Jest to polecenie HPCmapper, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
HPCmapper - wygeneruj skrypt do mapowania odczytów
STRESZCZENIE
HPCmapper [-vb] [-kint(20)] [-wint(6)] [-hint(50)] [-tint] [-Mint]
[-epodwójny(.85)][-lint(1000)] [-sint(100)] [-Hint] [-mśledzić]+ [-dalint(4)] [-stopnieint(25)]
ref:db|dam brzmi:db|dam [po pierwsze: wew[-ostatni:wew]]
OPIS
HPCmapper wypisuje na standardowe wyjście skrypt powłoki UNIX, który składa się z sekwencji
polecenia, które skutecznie „odwzorowują” każdy odczyt w bazie danych czyta względem zestawu referencyjnego
sekwencje w DB ref, rejestrując wszystkie znalezione lokalne dopasowania w sekwencji plików
ref.reads.1.las, ref.reads.2.lasi tak dalej, gdzie ref.reads.k.las zawiera wyrównania
pomiędzy wszystkimi ref i k-ty blok czyta. Parametry są dokładnie takie same jak
dla Kalibrator HPC(1) z zastrzeżeniem, że -k, -h, -e wartości domyślne są odpowiednio ustawione
mapowanie i -A i -I opcje nie mają sensu, ponieważ ref i czyta mają być
odrębne zbiory danych.
Jeśli liczby całkowite drugim i trwać brakuje, wówczas utworzony skrypt dotyczy każdego bloku w
baza danych czyta. Jeśli drugim jest wtedy obecny HPCmapper tworzy skrypt, który porównuje
Bloki drugim przez trwać (trwać = drugim jeśli nie jest obecny) przeciwko DAM ref.
Korzystaj z HPCmapper online, korzystając z usług onworks.net
