img2dcm — online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

img2dcm — konwertuje standardowe formaty obrazów na format DICOM

STRESZCZENIE

img2dcm [opcje] imgfile-in dcmfile-out

OPIS

Połączenia img2dcm Narzędzie służy jako narzędzie do konwersji ze standardowego formatu obrazu, takiego jak JPEG lub BMP
do DICOM. Można wybrać różne wyjściowe klasy SOP. Dodatkowe informacje
(dotyczących pacjentów, serii itp.) przechowywanych w pliku wyjściowym DICOM można wyodrębnić
inne pliki DICOM, które służą jako „szablon” dla wynikowego obiektu DICOM. img2dcm mogą
być również skonfigurowany do wymyślania brakujących atrybutów DICOM typu 1 i typu 2, aby działały równomiernie
bez zestawu danych szablonu.

PARAMETRY

imgfile-in plik obrazu do zaimportowania

dcmfile-out Plik wyjściowy DICOM

OPCJE

ogólny Opcje
-h --pomoc
wydrukuj ten tekst pomocy i wyjdź

--wersja
wydrukuj informacje o wersji i wyjdź

--argumenty
wypisz rozszerzone argumenty wiersza poleceń

-q --cichy
tryb cichy, drukuj bez ostrzeżeń i błędów

-v --pełne
tryb szczegółowy, szczegóły przetwarzania wydruku

-d --debuguj
tryb debugowania, drukuj informacje debugowania

-ll --log-level [poziom] poziom: ciąg znaków
(krytyczny, błąd, ostrzeżenie, informacje, debugowanie, śledzenie)
użyj poziomu l dla rejestratora

-lc --log-config [f]nazwa_pliku: ciąg
użyj pliku konfiguracyjnego f dla loggera

wkład Opcje
generał:

-i --input-format [i]nwprowadź format pliku: łańcuch
obsługiwane formaty: JPEG (domyślnie), BMP

-df --dataset-from [f]nazwa_pliku: łańcuch
korzystać ze zbioru danych z pliku DICOM f

-stf --study-from [f]nazwa_pliku: ciąg
odczyt pacjenta/badania z pliku DICOM f

-sef --series-from [f]nazwa_pliku: łańcuch
odczyt pacjenta/badania/serii z pliku DICOM f

-ii --instancja-inc
zwiększyć numer instancji odczytany z pliku DICOM

Format JPG:

-dp --wyłącz-progr
wyłącz obsługę progresywnego JPEG

-de --wyłącz-ext
wyłącz obsługę rozszerzonego sekwencyjnego JPEG

-jf --nalegaj-na-jfif
nalegać na istnienie nagłówka JFIF

-ka --keep-appn
zachowaj sekcje APPn (z wyjątkiem JFIF)

przetwarzanie Opcje
sprawdzanie atrybutów:

--do-sprawdzenia
włącz sprawdzanie poprawności atrybutu (domyślnie)

--bez-czeków
wyłącz sprawdzanie poprawności atrybutów

+i2 --wstaw-typ2
wstaw brakujące atrybuty typu 2 (domyślnie)
(tylko z opcją --do-checks)

-i2 --no-type2-insert
nie wstawiaj brakujących atrybutów typu 2
(tylko z opcją --do-checks)

+i1 --wynalazek-typ1
wymyśl brakujące atrybuty typu 1
(tylko z opcją --do-checks)

-i1 --no-type1-invent
nie wymyślaj brakujących atrybutów typu 1
(tylko z opcją --do-checks)

zestaw znaków:

+l1 --łac.1
ustaw latin-1 jako standardowy zestaw znaków (domyślnie)

-l1 --nie-latin1
zachować 7-bitowy ASCII jako standardowy zestaw znaków

inne opcje przetwarzania:

-k --key [k]ey: gggg,eeee="str", nazwa ścieżki lub słownika="str"
dodaj kolejny atrybut

wydajność Opcje
docelowa klasa SOP:

-sc --sec-capture
napisz klasę SOP Secondary Capture

-nsc --nowy-sc
napisz nowe klasy SOP Secondary Capture

-vlp --vl-zdjęcie
napisz klasę SOP fotograficznego światła widzialnego (domyślnie)

format pliku wyjściowego:

+F --zapisz-plik
zapisz format pliku (domyślny)

-F --zapisz-zbiór danych
zapisz zestaw danych bez informacji meta pliku

kodowanie długości grupy:

+g= --przeliczenie-długości-grupy
przelicz długości grup, jeśli są obecne (domyślnie)

+g --grupa-długość-utwórz
zawsze pisz z elementami długości grupy

-g --grupa-długość-usuń
zawsze pisz bez elementów długości grupy

kodowanie długości w sekwencjach i elementach:

