Jest to polecenie ipig, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
ipig - Integracja PSM z wizualizacjami przeglądarki Genome
STRESZCZENIE
świnka <psm plik> |-g|-c|-cg [ ]
OPIS
Celem iPiG jest integracja dopasowań widma peptydów (PSM) ze spektrometrii mas
(MS) Identyfikacja peptydów w wizualizacjach genomowych dostarczonych przez przeglądarkę genomu, np
jako przeglądarka genomu UCSC (http://genome.ucsc.edu/).
iPiG pobiera PSM ze standardowego formatu MS mzIdentML (*.mzid) lub w formacie tekstowym i
zapewnia wyniki w formatach ścieżki genomu (pliki BED i GFF3), które można łatwo przetworzyć
importowane do przeglądarek genomu.
OPCJE
<psm plik>
wskazuje plik z dopasowaniami widma peptydów (mzid/txt)
-g, -gui
uruchamia graficzny interfejs użytkownika iPiG
-c, -kontrola
rozpoczyna kontrolę genów, niezbędne pliki należy wskazać w konfiguracji
filet
-cg, -kontrola
uruchamia graficzny interfejs użytkownika kontroli genów
-d, -pobieracz
rozpoczyna pobieranie interfejsu graficznego
można wskazać inny plik konfiguracyjny (w przeciwnym razie plik ipig.conf zostanie załadowany przez
domyślna)
dodatkowe wymagania:
używając trybu innego niż GUI, plik konfiguracyjny (domyślnie ipig.conf) musi zawierać kilka
dodatkowe parametry, np. wskazanie genomu referencyjnego itp.
w trybie GUI (-g i -cg), dodatkowe parametry można wskazać na dwa sposoby, w obrębie
interfejsu lub również z plikiem konfiguracyjnym.
zajrzyj do plików readme.txt i ipig.conf, gdzie znajdziesz przykłady i więcej szczegółów na temat
dodatkowe parametry
Użyj ipig online, korzystając z usług onworks.net
