go2xmlp - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text — narzędzie do konwersji i jego opakowania

STRESZCZENIE

go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontologia/*.ontologia
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontology/gene_ontology.obo

OPIS

analizuje dowolny plik ontologii w stylu GO/OBO i zapisuje go w innym formacie

ARGUMENTY
-e BŁĄD

zapisuje błędy parsowania w XML - domyślnie STDERR (w dobrze nie powinno być błędów parsowania)
utworzone pliki)

-p FORMAT

określa, którego parsera użyć; jeśli nie zostanie określony, zgadnie na podstawie pliku
przyrostek. Zobacz poniżej formaty

-w|pisarz FORMAT

format wyjścia - patrz poniżej lista

-|xslt XSLT

Nazwa lub nazwa pliku transformacji XSLT

Może to być albo bezwzględna ścieżka do pliku w dowolnym miejscu w systemie plików, albo po prostu
być nazwą xslt; np

go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo

Jeśli nazwa jest podana, to najpierw przeszukane zostaną $GO_ROOT/xml/xsl/*.xsl; Jeśli
GO_ROOT nie jest ustawione, wtedy przeszukany zostanie katalog modułów perla, w którym zainstalowano GO (
xslts zostanie tutaj automatycznie zainstalowany, jeśli postępujesz zgodnie z normalnym procesem instalacji)

-użyj_pamięci podręcznej
Jeśli ten przełącznik jest określony, tryb buforowania jest włączony.

W trybie buforowania przy pierwszym analizowaniu pliku pojawi się dodatkowy plik
eksportowane w specjalnym formacie, który można szybko przeanalizować. Ten plik będzie miał taką samą nazwę pliku
jako oryginalny plik, z wyjątkiem tego, że będzie miał przyrostek „.cache”.

Następnym razem, gdy będziesz analizować plik, ten program automatycznie sprawdzi, czy istnieje?
pliku „.cache”. Jeśli istnieje i jest nowszy niż podany plik, to
jest analizowany. Jeśli nie istnieje, jest odbudowywany.

Przyniesie to poprawę prędkości b z poniższych formatów wyjściowych (takich jak
lista ścieżek). Większość formatów wyjściowych działa z parsowaniem opartym na zdarzeniach, więc buforowanie obiektu przynosi
bez korzyści i w rzeczywistości będzie wolniejsze niż ominięcie pamięci podręcznej

FORMATY
zapisywalne formaty są

dalej
Pliki z rozszerzeniem „.ontology”

Przechowują one ontologiczne DAG-y

go_def
Pliki z przyrostkiem ".defs"

go_xref
Odniesienia do zewnętrznej bazy danych dla terminów GO

Pliki z sufiksem „2go” (np. ec2go, metacyc2go)

go_assoc
Adnotacje genów lub produktów genów za pomocą GO

Pliki z przedrostkiem „powiązanie genów”.

obo_tekst
Pliki z sufiksem „.obo”

Jest to nowy zamiennik formatu plików dla istniejących płaskich formatów plików GO. Ono
obsługuje ontologie, definicje i odnośniki (ale nie skojarzenia)

obo_xml
Pliki z sufiksem „.obo.xml” lub „.obo-xml”

To jest wersja XML powyższego formatu plików płaskich OBO

prolog
fakty dotyczące prologu - do ich użycia potrzebny będzie kompilator/interpreter prologu. Możesz
uzasadnić te fakty za pomocą Obola lub nadchodzącego projektu Bio-LP

tbl prosta (stratna) reprezentacja tabelaryczna

streszczenie
może być używany zarówno w plikach ontologicznych, jak i plikach asocjacyjnych

ścieżka
pokazuje wszystkie ścieżki do korzenia

sowa Format OWL (domyślnie: OWL-DL)

OWL to standardowy format W3C dla ontologii

Aby to uruchomić, będziesz potrzebować plików XSL z pełnej dystrybucji go-dev; zobacz XML
sekcja whttp://www.godatabase.org/dev>

obj_yaml
reprezentacja YAML obiektu GO::Model::Graph

obiekt_przechowywalny
Zrzut obiektu perl GO::Model::Graph. Aby to zrobić, potrzebujesz funkcji Przechowywane z CPAN
Praca. Ma to na celu buforowanie obiektów w systemie plików, aby uzyskać szybki dostęp. ten
reprezentacja obj_storable może nie być przenośna

tekst_html
Format wyjściowy OBO z obsługą HTML

godb_prestor
XML, który mapuje bezpośrednio do relacyjnego schematu GODB (można następnie załadować za pomocą
jeleń-storenode.pl)

chadodb_prestor
XML, który mapuje bezpośrednio do relacyjnego schematu Chado (można następnie załadować za pomocą
jeleń-storenode.pl)

DOKUMENTACJA
<http://www.godatabase.org/dev>

Korzystaj z go2xmlp online, korzystając z usług onworks.net