To jest polecenie gt-chseqids, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych internetowych stacji roboczych, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gt-chseqids - Zmień identyfikatory sekwencji przez mapowanie podane w pliku mapowania.
STRESZCZENIE
gt chseqidy [opcja ...] plik_mapowania [plik_GFF3]
OPIS
-sortować [tak|nie]
posortuj funkcje GFF3 po zmianie identyfikatorów sekwencji (zużycie pamięci wynosi
proporcjonalna do rozmiaru pliku wejściowego) (domyślnie: nie)
-v [tak|nie]
być gadatliwym (domyślnie: nie)
-o [filename]
przekieruj wyjście do określonego pliku (domyślnie: niezdefiniowane)
-gzip [tak|nie]
napisz skompresowany plik wyjściowy gzip (domyślnie: nie)
-bzip2 [tak|nie]
zapisz skompresowany plik wyjściowy bzip2 (domyślnie: nie)
-siła [tak|nie]
wymuś zapis do pliku wyjściowego (domyślnie: nie)
-Pomoc
wyświetl pomoc i wyjdź
-wersja
wyświetl informacje o wersji i wyjdź
Format pliku dla pliku mapowania:
Dostarczony plik mapowania definiuje tabelę mapowania o nazwie „chseqids”. Odwzorowuje
wpisy regionu sekwencji podane w pliku_GFF3 innym nazwom. Można go zdefiniować jako
następuje:
chsekid = {
chr1 = "seq1",
chr2 = "seq2"
}
W przypadku użycia tego przykładu wszystkie identyfikatory sekwencji „chr1” zostaną zmienione na „seq1” i wszystkie
identyfikatory sekwencji „chr2” do „seq2”.
RAPORTOWANIE ROBAKI
Zgłoś błędy do[email chroniony]>.
Korzystaj z gt-chseqids online za pomocą usług onworks.net
