king-probe — Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

king-probe - Ocena i wizualizacja upakowania międzyatomowego białek

OPIS

Składnia: wejście sondy.pdb >> out.kin

lub: sonda [flagi] „wzorzec src” [„wzorzec docelowy”] pdbfiles... >> out.kin

Flagi:
-Samego siebie samoprzecięcie: src -> src (domyślnie)

-Obie przecinają się w obie strony: src <=> targ

-Raz pojedyncze przecięcie: src -> targ

-Na zewnątrz zewnętrzna powierzchnia van der Waalsa src (powierzchnia kontaktu z rozpuszczalnikiem)

-AUTObondrot filename
odczytać i przetworzyć plik autobondrot

skróty:

< >tak samo jak: -4 XNUMX godz -mc - hej -samego siebie „altA ogt33”

-DOMYŚLNE
tak samo jak: < >, ale pozwala na inne flagi

-SC Powierzchnia taki sam jak: -upuszczać -rad1.4 -na zewnątrz „nie woda”

-Narażony
taki sam jak: -upuszczać -rad1.4 -na zewnątrz (uwaga: wzór materiałów eksploatacyjnych użytkownika)

-Powierzchnia
taki sam jak: -upuszczać -rad0.0 -dodaj 1.4 -na zewnątrz „nie woda”

-DOSTĘP
taki sam jak: -upuszczać -rad0.0 -dodaj 1.4 -na zewnątrz (uwaga: wzór materiałów eksploatacyjnych użytkownika)

-SKANUJ0 taki sam jak: -4 XNUMX godz -mc -samego siebie „alta blt40 ogt33”

-SKANUJ1 taki sam jak: -4 XNUMX godz -pewnego razu „sc alta blt40 ogt33” „alta blt40 ogt65,(nie woda ogt33)”

-DUMPAtominfo
policz atomy w zaznaczeniu: src

(zwróć uwagę, że BOTH i ONCE wymagają dwóch wzorców while

OUT, SELF i DUMPATOMINFO wymagają tylko jednego wzoru)

-Domniemany
ukryte wodory

-Wyraźny
jawne wodory (domyślne)

-Gęstość#
ustaw gęstość punktów (domyślnie 16 punktów/kwadrat A)

-Promień#.#
ustawić promień sondy (domyślnie 0.25 A)

-ADDvdw#.#
przesunięcie dodane do promieni Van der Waalsa (domyślnie 0.0)

-SKALAVdw#.# współczynnik skali dla promieni Van der Waalsa (domyślnie 1.0)

-COSCale#.#
skala C=O węgiel promienie Van der Waalsa (domyślnie 0.94)

-Kolec rysuj kolec zamiast kropek (domyślnie)

-Kolec#.#
ustaw skalę skoku (domyślnie=0.5)

-NIESpike
rysuj tylko kropki

-HBRregularny#.# maksymalne nakładanie się dla zwykłych Hbondów (domyślnie=0.6)

-HBNaładowany#.# maksymalne nakładanie się naładowanych obligacji H (domyślnie=0.8)

-Trzymać zachowaj niewybrane atomy (domyślnie)

-Upuszczać upuść niewybrane atomy

-Limit ograniczaj punkty uderzenia do maksymalnej odległości podczas całowania (domyślnie)

-Bez limitu
nie ograniczaj kropek

-Obiektyw dodaj słowo kluczowe Lens do pliku kin

-NOLEN
nie dodawaj słowa kluczowego Lens do pliku kin (domyślnie)

-MC uwzględnij interakcje mainchain->mainchain

-HET dołącz kropki do grup HET innych niż woda (domyślnie)

-NOHET
wyklucz kropki do grup HET innych niż woda

-Fale
dołącz kropki do wody (domyślnie)

-NOWATowcy
wyklucz kropki do wody

-WAT2wat
pokaż kropki pomiędzy wodami

-DUMP2O
obejmują wodę H? lista wektorów na wyjściu

-4 XNUMX godz rozszerzyć usuwanie punktów łańcucha wiązania do 4 dla H (domyślnie)

