To jest polecenie GWAMA, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
GWAMA - Metaanaliza asocjacji całego genomu
STRESZCZENIE
GWAMA [Opcje]
OPIS
Oprogramowanie GWAMA (Genome-Wide Association Meta Analysis) przeprowadza metaanalizę
wyniki badań GWA fenotypów binarnych lub ilościowych. Efekt stały i losowy
metaanalizy są przeprowadzane zarówno dla SNP z bezpośrednim genotypowaniem, jak i imputowanych przy użyciu szacunków
allelicznego ilorazu szans i 95% przedziału ufności dla cech binarnych oraz oszacowań
wielkość efektu allelicznego i błąd standardowy dla fenotypów ilościowych. Można użyć GWAMA
do analizy wyników wszystkich różnych modeli genetycznych (multiplikatywnych, addytywnych,
dominujący, recesywny). Oprogramowanie zawiera funkcje wychwytywania błędów w celu identyfikacji
błędów wyrównania nici i odwrócenia alleli oraz przeprowadza testy heterogeniczności
efekty między badaniami.
OPCJE
-i, --lista plików=filename
Określ pliki wyników badań. Domyślnie = gwama.in
-o, --wyjście=plik główny
Określ katalog główny pliku dla danych wyjściowych analizy. Domyślnie = gwama (gwama.out, gwama.gc.out)
-r, --losowy
Użyj korekcji efektu losowego. Domyślnie = wyłączone
-gc, --kontrola_genomowa
Użyj kontroli genomicznej do dostosowania plików wyników badań. Domyślnie = wyłączone
-gco, --genomiczne_wyjście_kontrolne
Użyj kontroli genomowej w podsumowaniu metaanalizy (tj. wyniki metaanalizy są
poprawione dla gc). Domyślnie = wyłączone
-qt, --ilościowy
Wybierz wersję cechy ilościowej (kolumny BETA i SE). Domyślnie = cecha binarna
-m, --mapa=filename
Wybierz nazwę pliku dla mapy znaczników.
-t, --próg=0-1
Próg wartości p dla pokazania kierunku w kierunkach efektu sumarycznego. Domyślnie =
1
--no_allele
Nie podano informacji o allelu. Oczekiwanie zawsze tego samego EA.
--indel_allele
Etykiety alleli mogą zawierać więcej niż jedną literę. Brak kontroli nici.
--seks Przeprowadź analizę zróżnicowaną pod względem płci i heterogeniczności pod względem płci (metoda opisana w
papier Mędrcy, Lindgren i Morris 2010). Informacje o płci muszą być podane w pliku listy plików.
(druga kolumna po nazwach plików to M lub F).
--znacznik_nazwy
Alternatywny nagłówek do nazwy znacznika kol.
--nazwa_strand
Alternatywny nagłówek do kolumny nici.
--nazwa_n
Alternatywny nagłówek do rozmiaru próbki kol.
--nazwa_ea
Alternatywny nagłówek do kolumny efektu allelu.
--imię_nea
Alternatywny nagłówek do kolumny alleli nieefektywnych.
--nazwa_eaf
Alternatywny nagłówek kolumny częstotliwości alleli efektu.
--nazwa_beta
Alternatywny nagłówek do kolumny beta.
--nazwa_se
Alternatywny nagłówek do std. błądzić. przełęcz.
--nazwa_lub
Alternatywny nagłówek do kolumny OR.
--nazwa_lub_95l
Alternatywny nagłówek do kolumny OR 95L.
--nazwa_lub_95u
Alternatywny nagłówek do kolumny OR 95U.
-h, --help
Wydrukuj tę pomoc.
-v, --wersja
Wydrukuj numer wersji GWAMA. Ta strona podręcznika musi być niewystarczająca. Proszę skorzystać z
opcję pomocy, aby szybko przypomnieć sobie opcje gwamy lub przejść do jej strony głównej
z dokumentacją online lub instrukcją do pobrania.
Korzystaj z GWAMA online, korzystając z usług onworks.net