+e --długość-wyraźna
pisz z wyraźnymi długościami (domyślnie)

-e --długość-nieokreślona
pisz z nieokreślonymi długościami

dopełnienie końcowe zestawu danych (nie z opcją --write-dataset):

-p --wypełnienie-off
bez dopełnienia (domyślnie, jeśli --write-dataset)

+p --padding-create [plik-pad] [i]tem-pad: liczba całkowita
wyrównaj plik na wielokrotność f bajtów
i pozycje na wielokrotności i bajtów

UWAGI

Atrybut Źródła
Aby przekonwertować ogólny format obrazu na format DICOM, plik img2dcm aplikacja może być
zasilany dodatkowymi danymi wejściowymi do wypełniania obowiązkowych (i opcjonalnych) atrybutów w nowym
Plik DICOM, taki jak informacje o pacjencie, badaniu i serii. Te informacje mogą być gromadzone
przy użyciu różnych podejść, które można łączyć i które są stosowane do pliku wynikowego w
następująca kolejność:

· Używając --zestaw danych z opcja img2dcm jest zmuszony do importowania atrybutów z istniejącego
plik DICOM. Podany plik DICOM jest w całości importowany i służy jako baza dla wszystkich
dalsze operacje eksportowe. W drodze wyjątku, identyfikator UID instancji SOP nie jest przez to kopiowany
opcja. Podczas konwersji wymieniane są również dane związane z obrazem, takie jak wiersze, kolumny itp.
Należy pamiętać, że img2dcm nie sprawdza ważności żadnych innych wartości atrybutów, np. robi to
nie patrzeć na sekwencje, aby dostosować jakiekolwiek atrybuty do nowego obiektu (obrazy odniesienia
itp.). Dlatego zaleca się korzystanie z szablonów w katalogu danych dla (starych)
obiekty SC i VLP. Zobacz także sekcję „Szablony wprowadzania”.
· --studium-z i --seria-z opcje (wzajemnie wykluczające się) mogą być użyte do importu
informacje o pacjencie, badaniu i serii z istniejącego pliku DICOM. Jeśli --seria-z is
określony, to dany plik DICOM jest otwierany przez img2dcm oraz wszystkie wymagane informacje
do poziomu serii jest importowany. Należy pamiętać, że obejmuje to pacjentów, badania i serie
Informacja. W przypadku --studium-z, informacje o serii są wykluczone. Następujące
przejmowane są atrybuty:
Poziom pacjenta:
Imię pacjenta
Identyfikator pacjenta
Płeć pacjenta
Data urodzenia pacjenta
Specyficzny zestaw znaków

Poziom studiów:
Identyfikator UID instancji badania
Data badania
Czas na naukę
Imię i nazwisko lekarza prowadzącego
Identyfikator badania
Numer dostępowy

Poziom serii (tylko w przypadku opcji --series-from):
Identyfikator UID instancji serii
Numer seryjny
Producent
· Z --wstaw-typ2 i --wymyśl typ 1 brak opcji (obie włączone domyślnie).
atrybuty (atrybuty typu 2) i/lub brakujące wartości atrybutów (dla atrybutów typu 1)
są automatycznie dodawane i wymyślane przez img2dcm. Należy pamiętać, że są to tylko opcje
oceniane, jeśli opcja --do-sprawdzenia jest włączony (domyślnie). jeśli --bez-czeków opcje to
włączone, nie nastąpi automatyczne wstawienie atrybutu.
· --klucz opcji można użyć do dodania dalszych atrybutów do pliku wyjściowego DICOM. Ten
opcja jest stosowana na samym końcu, tuż przed zapisaniem pliku DICOM. To jest również
możliwe jest określenie sekwencji, elementów i zagnieżdżonych atrybutów za pomocą --klucz opcja. W
w takich przypadkach należy zastosować specjalną notację „ścieżki”. Szczegóły dotyczące tej notacji ścieżki mogą
znaleźć w dokumentacji dot dcmodyfikuj.
UID
Generowane są nowe identyfikatory UID instancji badania i serii if niezbędny po zastosowaniu ww --badanie-
od i --seria opcje. Jeśli identyfikator UID instancji badania lub identyfikator UID instancji serii nie są obecne
po tych krokach są one generowane na nowo, niezależnie od siebie. Przeciwieństwo
zachowanie jest wybrane dla SOP Instance UID, którego można się spodziewać, kiedy zostanie przejęte
używając --zestaw danych z opcja. To jest nie w takim przypadku identyfikator UID instancji SOP to nie skopiowane
do nowego obiektu. Powinno to być pożądane zachowanie w większości przypadków użycia. Jednakże, jeśli A
pewien identyfikator UID instancji SOP powinien zostać wstawiony do nowego obiektu, tj --klucz opcja powinna
być użytym.
Wkład Szablony
Za wsparcie konwersji do formatu DICOM, img2dcm zawiera kilka predefiniowanych szablonów
które można wykorzystać do --zestaw danych z opcja (zobacz przykładowe pliki zrzut SC i zrzut VLP).
Szablony te należy wypełnić żądanymi wartościami, a następnie należy je wyrzucić
(przekonwertowany) do pliku DICOM przed faktycznym użyciem img2dcm, Posługiwać się zrzut2dcm do
przekonwertuj zrzut do DICOM. Przykład:
dump2dcm SC.dump SC.dcm

