Jest to polecenie gt-csa, które można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gt-csa - Przekształć splatane linie trasowania z pliku GFF3 w konsensusowe splatane linie trasowania.
STRESZCZENIE
gt CSA [opcja...] [plik_GFF3]
OPIS
- długość łączenia [wartość]
ustaw długość łączenia dla grupowania ze splicingiem (domyślnie: 300)
-v [tak|nie]
być gadatliwym (domyślnie: nie)
-o [filename]
przekieruj wyjście do określonego pliku (domyślnie: niezdefiniowane)
-gzip [tak|nie]
napisz skompresowany plik wyjściowy gzip (domyślnie: nie)
-bzip2 [tak|nie]
zapisz skompresowany plik wyjściowy bzip2 (domyślnie: nie)
-siła [tak|nie]
wymuś zapis do pliku wyjściowego (domyślnie: nie)
-Pomoc
wyświetl pomoc i wyjdź
-wersja
wyświetl informacje o wersji i wyjdź
PRZYKŁAD:
Załóżmy, że mamy plik GFF3 csa_example_spliced_alignments.gff3 zawierający
po czterech zachodzących na siebie splicingowych dopasowaniach (reprezentowanych jako geny z egzonami jako
dzieci):
##gff-wersja 3
##region-sekwencji seq 1 290
nast. gen 1 209 . + . ID=gen1
nast. ekson 1 90 . + . Rodzic=gen1
nast. ekson 110 190 . + . Rodzic=gen1
nast. ekson 201 209 . + . Rodzic=gen1
# # #
nast. gen 1 290 . + . ID=gen2
nast. ekson 1 90 . + . Rodzic=gen2
nast. ekson 101 190 . + . Rodzic=gen2
nast. ekson 201 290 . + . Rodzic=gen2
# # #
nast. gen 10 290 . + . ID=gen3
nast. ekson 10 90 . + . Rodzic=gen3
nast. ekson 110 190 . + . Rodzic=gen3
nast. ekson 201 290 . + . Rodzic=gen3
# # #
nast. gen 181 290 . + . ID=gen4
nast. ekson 181 190 . + . Rodzic=gen4
nast. ekson 201 290 . + . Rodzic=gen4
# # #
Aby obliczyć konsensus splicingu, nazywamy:
$ gt csa csa_example_spliced_alignments.gff3
Który zwraca:
##gff-wersja 3
##region-sekwencji seq 1 290
seq gt csa gen 1 290. + . ID=gen1
seq gt csa mRNA 1. + . ID=mRNA290;Rodzic=gen1
seq gt csa ekson 1 90 . + . Rodzic=mRNA1
seq gt csa ekson 110 190 . + . Rodzic=mRNA1
seq gt csa ekson 201 290 . + . Rodzic=mRNA1
seq gt csa mRNA 1. + . ID=mRNA290;Rodzic=gen2
seq gt csa ekson 1 90 . + . Rodzic=mRNA2
seq gt csa ekson 101 190 . + . Rodzic=mRNA2
seq gt csa ekson 201 290 . + . Rodzic=mRNA2
# # #
Jak widać, zostały one połączone w konsensusowe dopasowanie splicingu (reprezentowane jako
geny z mRNA jako dziećmi, które z kolei mają egzony jako dzieci) z dwoma alternatywami
formy łączenia. Pierwsza i trzecia linia trasowania splicingu zostały połączone w pierwszą
alternatywnej formy splicingu (mRNA1) oraz drugiego i czwartego dopasowania do splicingu
druga forma alternatywnego splicingu (mRNA2).
Jak widać, drugi ekson z pierwszej alternatywnej formy splicingowej jest krótszy niż ekson
odpowiedni egzon z drugiej alternatywnej formy splicingowej.
RAPORTOWANIE ROBAKI
Zgłoś błędy do[email chroniony]>.
Korzystaj z gt-csa online korzystając z usług onworks.net
