Jest to locuspocus poleceń, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
locuspocus - oblicz współrzędne locus dla danej adnotacji genu
STRESZCZENIE
miejscespokus [Opcje] plik gff3 [plik gff3 plik gff3 ...]
OPIS
Podstawowe opcje:
-d|--debugowanie
wydrukuj szczegółowe komunikaty debugowania do terminala (błąd standardowy)
-h|--pomoc
wydrukuj tę wiadomość pomocy i wyjdź
-v|--wersja
wydrukuj numer wersji i wyjdź
Analiza iLocus:
-l|--delta: LCAŁK
podczas analizowania loci interwałowych użyj następującej delty, aby rozszerzyć loci genów i uwzględnić
potencjalne regiony regulacyjne; wartość domyślna to 500
-s|--pomija
wyliczając loci przedziałów, wyklucz niezanotowane (i przypuszczalnie niekompletne)
iLoci na obu końcach sekwencji
-e|--koniec
zgłaszają tylko niekompletne fragmenty iLocus na nieopisanych końcach sekwencji
(dopełnieniem --pomija)
-y|--skipiloci
nie zgłaszaj międzygenowych iLoci
Opcje uszlachetniania:
-r|--doprecyzuj
domyślnie geny są zgrupowane w tym samym iLocus, jeśli zachodzą na siebie; 'oczyścić'
tryb pozwala na bardziej szczegółową obsługę nakładających się genów
-c|--CD
używać CDS zamiast UTR do określania nakładania się genów; implikuje tryb „udoskonalania”.
-m|--minoverlap: LCAŁK
minimalna liczba nukleotydów, które muszą pokrywać się dwa geny, aby zostały zgrupowane w tym samym
iLocus; wartość domyślna to 1
Opcje wyjściowe:
-n|--nazwa: STR
podaj ciąg formatu w stylu printf, aby zastąpić domyślny format identyfikatora dla new
utworzone loci; domyślnie jest to „locus% lu” (locus1, locus2 itd.) dla loci i „iLocus% lu”
(iLocus1, iLocus2 itd.) dla loci interwałowych; zwróć uwagę, że ciąg formatu powinien zawierać a
pojedynczy specyfikator %lu do wypełnienia długą wartością całkowitą bez znaku
-i|--ilens: PLIK
utwórz plik z długościami każdego międzygenowego iLocus
-g|--genemap: PLIK
wydrukuj mapowanie z każdej adnotacji genu do odpowiadającego jej locus do podanego
filet
-o|--outfile: PLIK
nazwa pliku, do którego zostaną zapisane wyniki; domyślnie jest to terminal (standard
wynik)
-T|--zachowuje
zachować oryginalne identyfikatory funkcji z plików wejściowych; konflikty wystąpią, jeśli dane wejściowe
zawiera zduplikowane wartości identyfikatorów
-t|--transmap: PLIK
wydrukuj mapowanie z każdej adnotacji transkryptu do odpowiedniego locus do
dany plik
-V|--pełne
uwzględnić wszystkie podfunkcje locus (geny, RNA itp.) w danych wyjściowych GFF3; domyślny
obejmuje tylko cechy locus
Opcje wprowadzania:
-f|--filtr: TYP
oddzielona przecinkami lista typów obiektów do wykorzystania przy konstruowaniu loci/iLoci; domyślnie jest
'gen'
-p|--rodzic: CT:PT
jeśli obiekt typu $CT istnieje bez elementu nadrzędnego, utwórz element nadrzędny dla tego obiektu
z typem $PT; na przykład mRNA:gen utworzy cechę genu jako rodzic dla
dowolna cecha mRNA najwyższego poziomu; tę opcję można określić wiele razy
-u|--pseudo
popraw błędnie oznaczone pseudogeny
Korzystaj z locuspocus online, korzystając z usług onworks.net
