To jest polecenie hmmer2, które można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
HMMER - profilowe oprogramowanie do ukrytego modelu Markowa
STRESZCZENIE
hmm2wyrównaj
Dopasuj wiele sekwencji do profilu HMM.
hmm2budowa
Zbuduj profil HMM z podanego dopasowania wielu sekwencji.
hmm2kalibruj
Określ odpowiednie parametry istotności statystycznej dla profilu HMM przed
do przeszukiwania baz danych.
hmm2konwersja
Konwertuj HMM profilu HMM na inne formaty, takie jak profile GCG.
hmm2 emitować
Generuj sekwencje probabilistycznie z profilu HMM.
hmm2pobierz
Pobierz HMM z bazy danych HMM
hmm2indeks
Utwórz binarny indeks SSI dla bazy danych HMM
hmm2pfam
Przeszukaj bazę danych profili HMM za pomocą sekwencji (tj. adnotuj różne rodzaje
domeny w sekwencji zapytania).
hmm2szukaj
Przeszukaj bazę danych sekwencji z profilem HMM (tj. znajdź dodatkowe homologi
modelowa rodzina).
OPIS
Programy te wykorzystują ukryte modele Markowa profilu (HMM profilu) do modelowania pierwotnego
konsensus struktury rodziny sekwencji białek lub kwasów nukleinowych.
OPCJE
Wszystkie kategorie HMMER programy podają krótkie podsumowanie ich składni wiersza poleceń i opcji if
przywołane bez żadnych argumentów. Po wywołaniu z pojedynczym argumentem, -h (tj. pomoc), a
program będzie raportował bardziej obszerne informacje o użyciu wiersza poleceń, w tym rzadko używane,
opcje eksperymentalne i eksperckie. -h zgłosi numery wersji, które są przydatne, jeśli ty
musisz zgłosić mi błąd lub problem.
Każdy HMMER program ma własną stronę podręcznika, krótko podsumowującą użycie wiersza poleceń. Jest
także podręcznik użytkownika dołączony do dystrybucji oprogramowania, który zawiera samouczek
wprowadzenie i bardziej szczegółowe opisy programów.
See http://hmmer.janelia.org/ dla dokumentacji on-line i aktualnej wersji HMMER.
Ogólnie rzecz biorąc, początkujący użytkownicy nie powinni potrzebować żadnych opcji wiersza poleceń. Wartości domyślne to
skonfigurowane w celu uzyskania optymalnej wydajności w większości sytuacji. Opcje, które są pisane małymi literami
litery (np. -a ) to „powszechne” opcje, które prawdopodobnie będą często używane i będą
być ważne w wielu zastosowaniach. Opcje składające się z pojedynczych wielkich liter (np -B )
są zwykle mniej powszechnymi opcjami, ale mogą być również ważne w niektórych aplikacjach. Opcje
pełne słowa (np --gadatliwy ) są rzadko używane, eksperymentalne lub eksperckie
opcje. Niektóre opcje eksperymentalne są dostępne tylko dla moich własnych ciągłych eksperymentów
HMMER i mogą nie być odpowiednio wspierane lub dokumentowane.
SEKWENCJA FILE FORMATY
Ogólnie, HMMER próbuje odczytać większość popularnych formatów plików sekwencji biologicznych. To
automatycznie wykrywa format pliku. Automatycznie wykrywa również, czy sekwencje są białkami
lub kwas nukleinowy. Standardowe kody degeneracji IUPAC są dozwolone oprócz zwykłych
Kody 4-literowe lub 20-literowe.
Niewyrównane sekwencje
Niewyrównane pliki sekwencji mogą znajdować się w FASTA, Swissprot, EMBL, GenBank, PIR,
Format Intelligenetics, Strider lub GCG. Te formaty są udokumentowane w pliku
Poradnik użytkownika.
Sekwencja linie trasowania
Wiele dopasowań sekwencji może być w formacie CLUSTALW, SELEX lub GCG MSF. Te
formaty są udokumentowane w Podręczniku użytkownika.
ŚRODOWISKO ZMIENNE
Aby ułatwić korzystanie z dużych stabilnych baz danych sekwencji i HMM, HMMER szuka plików sekwencji
i HMM w bieżącym katalogu roboczym, jak również w określonych katalogach systemowych
przez zmienne środowiskowe.
BLASTDB
Określa położenie katalogu baz danych sekwencji. Przykład: /seqlibs/blast-
db/. W instalacjach korzystających z oprogramowania BLAST ta zmienna środowiskowa jest prawdopodobna
być już ustawione.
HMMERDB
Określa położenie katalogu baz danych HMM. Przykład: /seqlibs/pfam/.
Korzystaj z hmmer2 online, korzystając z usług onworks.net
