Jest to polecenie load_genbankp, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
load_genbank.pl - Załaduj bazę danych Bio::DB::GFF z plików GENBANK.
STRESZCZENIE
% load_genbank.pl -d genbank -f plik_lokalny.gb
%load_genbank.pl -d genbank -a AP003256
UWAGA: Skrypt bp_genbank2gff.pl w dystrybucji BioPerl jest taki sam jak ten skrypt.
OPIS
Ten skrypt ładuje bazę danych Bio::DB::GFF z funkcjami zawartymi w lokalnym
plik genbank lub dostęp, który jest pobierany z genbank. Różne opcje wiersza poleceń
pozwalają kontrolować, którą bazę danych należy załadować i czy zezwolić istniejącej bazie danych na
być nadpisanym.
Ten skrypt używa obecnie tylko MySQL, chociaż jest to dowód zasady i może z łatwością
zostać rozszerzony do pracy z innymi RDMS, które są obsługiwane przez GFF za pośrednictwem adapterów.
WIERSZ POLECEŃ OPCJE
Opcje wiersza polecenia mogą być skrócone do opcji jednoliterowych. np. -d zamiast
--Baza danych.
--create Wymuś tworzenie i inicjalizację bazy danych
--dsn Źródło danych (domyślnie dbi:mysql:test)
--użytkownik Nazwa użytkownika do uwierzytelniania mysql
--przechodzić Hasło do uwierzytelniania mysql
--pełnomocnik Serwer proxy używany do zdalnego dostępu
--file Argumenty, które następują, to nazwy plików Genbank/EMBL (domyślnie)
--Argumenty akcesyjne, które podano poniżej, to numery dostępu do genbanku
--stdout Zapisz przekonwertowany plik GFF na standardowe wyjście zamiast ładowania
Korzystaj z load_genbankp online za pomocą usług onworks.net
