząd trzech
atomy nie mają znaczenia. Opcjonalnie, wywołując metodę -d przełącznik, możesz obliczyć
funkcja korelacji rotacyjnej dla cząsteczek liniowych poprzez określenie par atomów (i,j) w
plik indeksu.
PRZYKŁADY
gmx rotacf -P 1 -nparm 2 -fff -n wskaźnik -o rotacf-x-P1 -fa expfit-x-P1 -początek 2.5
-koniec 20.0
Spowoduje to obliczenie funkcji korelacji rotacyjnej przy użyciu Legendre'a pierwszego rzędu
wielomian kąta wektora zdefiniowanego w pliku indeksu. Funkcja korelacji
zostanie dopasowany od 2.5 ps do 20.0 ps do wykładniczej dwuparametrowej.
OPCJE
Opcje do określenia plików wejściowych:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Przenośny plik wejściowy xdr run
-n [<.ndx>] (indeks.ndx)
Plik indeksu
Opcje do określenia plików wyjściowych:
-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
plik xvgr/xmgr
Inne opcje:
-b (0)
Pierwsza klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-e (0)
Ostatnia klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-DT (0)
Używaj ramki tylko wtedy, gdy t MOD dt = pierwszy raz (ps)
-[teraz (Nie)
Zobacz dane wyjściowe .xvg, .xpm, eps i .pdf pliki
-xvg
Formatowanie wykresu xvg: xmgrace, xmgr, brak
-[ukłon (Nie)
Użyj dubletów indeksu (wektorów) dla funkcji korelacji zamiast trójek (płaszczyzny)
-[nie]średnio (tak)
Średnia w stosunku do cząsteczek
-akclen (-1)
Długość ACF, domyślnie połowa liczby klatek
-[nie]normalizuj (tak)
Normalizuj ACF
-P (0)
Kolejność wielomianu Legendre'a dla ACF (0 oznacza brak): 0, 1, 2, 3
-fitfn (None)
Funkcja dopasowania: brak, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-początek (0)
Czas, od którego zacząć dopasowywanie wykładnicze funkcji korelacji
-koniec (-1)
Czas, w którym zakończyć dopasowanie wykładnicze funkcji korelacji, -1 jest do czasu
zakończenia
Korzystaj z gmx-rotacf online, korzystając z usług onworks.net