-3 ogranicz usuwanie punktów łańcucha wiązania do 3

-2 ogranicz usuwanie punktów łańcucha wiązania do 2

-1 ogranicz usuwanie punktów łańcucha wiązania do 1

-IGNOROWAĆ Wyraźne upuszczenie „wzoru”: ignoruj ​​atomy wybrane według wzoru

-DOCHO
rozpoznaje wiązania CH..O H

-CHO#.#
współczynnik skali dla wyniku CH..O Hbond (domyślnie=0.5)

-Polar H
użyj krótkich promieni wodorów polarnych (domyślnie)

-NOPolarH
nie skracaj promieni polarnych wodorów

-NOFACEhbond nie identyfikuj HBondów z twarzami aromatycznymi

-Nazwa „nazwa” określ nazwę grupy (domyślnie „kropki”)

-MASTER
nazwa grupy używana jako dodatkowy master={name} na listach

-NOGrupa
nie generuj instrukcji @group w formacie wyjściowym .kin

-KINemage
dodaj instrukcję @kinemage 1 na początek wyjścia w formacie .kin

-Liczenie kropek
generuj liczbę kropek, a nie listę kropek

-Niesformatowany
wyprowadź surową informację o kropce

nazwa:pat:typ:srcAtom:targAtom:mingap:gap:spX:
spY:spZ:spikeLen:score:stype:ttype:x:y:z:sBval:tBval:

-OFORMATUJ
Informacje o kropce wyjściowej sformatowane do wyświetlania w O

-XVFORMAT
Informacje o kropkach wyjściowych sformatowane do wyświetlania w XtalView

-JEDNA LINIA
wyprowadź jedną linię :contacts:by:severity:type:

-GAPkolor
pokoloruj kropki według wielkości odstępu (domyślnie)

-ATOMkolor
pokoloruj kropki według typu atomu

-Kolor podstawowy
pokoloruj kropki według typu zasady kwasu nukleinowego

-KOLORBaza
pokoloruj kropki według przerwy i typu zasady kwasu nukleinowego

-OUTCOLor „nazwa” określa kolor punktu -NA ZEWNĄTRZ (domyślnie „szary”)

-GAPWaga#
ustaw wagę luk punktacji (domyślnie 0.25)

-BUMPWaga# ustaw względną skalę dla progów punktacji (domyślnie 10.0)

-HBWaga#
ustaw względną skalę punktacji Hbonds (domyślnie 4.0)

-DIVNiski#.#
Podział na kategorie Bump (domyślnie -0.4)

-DIVWysoki#.#
Podział na kategorie kontaktów (domyślnie 0.25)

-MINOCCupancy#.#
Obłożenie poniżej tej wartości jest równe zeru (domyślnie 0.02)

-Element
dodaj przyciski główne dla różnych elementów na wyjściu kin

- NIC
nie wyprowadzaj styków dla HBonds

-NOCLASHOUT
nie wysyłaj styków w przypadku kolizji

-NOVDWOUT
nie wysyłaj styków dla interakcji van der Waalsa

-TYLKO ZŁE
tylko złe wyjścia, złe kolizje (poważne nakładanie się styków)

-STRESZCZENIE
wyjściowa lista podsumowująca kontaktów i kolizji

-JEDNA LINIA
lista podsumowań wyników w Internecie

-UWAGI
nie wyświetlaj paska nazwy pozostałości podczas przetwarzania

-STDBOND
zakładać tylko standardowe wzory wiązania w standardowych resztach

-NIERODZIC
nie wiązać wodorów w oparciu o tabelę macierzystych ciężkich atomów

-SEGID użyj pola PDB SegID do rozróżnienia reszt

-OLDU wygeneruj stary styl -u wyjście: KissEdge2BullsEye itp

-Gadatliwy
tryb szczegółowy (domyślny)

