Jest to polecenie macs2_bdgdiff, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
macs2_bdgdiff — analiza oparta na modelu dla sekwencjonowania ChIP
OPIS
użycie: macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG
[-C ODCIĘCIE] [-l MINLEN] [-g MAX ODSTĘP] [--d1 GŁĘBOKOŚĆ1]
[--d2 DEPTH2] [--outdir ZEWN] (--o-przedrostek OPREFIKS | -o OFILE OFILE OFILE)
fakultatywny argumenty:
-h, --help
pokaż tę wiadomość pomocy i wyjdź
--t1 T1BDG
Łóżko typu pileup MACSWykres dla warunku 1. Niekompatybilny ze szczytem wywoławczym --SPMR wyjście.
WYMAGANE
--t2 T2BDG
Łóżko typu pileup MACSWykres dla warunku 2. Niekompatybilny ze szczytem wywoławczym --SPMR wyjście.
WYMAGANE
--c1 C1BDG
Sterowanie MACS lambda bedWykres dla warunku 1. Niekompatybilny ze szczytem wywoławczym --SPMR
wyjście. WYMAGANY
--c2 C2BDG
Sterowanie MACS lambda bedWykres dla warunku 2. Niekompatybilny ze szczytem wywoławczym --SPMR
wyjście. WYMAGANY
-C ODCIĄĆ, --odciąć ODCIĄĆ
wartość odcięcia logLR. DOMYŚLNIE: 3 (współczynnik wiarygodności = 1000)
-l MINLEN, --min-len MINLENA
Minimalna długość obszaru różniczkowego. Wypróbuj większą wartość, aby usunąć małe regiony.
DOMYŚLNIE: 200
-g MAXGAP, --max-przerwa MAXGAP
Maksymalna przerwa do połączenia pobliskich regionów różnicowych. Rozważ szerszą lukę dla szerokiego
znaki. Maksymalna szczelina powinna być mniejsza niż minimalna długość (-g). DOMYŚLNIE: 100
--d1 GŁĘBOKOŚĆ1, --głębokość1 GŁĘBOKOŚĆ1
Głębokość sekwencjonowania (liczba nienadmiarowych odczytów w milionach) dla warunku 1. Będzie
używane razem z --d2. Zobacz opis dla --d2 poniżej, jak je przypisać.
Domyślnie: 1
--d2 GŁĘBOKOŚĆ2, --głębokość2 GŁĘBOKOŚĆ2
Głębokość sekwencjonowania (liczba nienadmiarowych odczytów w milionach) dla warunku 2. Będzie
używane razem z --d1. Do obliczenia skalowania zostaną użyte DEPTH1 i DEPTH2
dla każdej próbki, aby zmniejszyć skalę większej próbki do poziomu mniejszej.
Na przykład, porównując 10 milionów warunek 1 i 20 milionów warunek 2, użyj
--d1 10 --d2 20, wówczas wartość pileupu w bedGraph dla warunku 2 zostanie podzielona przez
2. Domyślnie: 1
--zewnętrzny ZEWN
Jeśli zostanie określony, wszystkie pliki wyjściowe zostaną zapisane w tym katalogu. Domyślnie:
bieżący katalog roboczy
--o-przedrostek OPREFIKS
Przedrostek pliku wyjściowego. Rzeczywiste pliki będą nazywane PREFIX_cond1.bed,
PREFIX_cond2.bed i PREFIX_common.bed. Wzajemnie wykluczające się z -o/--plik.
-o OFILE OFILE OFILE, --oplik OFILE OFILE OFILE
Nazwy plików wyjściowych. Należy podać trzy argumenty w kolejności: 1. plik dla unikalnych regionów w
warunek 1; 2. plik dla unikalnych regionów w warunku 2; 3. plik dla wspólnych regionów
w obu warunkach. Uwaga: wykluczają się wzajemnie z --o-przedrostek.
Użyj macs2_bdgdiff online, korzystając z usług onworks.net