Jako szablonu można użyć dowolnego pliku DICOM. Należy pamiętać, że kompletny plik DICOM
zestaw danych jest importowany; w związku z tym należy zapewnić, że obecne są tylko atrybuty, które
powinien być częścią konstruowanego obiektu DICOM. Identyfikator UID klasy SOP i dane piksela
atrybuty (w tym atrybuty takie jak wiersze, kolumny itp.) nie są kopiowane, ale zastępowane przez
img2dcm podczas konwersji.
Wkład Wtyczki
Połączenia img2dcm Obecnie aplikacja obsługuje format obrazu JPEG i BMP jako dane wejściowe.
JPEG Wkład Podłącz
W przypadku JPEG oryginalny plik JPEG z pliku źródłowego nie jest dekodowany, ale wyodrębniany i nieznacznie
przekształcony (np. obcięty nagłówek JFIF), aby umożliwić szybką konwersję nawet dużych plików JPEG
bez potrzeby dekodowania i ponownego kodowania. Wtyczka JPEG wybiera niezbędne dane wyjściowe
automatycznie przesyła składnię w zależności od rzeczywistego kodowania danych w pliku JPEG
plik. Dlatego następujące składnie transferu (i odpowiadające im kodowanie JPEG)
są używane przez wtyczkę JPEG:
· Proces kodowania JPEG 1 linia bazowa, stratna, niehierarchiczna, sekwencyjna, DCT, Huffman, 8 bitów
Klasa SOP = 1.2.840.10008.1.2.4.50
· Proces kodowania JPEG 2 (8-bitowy) i 4 (12-bitowy) rozszerzony, stratny, niehierarchiczny,
Sekwencyjny, DCT, Huffman, 8/12-bitowa klasa SOP = 1.2.840.10008.1.2.4.51
· Proces kodowania JPEG 10 (8-bitowy) i 12 (12-bitowy) Full Progression, stratny, niehierarchiczny.,
Progresywny, DCT, Huffman, klasa SOP 8/12 bitów = 1.2.840.10008.1.2.4.55
Obsługiwane są obrazy kolorowe iw skali szarości.
Obsługę rozszerzonej składni transferu JPEG można wyłączyć (--wyłącz-wew opcjonalnie)
a także wsparcie dla (wycofanej) Progressive JPEG Transfer Syntax (--wyłącz-progr
opcja).
Bezstratne kodowanie JPEG, jak również wszelkie arytmetyczne lub hierarchiczne tryby kodowania JPEG
nieobsługiwane przez wtyczkę.
Informacje JFIF (JPEG File Interchange Format) ułatwiają opcjonalne znaczniki APPn w a
Plik JPEG. Wiele aparatów cyfrowych nie integruje takich informacji JFIF z plikiem JPEG
produkcja, którą tworzą. Na przykład JFIF zawiera informacje o współczynniku proporcji pikseli
skompresowany obraz. Jeśli chcesz img2dcm aplikacja, aby nalegać na nagłówek JFIF w
strumienia JPEG, możesz skorzystać z tej opcji --nalegaj-na-jfif który zostanie przerwany, jeśli nie ma JFIF
informacje można znaleźć. Domyślnie brakujące informacje JFIF są ignorowane.
Dla DICOM jest to rodzaj „szarej strefy”, niezależnie od tego, czy integracja JFIF (lub jakiejkolwiek innej APPn)
dane do wewnętrznego strumienia JPEG obiektu DICOM jest dozwolone, czy nie. Jednak najbardziej
niezawodnym podejściem jest wycinanie tych znaczników i ich informacji ze strumienia JPEG. Ten
podejście przyjmuje również tzw img2dcm aplikacja. Domyślnie wszystkie znaczniki APPn są obcięte
z oryginalnego strumienia JPEG. Jeśli jednak chcesz zachować inne znaczniki APPn niż
JFIF (np. informacje EXIF) wewnątrz strumienia DICOM, opcja --keep-appn robi
sztuczka. Powinno to być również nieco szybsze niż odcinanie informacji APPn, ponieważ tak jest
nie ma potrzeby skanowania całego strumienia JPEG w poszukiwaniu takich danych. Informacje JFIF są zawsze
usunięte przez img2dcm.
BMP Wkład Podłącz
img2dcm obsługuje BMP jako format wejściowy. Jednak jak dotąd tylko najczęstsze obrazy BMP są
utrzymany. W szczególności będą to obrazy BMP, które wykorzystują pola bitowe lub kodowanie długości serii
odrzucony. Takie obrazy są rzadkością. Wszystkie obrazy wejściowe zostaną przekonwertowane na obraz DICOM
z modelem kolorów RGB i głębią bitową 24. Nie ma konkretnych opcji dostrajania
Konwersja formatu BMP.
Wydajność Wtyczki
Żądaną wyjściową klasę SOP można wybrać w wierszu poleceń. Obecnie eksport
plugin dla klasy Secondary Capture Image SOP (domyślnie, option -sc), nowa szkoła średnia
Klasy SOP przechwytywania obrazu (opcja -nsc) i klasa SOP obrazu fotograficznego w świetle widzialnym
(opcja -wł) są dostępne. Należy pamiętać, że pierwszy z nich jest przestarzały zgodnie z
standard DICOM, ale jest wybrany jako domyślny, ponieważ jest powszechnie obsługiwany. Przyszły
wersje img2dcm może zapewnić dalsze wtyczki wyjściowe dla innych klas SOP.
W przypadku nowych klas SOP Secondary Capture nie można określić, które konkretnie
Klasa SOP powinna być używana do danych wyjściowych. To dlatego, że te nowe klasy SOP są
różnią się od siebie głębią kolorów (1/8/16) oraz faktem, czy obraz jest
czarno-biały lub kolorowy. Dlatego img2dcm decyduje podczas konwersji, które wyjście SOP
class jest odpowiednia dla danego obrazu źródłowego.