-Odniesienie
wyświetl ciąg referencyjny

-Zmiany
wyświetlić listę zmian w programie

-Cichy tryb cichy

-Pomoc pokaż rozszerzoną informację o pomocy (zawiera inne flagi)

-WERSJA
wersja jednowierszowa na standardowe wyjście

Elementy wzorca: (należy umieścić w cudzysłowie w wierszu poleceń)

PLIK# w pliku #

MODEL # w modelu #

ŁAŃCUCH
w łańcuchu a

SEGaaaa
identyfikator segmentu aaaa (gdzie _ oznacza puste miejsce)

Konformacja alternatywna ALTa a

ATOMaaaa
nazwa atomu aaaa (gdzie _ oznacza puste miejsce) (używane są wszystkie 4 znaki, więc będzie to H
ATOM_H__)

Pozostałość RESaaa aaa

# pozostałość #

#reszta #, wstaw a

#-# zakres pozostałości # (wstawianie kodów ignorowane)

typ pozostałości za pomocą jednoliterowych kodów (np. y)

aaa typ pozostałości za pomocą trzyliterowego kodu (np. tyr)

WSZYSTKIE, BIAŁKO, MC, SC, PODSTAWA, ALFA, BETA, AZOT, WĘGEL,
Tlen, siarka, fosfor, wodór, metal, polar,
NIEPOLARNY, NAŁADOWANY, DONOR, AKCEPTOR, AROMATYCZNY, METYL, CIEPŁO, WODA, DNA, RNA

wszystkie lub podzbiór atomów

OLT# Obłożenie mniejsze niż # (procent całkowity)

OGT# Obłożenie większe niż # (procent całkowity)

BLT# Wartość B mniejsza niż # (liczba całkowita)

BGT# Wartość B większa niż # (liczba całkowita)

INSa Wstaw kod a (gdzie _ oznacza puste miejsce)

W CIĄGU #.# Z #.#, #.#, #.#
atomy w pewnej odległości od punktu

Wzorce można łączyć w listy oddzielone przecinkami, np. „trp,phe,tyr”.
TRP, PHE lub TYR.

Wszystkie wzorce oddzielone spacjami muszą być prawdziwe, na przykład „łańcuchb 1-5”.
reszty 1 do 5 w łańcuchu B.

Możesz także grupować wzorce za pomocą nawiasów, oddzielać wiele wzorców za pomocą |
co oznacza „lub” i wybierz uzupełnienie NOT, jak w „not file1”, co oznacza nie w
plik 1.

Plik autobondrot jest podobny do innych plików wejściowych PDB, ale zawiera informacje
identyfikacja atomów podlegających obrotom i innym przemianom.

Przykładowy fragment pliku autobondrot przedstawiający rotację wiązania Calpha-Cbeta i okres
funkcja kary za skręcanie dla tego obrotu

ATOM 1 CB TYR 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00

bondrot:chi1:78.7:
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659

cos:-3:60:3: ATOM 1 1HB TYR 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
ATOM 1 2HB TYR 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 ATOM 1 CG
TYR 61 33.836 16.989 3.546 1.00 0.00 ...

Polecenia Autobondrot używają dwukropków do oddzielania wartości. Transformacje:
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

NULL # manekin

Funkcje odchylenia:
COS:skala:przesunięcie fazy:częstotliwość POLY:skala:przesunięcie:wielomianStopień STAŁA:wartość

Rozgałęzienia:
ZAPISZ i PRZYWRÓĆ lub „(” i „)”

(np. aby obrócić każde Chi i metyl dla izoleucyny

sekwencja to: rotChi1/SAVE/rotChi2/rotCD1/RESTORE/rotCG2)

Ustaw orientację: GO:kąt1:kąt2:... Dołącz pliki: @filename Komentarze:
# tekst komentarza

sonda: wersja 2.13.110909, Copyright 1996-2011, J. Michael Word

Skorzystaj z usługi king-probe online, korzystając z usług onworks.net