Jest to polecenie gmx-trjorder, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gmx-trjorder - Uporządkuj cząsteczki według ich odległości od grupy
STRESZCZENIE
gmx trjorder [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-nshell [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-xvg ] [-nie ]
[-W ] [-[bez komentarza] [-r ] [-[nie]z]
OPIS
gmx trjorder porządkuje cząsteczki według najmniejszej odległości od atomów w odniesieniu
group lub na współrzędnej z (z opcją -z). W przypadku zamawiania na odległość poprosi o:
grupa atomów odniesienia i grupa cząsteczek. Dla każdej klatki trajektorii
wybrane cząsteczki zostaną uporządkowane zgodnie z najkrótszą odległością między atomami
numer -W w cząsteczce i wszystkich atomach w grupie odniesienia. Środek masy
poprzez ustawienie można zastosować cząsteczki zamiast atomu odniesienia -W do 0. Wszystkie atomy w
trajektoria są zapisywane w trajektorii wyjściowej.
gmx trjorder może być przydatny np. do analizy n wód znajdujących się najbliżej białka. W tym
przypadku grupą odniesienia byłoby białko, a grupa cząsteczek składałaby się z
wszystkie atomy wody. Kiedy tworzona jest grupa indeksowa pierwszych n wód, porządek
trajektorię można wykorzystać w dowolnym programie GROMACS do analizy n najbliższych wód.
Jeżeli plikiem wyjściowym jest plik .pdf plik, w którym zostanie zapisana odległość do celu referencyjnego
pole B-factor w celu pokolorowania np. Rasmolem.
Z opcji -nshell liczba cząsteczek w otoczce o promieniu -r wokół
drukowane są grupy referencyjne.
OPCJE
Opcje do określenia plików wejściowych:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktura + masa (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opcjonalnie)
Plik indeksu
Opcje do określenia plików wyjściowych:
-o [<.xtc/.trr/...>] (zamówione.xtc) (Opcjonalnie)
Trajektoria: xtc tr Gro g96 pdb tng
-nshell [<.xvg>] (nshell.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr
Inne opcje:
-b (0)
Pierwsza klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-e (0)
Ostatnia klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-DT (0)
Używaj ramki tylko wtedy, gdy t MOD dt = pierwszy raz (ps)
-xvg
Formatowanie wykresu xvg: xmgrace, xmgr, brak
-nie (3)
Liczba atomów w cząsteczce
-W (1)
Atom używany do obliczania odległości, 0 to COM
-[bez komentarza (Nie)
Użyj odległości do środka masy grupy odniesienia
-r (0)
Wartość odcięcia używana do obliczania odległości podczas obliczania liczby cząsteczek
otoczka wokół np. białka
-[nie]z (Nie)
Uporządkuj cząsteczki na współrzędnej z
Skorzystaj z usługi gmx-trjorder online, korzystając z usług onworks.net