PRZYKŁADY

Oto kilka przykładów, które pokazują, jak img2dcm aplikacja może być używana.
1. img2dcm image.jpg out.dcm
Przeczytaj plik JPEG „image.jpg”, przekonwertuj go na starą klasę Secondary Capture SOP i zapisz
wynik do pliku DICOM „out.dcm”. Jest to najłatwiejszy sposób użycia img2dcm. Dowolny typ
Atrybuty typu 1 i typu 2 wymagane do zapisu prawidłowych obiektów tej klasy SOP to
wstawiony automatycznie.
2. img2dcm -i BMP image.bmp out.dcm
To samo co powyżej, ale mówi img2dcm, aby odczytał plik BMP zamiast JPEG.
3. img2dcm image.jpg out.dcm -vlp -k 'PacjentNazwa=Bond^James'
To samo co w pierwszym przykładzie, ale zapisuje obiekt obrazu fotograficznego w świetle widzialnym do „out.dcm”
i ustawia PatientName na „Bond^James”, które w przeciwnym razie byłoby puste.
4. img2dcm image.jpg out.dcm --series-from template.dcm -k 'PatientName=Bond^James'
To samo co 1), ale importuje informacje o pacjencie/badaniu/serii z pliku DICOM
„szablon.dcm”. Należy pamiętać, że atrybut PatientName będzie zawierał „Bond^James” w
koniec, każda wartość z pliku „template.dcm” zostanie nadpisana. To znaczy, ponieważ -k
opcja jest stosowana na samym końcu potoku konwersji (patrz wyżej).
5. img2dcm image.jpg out.dcm --no-checks
To samo co 1), ale nie wykonuje żadnego sprawdzania atrybutów ani typu 1 i typu 2
wstawienie atrybutu! W takim przypadku zostałby wygenerowany nieprawidłowy obiekt DICOM. Ten
może być interesujące, jeśli plik wyjściowy nie ma zostać ukończony, ale zostanie poddany
dalsze przekształcenia, np. dodawanie atrybutów za pomocą dcmodyfikuj. Tylko użyj opcji --nie-
Kontrole jeśli wiesz co robisz!
6. img2dcm image.jpg out.dcm --no-type1-invent
To samo co 1), ale nie wstawia brakujących atrybutów typu 1 i/lub ich wartości. typ 2
zostaną wstawione atrybuty. Należy zauważyć, że w tym przypadku należy zapewnić, że wszystkie typy 1
atrybuty są dostarczane w inny sposób, np. poprzez dodanie ich z rozszerzeniem --klucz opcja.
Inaczej, img2dcm zgłosi błąd i zatrzyma konwersję.
7. img2dcm image.jpg out.dcm --keep-appn --insist-on-jfif
To samo co 1), ale przejmuje informacje APPn, takie jak EXIF, do obiektu DICOM
wynikowy strumień JPEG. Dalej, --nalegaj-na-jfif zmusi img2dcm przerwać, jeśli nie
Informacje JFIF istnieją w pliku źródłowym.

