Jest to polecenie insegt, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
insegt — przecinające się dane sekwencjonowania drugiej generacji z adnotacją
STRESZCZENIE
wstawka [OPCJE]
OPIS
INSEGT to narzędzie do analizy dopasowań odczytów RNA-Seq (pojedynczy koniec lub sparowany koniec)
za pomocą adnotacji genowych.
Dane wejściowe do INSEGT to plik SAM zawierający wyrównania i plik zawierający
adnotacje genomu referencyjnego w formacie GFF lub GTF.
-h, --help
Wyświetla ten komunikat pomocy.
--wersja
Wyświetlanie informacji o wersji
Opcje: :
-ro, --wyjście odczytu FILE
Nazwa pliku wyjściowego dla odczytu-wyjścia, który zawiera odwzorowane adnotacje, po których następuje
ich adnotację nadrzędną. Poprawny typ pliku to: gff.
-do, --anno-wyjście FILE
Nazwa pliku wyjściowego dla anno-output, który zawiera adnotacje podobne do GFF
wejście i dodatkowo liczbę zmapowanych odczytów i znormalizowane wyrażenie
poziomy w RPKM. Poprawny typ pliku to: gff.
-do, --wyjście krotki FILE
Nazwa pliku wyjściowego dla krotki-wyjście, która zawiera krotki egzonów połączone przez odczyty lub
pary partnerów. Poprawny typ pliku to: gff.
-NS, --wyjście termojądrowe STR
Nazwa pliku wyjściowego dla wyniku fuzji, który zawiera krotkę eksonu fuzji genów
(Opcja zaawansowana, obecnie brak portu wyjściowego dla KNIME). Jeden z gff.
-n, -- wielokrotność INT
ntuple Domyślnie: 2.
-o, --interwał przesunięcia INT
Przesunięcie do krótkich interwałów wyrównania dla wyszukiwania. Wartość domyślna: 5.
-t, --progi-luki INT
Próg dozwolonych przerw w wyrównaniu (nie introny). Wartość domyślna: 5.
-c, --liczba progów INT
Próg dla min. liczba krotek na wyjściu. Wartość domyślna: 1.
-r, --próg-rpkm PODWÓJNIE
Próg dla min. RPKM krotki na wyjściu. Wartość domyślna: 0.0.
-m, --max-krotka
Utwórz tylko maxTuple (które obejmują cały odczyt).
-e, --dokładna-wielokrotność
Utwórz tylko krotkę o dokładnej długości n. Domyślnie wszystkie krotki do podanej długości
są obliczane (jeśli -m jest ustawiony, -e zostaną zignorowane).
-u, --nieznana-orientacja
Orientacja odczytów jest nieznana.
PRZYKŁADY
wstawka
przykład/alignments.sam przykład/annotations.gff
Uruchom INSEGT na przykładowych plikach z parametrami domyślnymi.
wstawka -m przykład/alignments.sam przykład/annotations.gff
Uruchom INSEGT na przykładowych plikach i oblicz tylko maxTuple.
wstawka -c 2 przykład/alignments.sam przykład/annotations.gff
Uruchom INSEGT na przykładowych plikach i wyprowadź tylko krotkę z min. liczba 2.
WERSJA
wersja insegt: 1.0 Ostatnia aktualizacja 2012-09-11
Korzystaj z insegt online, korzystając z usług onworks.net
