Jest to polecenie macs2_filterdup, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
macs2_filterdup — analiza oparta na modelu dla sekwencjonowania ChIP
OPIS
użycie: macs2 filterdup [-h] -i JEŚLI PLIK [JEŻELI PLIK ...]
[-f {AUTO, BAM, SAM, ŁÓŻKO, ELAND, ELANDMULTI, ELANDEXPORT, MUSZA}]
[-g GROZMIAR] [-s TROZMIAR] [-p PWARTOŚĆ] [--keep-dup KEEPDUPLICATES] [--verbose VERBOSE]
[--outdir KATAZZEWN] [-o PLIK WYJŚCIOWY] [-d]
fakultatywny argumenty:
-h, --help
pokaż tę wiadomość pomocy i wyjdź
-i IFILE [IFILE...], --plik JEŚLI PLIK [JEŻELI PLIK ...]
Plik wyrównania ChIP-seq. Jeśli wiele plików zostanie podanych jako '-t AB C', to będą
wszystko należy czytać i łączyć. Pamiętaj, że dane końca pary nie powinny działać z tym
Komenda. WYMAGANY.
-f {AUTO, BAM, SAM, ŁÓŻKO, ELAND, ELANDMULTI, ELANDEXPORT, BOWTIE}, --format
{AUTO,BAM,SAM,ŁÓŻKO,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,MÓWKA}
Format pliku znacznika, „AUTO”, „BED” lub „ELAND” lub „ELANDMULTI” lub „ELANDEXPORT” lub
„SAM”, „BAM” lub „BOWTIE”. Domyślna opcja AUTO pozwoli na „macs2 filterdup”
Zdecyduj, jaki format ma plik. Jeśli tak, sprawdź definicję w pliku README
wybierz ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE. DOMYŚLNIE: „AUTO”
-g GROZMIAR, --grozmiar ROZMIAR G
Efektywna wielkość genomu. Może to być 1.0e+9 lub 1000000000 lub skrót: „hs” dla człowieka
(2.7e9), „mm” dla myszy (1.87e9), „ce” dla C. elegans (9e7) i „dm” dla muszki owocowej
(1.2e8), DOMYŚLNIE: godz
-s ROZMIAR, --trozmiar ROZMIAR
Wielkość etykiety. To zastąpi automatycznie wykryty rozmiar tagu. DOMYŚLNE: Nie ustawiono
-p WARTOŚĆ, --pwartość WARTOŚĆ
Wartość odcięcia p dla testu rozkładu dwumianowego. DOMYŚLNIE: 1e-5
--trzymaj się ZACHOWAJDUPLIKATY
Kontroluje zachowanie „macs2 filterdup” w stosunku do zduplikowanych tagów/par w
dokładnie to samo miejsce -- ta sama koordynacja i ta sama nić. Opcja „automatyczna”.
sprawia, że „macs2 filterdup” oblicza maksymalną liczbę tagów w dokładnie tej samej lokalizacji
na temat rozkładu binomalnego przy użyciu podanego -p jako wartość odcięcia p; i opcja „wszystko” zostaje zachowana
co tagi (przydatne, jeśli chcesz tylko konwertować formaty). Jeśli podana jest liczba całkowita, at
większość tej liczby tagów będzie przechowywana w tym samym miejscu. Uwaga, szczyt wywołań MACS2
funkcja domyślnie używa KEEPDUPLICATES=1. Uwaga, jeśli użyłeś samtools lub picard
aby oznaczyć duplikaty w bicie 1024, MACS2 odrzuci je bez względu na to, jak ustawisz
ZACHOWAJDUPLIKATY. Domyślnie: automatycznie
--gadatliwy GADATLIWY
Ustaw poziom szczegółowości. 0: pokaż tylko krytyczny komunikat, 1: pokaż dodatkowe ostrzeżenie
komunikat, 2: pokaż informacje o procesie, 3: pokaż komunikaty debugowania. Jeśli chcesz wiedzieć
gdzie są zduplikowane odczyty, użyj 3. DEFAULT:2
--zewnętrzny ZEWN
Jeśli zostanie określony, wszystkie pliki wyjściowe zostaną zapisane w tym katalogu. Domyślnie:
bieżący katalog roboczy
-o PLIK WYJŚCIOWY, --oplik PLIK WYJŚCIOWY
Nazwa pliku wyjściowego BED. Jeśli nie określono, zapisze na standardowe wyjście. DOMYŚLNY:
stdout
-d, --próba
Po ustawieniu filterdup będzie wyświetlał tylko liczby zamiast zapisywać pliki wyjściowe,
w tym maksymalne dopuszczalne duplikaty, łączna liczba odczytów przed filtrowaniem,
całkowita liczba odczytów po filtrowaniu i współczynnik nadmiarowości. Wartość domyślna: nie ustawiona
Użyj macs2_filterdup online, korzystając z usług onworks.net