LOGOWANIE

Poziom rejestrowania danych wyjściowych różnych narzędzi wiersza poleceń i podstawowych bibliotek może:
być określony przez użytkownika. Domyślnie w standardzie zapisywane są tylko błędy i ostrzeżenia
strumień błędów. Korzystanie z opcji --gadatliwy także komunikaty informacyjne, takie jak szczegóły przetwarzania
Jest zgłoszony. Opcja --odpluskwić można wykorzystać, aby uzyskać więcej szczegółów na temat działalności wewnętrznej,
np. do celów debugowania. Inne poziomy rejestrowania można wybrać za pomocą opcji --Dziennik-
poziom, w --cichy w trybie zgłaszane są tylko błędy krytyczne. W tak bardzo poważnych błędach,
aplikacja zwykle kończy się. Aby uzyskać więcej informacji na temat różnych poziomów rejestrowania,
patrz dokumentacja modułu 'oflog'.
W przypadku, gdy dane wyjściowe logowania powinny być zapisywane do pliku (opcjonalnie z rotacją logów),
do syslog (Unix) lub opcji dziennika zdarzeń (Windows) --log-config może być użyty. Ten
plik konfiguracyjny pozwala również na kierowanie tylko niektórych komunikatów na określone wyjście
strumienia i do filtrowania niektórych wiadomości na podstawie modułu lub aplikacji, w której są
Są generowane. Przykładowy plik konfiguracyjny znajduje się w /logger.cfg.

COMMAND LINE

Wszystkie narzędzia wiersza poleceń używają następującej notacji dla parametrów: nawiasy kwadratowe otocz
wartości opcjonalne (0-1), trzy końcowe kropki oznaczają, że dozwolone są różne wartości
(1-n), kombinacja obu oznacza od 0 do n wartości.
Opcje wiersza poleceń są odróżniane od parametrów przez wiodący znak '+' lub '-',
odpowiednio. Zazwyczaj kolejność i pozycja opcji wiersza poleceń są dowolne (tzn
może pojawić się w dowolnym miejscu). Jeśli jednak opcje wzajemnie się wykluczają, najbardziej odpowiedni wygląd
jest używany. To zachowanie jest zgodne ze standardowymi regułami oceny powszechnych powłok uniksowych.
Ponadto jeden lub więcej plików poleceń można określić za pomocą znaku „@” jako przedrostka do
nazwa pliku (np. @komenda.txt). Taki argument polecenia jest zastępowany treścią
odpowiedni plik tekstowy (wiele białych znaków jest traktowanych jako pojedynczy separator, chyba że
pojawiają się między dwoma cudzysłowami) przed dalszą oceną. Proszę to zanotować
plik poleceń nie może zawierać innego pliku poleceń. To proste, ale skuteczne podejście
pozwala podsumować typowe kombinacje opcji/parametrów i uniknąć długich i
mylące wiersze poleceń (przykład znajduje się w pliku) /dumppat.txt).

ŚRODOWISKO

Połączenia img2dcm narzędzie spróbuje załadować słowniki danych DICOM określone w
ŚCIEŻKA DDMDICT Zmienna środowiskowa. Domyślnie, tj. jeśli ŚCIEŻKA DDMDICT zmienna środowiskowa
nie jest ustawiony, plik /dicom.dic zostanie załadowany, chyba że słownik zostanie zbudowany
do aplikacji (domyślnie dla Windows).
Preferowane jest zachowanie domyślne, a ŚCIEŻKA DDMDICT tylko zmienna środowiskowa
używane, gdy wymagane są alternatywne słowniki danych. ten ŚCIEŻKA DDMDICT zmienna środowiskowa
ma taki sam format jak powłoka uniksowa PATH zmienna, w której oddziela się dwukropek (':')
wpisy. W systemach Windows średnik (';') jest używany jako separator. Słownik danych
kod spróbuje załadować każdy plik określony w ŚCIEŻKA DDMDICT Zmienna środowiskowa. Ono
jest błędem, jeśli nie można załadować słownika danych.

Użyj img2dcm online, korzystając z usług onworks.net