gtf2gff3p — online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

gtf2gff3 - Konwertuje pliki w formacie GTF na prawidłowe pliki GFF3

WERSJA

Ten dokument opisuje wersję 0.1

STRESZCZENIE

gtf2gff3 --cfg gtf2gff3_MOJA_KONFIG.cfg plik_gtf > plik_gff3

OPIS

Ten skrypt przekonwertuje pliki w formacie GTF na prawidłowe pliki w formacie GFF3. Będzie mapować
wartość w kolumnie 3 (kolumna \"typ\") do poprawnego SO, ale ponieważ wiele niestandardowych terminów
może pojawić się w tej kolumnie w plikach GTF, możesz edytować plik konfiguracyjny, aby podać swój własny
Funkcja GTF do mapowania SO. Skrypt zbuduje również modele genów z eksonów, CDS i
inne cechy podane w pliku GTF. Obecnie jest testowany na Ensemble i Twinscan
GTF i powinien działać na wszystkich innych plikach zgodnych z tą samą specyfikacją. To robi
nie działa na GTF z przeglądarki tabel UCSC, ponieważ te pliki używają tego samego identyfikatora dla genu
i transkryptu, więc nie jest możliwe zgrupowanie wielu transkryptów w jednym genie. Zobacz
README dołączone do skryptu, aby uzyskać więcej informacji.

OPCJE:

--konf
Podaj nazwę pliku dla pliku konfiguracyjnego. Zobacz plik konfiguracyjny dostarczony wraz z tym
skrypt do szczegółów formatu. Użyj tego pliku konfiguracyjnego, aby zmodyfikować zachowanie
scenariusz. Jeśli nie podano pliku konfiguracyjnego, szuka pliku ./gtf2gff3.cfg, ~/gtf2gff3.cfg or
/etc/gtf2gff3.cfg w tej kolejności.

--help
Podaj szczegółowy komunikat pomocy dotyczący stylu strony podręcznika, a następnie wyjdź.

DIAGNOSTYKA

„BŁĄD: brakujące lub niestandardowe atrybuty: parse_attributes”
Wiersz w pliku GTF nie miał żadnych atrybutów lub jego kolumna atrybutów była
nie do przeanalizowania.

„BŁĄD: Nieobsługiwana funkcja genów nietranskrypcyjnych. Skontaktuj się z autorem w celu uzyskania pomocy:
gen_kompilacji"
To ostrzeżenie wskazuje, że wiersz został pominięty, ponieważ zawierał nie transkrypcję
funkcja genu, a kod nie jest obecnie przystosowany do obsługi tego typu funkcji.
To prawdopodobnie nie jest trudne do dodania, więc skontaktuj się ze mną, jeśli pojawi się ten błąd i chcesz
chcesz mieć te funkcje obsługiwane.

"BŁĄD: Musi mieć przynajmniej egzony lub CDS, aby zbudować transkrypcję: build_trnsc"
Niektóre funkcje miały identyfikator transkrypcji, a mimo to nie było żadnych egzonów ani CDS powiązanych z
ten identyfikator_transkrypcji, więc skrypt nie zbudował transkrypcji.

"BŁĄD: konflikt seq_id: validate_and_finish_trnsc"
Znaleziono dwie funkcje w tej samej transkrypcji, które nie mają tego samego identyfikatora seq_id.

"BŁĄD: konflikt źródeł: validate_and_finish_trnsc"
Znaleziono dwie funkcje w tej samej transkrypcji, które nie mają tego samego źródła.

"BŁĄD: konflikt typów: validate_and_finish_trnsc"
Znaleziono dwie funkcje w tej samej transkrypcji, które miały mieć to samo
typ, a jednak tego nie zrobili.

„BŁĄD: konflikt nici: validate_and_finish_trnsc”
Znaleziono dwie cechy w tym samym transkrypcie, które nie mają tej samej nici.

"BŁĄD: konflikt identyfikatorów sekwencji: validate_and_build_gene"
Znaleziono dwie cechy w obrębie tego samego genu, które nie mają tego samego identyfikatora seq_id.

"BŁĄD: konflikt źródeł: validate_and_build_gene"
Znaleziono dwie cechy w obrębie tego samego genu, które nie mają tego samego źródła.

„BŁĄD: konflikt nici: validate_and_build_gene”
Znaleziono dwie cechy w obrębie tego samego genu, które nie mają tej samej nici.

„BŁĄD: konflikt identyfikatora_genu: validate_and_build_gene”
Znaleziono dwie cechy w obrębie tego samego genu, które nie mają tego samego identyfikatora genu.

„KRYTYCZNY: Nie można otworzyć pliku GTF: nazwa_pliku do odczytu”.
Nie można otworzyć pliku GTF do odczytu.

„KRYTYCZNE: Potrzebujesz eksonów lub CDS-ów do tworzenia transkrypcji: process_start”
Funkcja start_codon została opatrzona adnotacjami, a mimo to nie było powiązanych żadnych egzonów ani CDS
z tym identyfikatorem transkrypcji, więc skrypt się nie powiódł.

