Jest to polecenie hmmfetch, które można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
hmmfetch - pobierz profil(e) HMM(y) z pliku
STRESZCZENIE
hmm pobierz [opcje]
(pobiera HMM o nazwie )
hmm pobierz -f [opcje]
(pobiera wszystkie HMM wymienione w )
hmm pobierz --indeks [opcje]
(indeksy do pobierania)
OPIS
Szybko pobiera jeden lub więcej profili HMM z pliku (duża baza danych Pfam, np
przykład).
Aby uzyskać maksymalną prędkość, należy najpierw zaindeksować, używając hmm pobierz --indeks,
index to plik binarny o nazwie .ssi. Jest to jednak opcjonalne, a pobieranie będzie
nadal działają z nieindeksowanych plików, choć znacznie wolniej.
Domyślnym trybem jest pobieranie pojedynczego profilu według nazwy lub przystąpienia, zwanego .
Na przykład:
% hmmfetch Pfam-A.hmm Caudal_act
% hmmfetch Pfam-A.hmm PF00045
Z -f opcja, a zamiast tego odczytywana jest lista zawierająca jeden lub więcej kluczy.
Pierwsze pole rozdzielane białymi znakami w każdym niepustym wierszu niebędącym komentarzem
jest używany jako , a wszelkie pozostałe dane w wierszu są ignorowane. Pozwala to na różnorodność
plików danych rozdzielanych białymi znakami, które mają być używane jako S.
Podczas używania -f oraz Jeśli hmmplik został zindeksowany, klucze są pobierane w pliku
kolejności, w jakiej występują w plik klucza, ale jeśli hmmplik nie jest indeksowany, klucze są pobierane w
kolejności, w jakiej występują w hmmplik. Jest to efekt uboczny implementacji, która pozwala
wiele kluczy do odzyskania, nawet jeśli jest strumieniem nieodwracalnym, takim jak a
standardowa rura wejściowa.
W normalnym użytkowaniu (bez --indeks or -f opcje), może być „-” (myślnik), co oznacza
odczytywanie danych wejściowych z stdin a nie plik. z --indeks opcja, może nie
Być '-'; indeksowanie standardowego strumienia wejściowego nie ma sensu. z -f opcja,
bądź or (ale nie oba) może być „-”. Często jest to szczególnie przydatne
czytać ze standardowego wejścia, ponieważ pozwala to na użycie dowolnego polecenia
wywołania linii, aby utworzyć listę nazw HMM lub przystąpienia, a następnie pobrać je wszystkie do nowego
plik za pomocą jednego polecenia.
Domyślnie pobrane HMM są drukowane na standardowe wyjście w formacie HMMER3.
OPCJE
-h Pomoc; wydrukuj krótkie przypomnienie o użyciu wiersza poleceń i wszystkich dostępnych opcjach.
-f Drugim argumentem wiersza poleceń jest a zamiast jednego ,
pierwsze pole w każdym wierszu pliku służy do odzyskiwania (nazwa HMM
lub przystąpienie). Puste wiersze i wiersze komentarza (zaczynające się od znaku #) są
ignorowane.
-o Wypisz HMM do pliku zamiast na standardowe wyjście.
-O Wypisz HMM do poszczególnych plików o nazwie zamiast standardowego wyjścia. Z
dotychczasowy -f opcji, może to spowodować utworzenie wielu plików.
--indeks
Zamiast pobierać jeden lub więcej profili z , indeksuj dla
przyszłe pobrania. To tworzy .ssi binarny plik indeksu.
Korzystaj z hmmfetch online, korzystając z usług onworks.net
