Jest to polecenie hmm2emit, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
hmm2emit - wygeneruj sekwencje z profilu HMM
STRESZCZENIE
hmm2 emitować [opcje] hmmplik
OPIS
hmm2 emitować czyta plik HMM z hmmplik zawierający jeden lub więcej HMM i generuje plik
liczba sekwencji z każdego HMM; lub, jeśli -c opcja jest wybrana, wygeneruj pojedynczy
konsensus rządów większości. Może to być przydatne w różnych zastosowaniach, w których potrzebny jest:
symulacja sekwencji zgodnych z konsensusem rodziny sekwencji.
Domyślnie hmm2 emitować generuje 10 sekwencji i wysyła je w formacie FASTA (niewyrównany).
OPCJE
-a Zapisz wygenerowane sekwencje w formacie wyrównanym (SELEX), a nie FASTA.
-c Przewiduj pojedynczą sekwencję konsensusu z regułą większości zamiast sekwencji próbkowania
z rozkładu prawdopodobieństwa HMM. Reszty wysoce konserwatywne (p >= 0.9 dla
DNA, p >= 0.5 dla białka) pokazano wielkimi literami; inne są wyświetlane małymi literami.
Niektóre stany wstawkowe mogą stać się częścią konsensusu dotyczącego rządów większości, ponieważ tak jest
stosowany w >= 50% wygenerowanych sekwencji; kiedy to nastąpi, pozostałości generowane przez wstawki
są po prostu pokazane jako „x”.
-h Wydrukuj krótką pomoc; zawiera numer wersji i podsumowanie wszystkich opcji, w tym
opcje eksperckie.
-n Generuj swój sekwencje. Wartość domyślna to 10.
-o Zapisz syntetyczne sekwencje do pliku zamiast zapisywać je na stdout.
-q Cichy; tłumi wszystkie dane wyjściowe z wyjątkiem samych sekwencji. Przydatne do rurociągów
lub kierowanie wyjściem.
EXPERT OPCJE
--nasionko
Ustaw losowe ziarno na , gdzie jest dodatnią liczbą całkowitą. Domyślnie jest używany
czas() wygenerować inny materiał siewny dla każdego przebiegu, co oznacza, że dwa różne
ucieka hmm2 emitować na tym samym HMM da nieco inne wyniki. Możesz użyć
tę opcję, aby generować powtarzalne wyniki.
Użyj hmm2emit online, korzystając z usług onworks.net
