idba_hybrid - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

idba_hybrid - Iteracyjny asembler grafów Bruijna dla danych sekwencjonowania hybrydowego

STRESZCZENIE

idba_hybrydowy -r czytaj.fa -o katalog_wyjściowy [--referencja ref.fa]

OPIS

IDBA-Tran jest iteracyjnym asemblerem De Bruijn Graph De Novo do krótkiego odczytu transkryptomu.
Jest to asembler de novo oparty wyłącznie na odczytach sekwencjonowania RNA. IDBA-Tran używa lokalnego
Assembly do rekonstrukcji brakujących k-merów w transkryptach o niskiej ekspresji, a następnie wykorzystuje
progresywne odcięcie kontigów w celu rozdzielenia wykresu na składowe. Każdy komponent
w większości przypadków odpowiada jednemu genowi i zawiera niewiele transkryptów. Heurystyka
Następnie do znalezienia izoform wykorzystuje się algorytm oparty na odczytach końców par.

OPCJE

-o, --na zewnątrz argument (= wyjście)
katalog wyjściowy

-r, --czytać arg
szybki odczyt pliku (<=128)

--poziom_odczytu_2 arg
sparowany koniec odczytuje fasta dla rusztowań drugiego poziomu

--poziom_odczytu_3 arg
sparowany koniec oznacza fasta dla rusztowań trzeciego poziomu

--poziom_odczytu_4 arg
sparowany koniec oznacza fasta dla rusztowań czwartego poziomu

--poziom_odczytu_5 arg
sparowany koniec oznacza fasta dla rusztowań piątego poziomu

-l, --długie_czytanie arg
szybko czytany plik (>128)

--referencja arg
genom referencyjny

--norki argument (=20)
minimalna wartość k (<=124)

--maks argument (=100)
maksymalna wartość k (<=124)

--krok argument (=20)
przyrost k-mer każdej iteracji

--wewnętrzna_norka argument (=10)
wewnętrzna minimalna wartość k

--wewnętrzny_krok argument (=5)
wewnętrzny przyrost k-mer

prefix argument (=3)
długość przedrostka używana do budowania tabeli sub k-mer

--min_liczba argument (=2)
minimalna krotność do filtrowania k-mer podczas budowania wykresu

--min_wsparcie argument (=1)
minimalne wsparcie w każdej iteracji

--num_wątków argument (=0)
Liczba wątków

--seed_kmer argument (=30)
rozmiar kmera nasion do wyrównania

--min_contig argument (=200)
minimalny rozmiar kontigu

--min_region argument (=500)
minimalny rozmiar regionu w genomie referencyjnym

--podobny argument (=0.95)
podobieństwo dla wyrównania

--max_niezgodność argument (=3)
maksymalne niedopasowanie korekcji błędów

--min_pary argument (=3)
minimalna liczba par

--max_gap argument (=50)
maksymalna szczelina odniesienia

--no_lokalny
nie używaj montażu lokalnego

--bez pokrycia
nie powtarzaj pokrycia

--nie_poprawnie
nie rób korekty

--wstępna_korekta
wykonać wstępną korektę przed montażem

Używaj idba_hybrid online, korzystając z usług onworks.net