Jest to komenda kmer-mask, którą można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
kmer-mask - zestaw masek i filtrów sekwencji nukleotydowych według zawartości kmerów
STRESZCZENIE
kmer-maska {-powieść|-potwierdzony} [-mdb baza danych mer] [-ms rozmiar mer] [-wyd istniejąca baza danych] [-m
minimalny rozmiar] [-e rozszerz rozmiar] [-niski próg l] [-wysoki próg h] [-t threads] [-v] [-h
histogram] [-promować|-zdegradować|-odrzucać] -1 w.1.fastq [-2 w.2.fastq] -o przedrostek wyjściowy
OPIS
Zestaw masek i filtrów sekwencji (zakładanych do odczytania) według zawartości kmer. Maskowanie może być
zrobić, aby zachować nową sekwencję, której nie ma w bazie danych, lub zachować potwierdzoną obecną sekwencję
w bazie danych. Filtrowanie odseparuje sekwencje w pełni, częściowo lub niezamaskowane.
OPCJE
-mdb baza danych mer
maskowanie obciążenia kmers od Meryl(1) baza danych mer
-ms rozmiar mer
-wyd istniejąca baza danych
zapisz maskowanie kmers do an istniejeDB(1) plik istniejąca baza danych dla szybszego restartu
-1 w.1.fastq
-2 w.2.fastq
input odczytuje pliki w formacie fastq, fastq.gz, fastq.bz2 lub fastq.xz. Drugi jest
opcjonalne, ale psuje klasyfikację wyjściową, jeśli nie jest obecna.
-o na zewnątrz
przedrostek odczytów danych wyjściowych
na zewnątrz.w pełni zamaskowany.[12].fastq
odczyty z zachowaniem zasad poniżej „niskiego progu”.
na zewnątrz.częściowo zamaskowany.[12].fastq
czyta pomiędzy
na zewnątrz.zachowane.[12].fastq
odczyty z zachowaniem więcej niż „wysokich progów” zasad
na zewnątrz.odrzucone.[12].fastq
odczyty ze stanem sprzecznym
-m minimalny rozmiar
zignoruj trafienia w bazie danych poniżej tej liczby kolejnych kilometrów (0)
-e rozszerz rozmiar
rozszerz trafienia w bazie danych na tak wiele brakujących kmerów (0)
-powieść ZACHOWAJ nową sekwencję, której nie ma w bazie danych
-potwierdzony
ZACHOWAJ potwierdzoną sekwencję obecną w bazie danych
-promować
awansować mniejszy ZACHOWANY odczyt do statusu bardziej ZACHOWANEGO odczytu
read1=całkowicie zamaskowany i read2=częściowo zamaskowany -> oba są częściowo zamaskowane
-zdegradować
zdegradować bardziej ZACHOWANY odczyt do statusu mniejszego ZACHOWANEGO odczytu
read1=całkowicie zamaskowany i read2=częściowo zamaskowany -> oba są w pełni zamaskowane
-odrzucać
odrzuć pary o statusie konfliktu (DOMYŚLNY) read1=fullmasked i
read2=częściowo zamaskowany -> oba są odrzucane
statystyki on stderr, numer of sekwencje w ilość ZATRZYMANE:
-niski próg t
(0.3333)
-wysoki próg t
(0.6667)
-h histogram
napisz histogram ilości ZACHOWANYCH sekwencji
-t t posługiwać się t wątki obliczeniowe
-v pokaż postęp
Korzystaj z kmer-mask online, korzystając z usług onworks.net
