ipcress — online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

ipcress — system do symulacji eksperymentów PCR in silico

STRESZCZENIE

ipress [ Opcje ] <primer plik> <sequence ścieżki>

OPIS

ipress jest In-krzem PCR Eeksperymentować Snaśladowanie SYstem.

Jest to narzędzie do symulacji eksperymentów PCR. Dostarczasz plik zawierający podkłady
oraz zestaw sekwencji i przewiduje produkty PCR.

Ipcress jest podobny do programu e-PCR firmy NCBI, ale jest znacznie szybszy i nie
cierpią na problemy z identyfikacją dopasowań, gdy w pobliżu podkładu znajdują się symbole niejednoznaczności
kończy.

Jeśli dostarczysz razem wiele par starterów, ipcress przeprowadzi symulację eksperymentów PCR w
równolegle, umożliwiając symulację całego genomu dużej liczby eksperymentów. Korzysta z wielu
biblioteki z oczyścić narzędzie do porównywania sekwencji.

WEJŚCIE FORMAT

Dane wejściowe dla ipcress to prosty plik rozdzielany białymi znakami, opisujący jeden eksperyment na
linia. Każda linia zawiera 5 następujących pól:

id Identyfikator tego eksperymentu
elementarz_A Sekwencja dla pierwszego podkładu
elementarz_B Sekwencja drugiego podkładu
min_produkt_len Minimalna długość produktu do zgłoszenia
maks_długość_produktu Maksymalna długość produktu do zgłoszenia

Oto przykładowa linia w tym formacie:

ID0001 CATGCATGCATGC CGATGCANGCATGCT 900 1100

WYDAJNOŚĆ FORMAT

Format wyjściowy opisuje jeden produkt PCR na linię,
i jest poprzedzony ciągiem „ipcress:”, po którym następuje 11 następujących pól:

identyfikator_sekwencji Identyfikator sekwencji
identyfikator_eksperymentu Identyfikator eksperymentu PCR
długość_produktu Długość produktu PCR
elementarz_5 Starter 5' (A lub B)
poz_5 Pozycja startera 5'
niedopasowanie_5 Liczba niedopasowań na starterze 5'
elementarz_3 |
poz_3 | Te same pola dla startera 3'
niedopasowanie_3 |
opis Opis produktu PCR

Pole opisu jest jednym z następujących 4 ciągów:

Naprzód Normalny produkt, podkład A, a następnie B
obr.komp Normalny produkt, podkład B, a następnie A
singiel_A Zły produkt wygenerowany tylko przez elementarz_A
singiel_B Zły produkt wygenerowany tylko przez primer_B

Wyświetlane są również dane wyjściowe czytelne dla człowieka, które nie są przeznaczone do analizowania (patrz:
-- całkiem poniżej).

GENERAŁ OPCJE

Większość argumentów ma krótkie i długie formy. Długie formularze
są bardziej stabilne w czasie i dlatego powinny być używane w skryptach, które
Zadzwoń do ipcress.

-h | --krótka pomoc
Pokaż pomoc. Spowoduje to wyświetlenie zwięzłego podsumowania dostępnych opcji, ustawień domyślnych
i aktualnie ustawionych wartości.

--help
To pokazuje wszystkie opcje pomocy, w tym domyślne, aktualnie ustawioną wartość,
oraz zmienną środowiskową, której można użyć do ustawienia każdego parametru. Będą
być wskazówką, które opcje są obowiązkowe. Obowiązkowe opcje nie mają
default i musi mieć podaną wartość, aby ipcress mógł działać. Jeśli obowiązkowe opcje
są używane w kolejności, ich flagi mogą zostać pominięte w wierszu poleceń (zobacz przykłady
poniżej). W przeciwieństwie do tej strony podręcznika, informacje z tej opcji będą zawsze dostępne
na bieżąco z najnowszą wersją programu.

-v | --wersja
Wyświetl numer wersji. Wyświetla również inne informacje, takie jak data kompilacji
i używana wersja glib.

FILE WEJŚCIE OPCJE

-i | --Wejście
Dane eksperymentu PCR w formacie pliku ipcress opisanym powyżej.

-s | --sekwencja
Określ sekwencje. W tym miejscu można określić wiele plików, co zmniejsza FSM
koszty budowy i sprawia, że ​​ipcress działa szybciej niż sam proces
osobno.

IPCRESS PARAMETRY

-m | --niezgodność
Określ liczbę niedopasowań dozwolonych na elementarz. Dopuszczanie niedopasowań zmniejsza
prędkość programu musi być skonstruowana jako duże sąsiedztwo podkładu, i
mniej eksperymentów można dopasować do pamięci przed każdym skanowaniem sekwencji
bazy danych.

-M | --pamięć
Określ ilość pamięci, z której program ma korzystać. Im więcej pamięci wykonane
dostępny ipcress, tym szybciej będzie działać, ponieważ można przeprowadzić więcej eksperymentów PCR
w każdym skanowaniu baz danych sekwencji. Nie obejmuje to pamięci używanej podczas
skan (do przechowywania częściowych wyników i sekwencji), więc rzeczywista ilość
Zużyta pamięć będzie nieco wyższa.

-p | --piękny
Wyświetl wyniki w formacie czytelnym dla człowieka, nieprzeznaczonym do analizowania.

-P | --produkty
Wyświetl produkty PCR jako sekwencję formatu FASTA.

-S | --nasionko
Określ długość materiału siewnego dla słowa sąsiedztwo dla FSM. Jeśli ustawione na zero,
używany jest pełny podkład. Krótsze słowa zmniejszają rozmiar sąsiedztwa, ale
zwiększyć czas potrzebny ipcress na filtrowanie fałszywych trafień.

ŚRODOWISKO

Jeszcze nie udokumentowane.

PRZYKŁADY

ipress test.ipress sekwencja.fasta
Jest to najprostszy sposób wykorzystania ipcress.
ipress dbsts_human.ipcress --sekwencja ncbi30/*.fasta --niezgodność 1
Porównaj plik wejściowy z zestawem plików fasta, dopuszczając jedno niedopasowanie w każdym
Elementarz.

WERSJA

Ta dokumentacja jest dołączona do wersji 2.2.0 pakietu exonerate.

Korzystaj z ipcress online, korzystając z usług onworks.net