„KRYTYCZNY: Nieprzetestowany kod w process_start. Skontaktuj się z autorem w celu uzyskania pomocy”.
Skrypt jest napisany, aby wywnioskować kodon startowy na podstawie obecności 5' UTR, ale my
nie mieliśmy przykładowego GTF tego typu podczas pisania kodu, więc raczej zabiliśmy proces
niż uruchomić nieprzetestowany kod. Skontaktuj się z autorem, aby uzyskać pomoc.

„KRYTYCZNY: Nieprawidłowy zestaw funkcji: process_start”
Próbowaliśmy rozważyć wszystkie możliwe sposoby wnioskowania o kodonie startowym lub wnioskowania aa nie-
kodowanie genu, a jednak zawiedliśmy. Twoja kombinacja cech genów nie czyni
sens do nas. Nigdy nie powinieneś otrzymać tego błędu, a jeśli tak, naprawdę chcielibyśmy zobaczyć
plik GTF, który go wygenerował. Skontaktuj się z autorem w celu uzyskania pomocy.

„KRYTYCZNE: Potrzebujesz egzonów lub CDS-ów do tworzenia transkrypcji: process_stop”
Funkcja stop_codon została opisana, a mimo to nie było żadnych egzonów ani CDS powiązanych z
ten identyfikator transkrypcji, więc skrypt się nie powiódł.

„KRYTYCZNY: Nieprzetestowany kod w process_stop. Skontaktuj się z autorem w celu uzyskania pomocy”.
Skrypt jest napisany, aby wywnioskować kodon stop na podstawie obecności 3' UTR, ale my
nie mieliśmy przykładowego GTF tego typu podczas pisania kodu, więc raczej zabiliśmy proces
niż uruchomić nieprzetestowany kod. Skontaktuj się z autorem, aby uzyskać pomoc.

„KRYTYCZNY: Nieprawidłowy zestaw funkcji: process_stop”
Próbowaliśmy rozważyć wszystkie możliwe sposoby wnioskowania o kodonie stop lub wnioskowania aa non-
kodowanie genu, a jednak zawiedliśmy. Twoja kombinacja cech genów nie czyni
sens do nas. Nigdy nie powinieneś otrzymać tego błędu, a jeśli tak, naprawdę chcielibyśmy zobaczyć
plik GTF, który go wygenerował. Skontaktuj się z autorem w celu uzyskania pomocy.

„KRYTYCZNY: Nieprawidłowy zestaw funkcji: process_exon_CDS_UTR”
Próbowaliśmy rozważyć wszystkie możliwe sposoby wnioskowania egzonów, CDS i UTR, a jednak…
przegrany. Twoja kombinacja cech genów nie ma dla nas sensu. Naprawdę
powinien kiedykolwiek otrzymać ten błąd, a jeśli tak, naprawdę chcielibyśmy zobaczyć plik GTF, który
wygenerował go. Skontaktuj się z autorem w celu uzyskania pomocy.

„KRYTYCZNY: wymagane odniesienie do tablicy: sort_features”.
Użytkownik nie powinien mieć możliwości wywołania tego błędu. To prawie na pewno wskazuje na
błąd oprogramowania. Prosimy o kontakt z autorem.

„KRYTYCZNE: Nie można określić nici w: sort_feature_types”.
Może to oznaczać, że plik GTF nie wskazuje pasma dla funkcji, które
tego wymagać. Może również wskazywać na błąd oprogramowania. Prosimy o kontakt z autorem.

„KRYTYCZNY: wymagane odwołanie do skrótu: sort_feature_types”.
Użytkownik nie powinien mieć możliwości wywołania tego błędu. To prawie na pewno wskazuje na
błąd oprogramowania. Prosimy o kontakt z autorem.

„FATAL: nieprawidłowa wartość przekazana do strand: strand”.
Może to oznaczać, że plik GTF nie wskazuje pasma dla funkcji, które
tego wymagać. Rozważ użycie parametru DEFAULT_STRAND w pliku konfiguracyjnym. Może
również wskazać błąd oprogramowania. Prosimy o kontakt z autorem.

KONFIGURACJA ROLNICZE ŚRODOWISKO

Wraz ze skryptem dostarczany jest plik konfiguracyjny. Skrypt będzie tego szukał
plik konfiguracyjny w ./gtf2gff3.cfg, ~/gtf2gff3.cfg lub /etc/gtf2gff3.cfg w tej kolejności.
Jeśli plik konfiguracyjny nie zostanie znaleziony w jednej z tych lokalizacji i nie jest on dostarczony
za pomocą flagi --cfg spróbuje wybrać jakieś rozsądne wartości domyślne, ale naprawdę powinieneś je podać
plik konfiguracyjny. Zobacz sam dostarczony plik konfiguracyjny oraz README
dołączonej do tego pakietu, aby uzyskać informacje na temat formatu i szczegółów pliku konfiguracyjnego.

ZALEŻNOŚCI

Ten skrypt wymaga następujących pakietów perla, które są dostępne w CPAN
(www.cpan.org).

Getopt::Długie; użyj Konfig::Std;

NIEZGODNOŚCI

Brak zgłoszeń.

Korzystaj z gtf2gff3p online za pomocą usług onworks.net