Jest to polecenie make_das_confp, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
make_das_conf.pl - Twórz pliki konfiguracyjne GBrowse ze źródeł DAS
STRESZCZENIE
%make_das_conf.pl http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/das/hg16 > /usr/local/apache/conf/gbrowse.conf/ucsc.conf
OPIS
Ten skrypt generuje wstępny plik konfiguracyjny odpowiedni do przeglądania zdalnego serwera DAS
serwer.
Aby użyć tego skryptu, podaj mu adres URL serwera DAS. Jeśli wskażesz go na podstawowy adres URL DAS
(bez nazwy źródła danych), jak w „http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/das", to będzie
wypisz listę prawidłowych źródeł danych na standardowe wyjście. Jeśli podasz pełny adres URL DAS,
jak w "http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/das/hg16", wydrukuje konfigurację gbrowse
plik na standardowe wyjście.
Prawdopodobnie będziesz chciał zmodyfikować plik konfiguracyjny po jego wygenerowaniu. W
W szczególności będziesz chciał dostosować typy glifów powiązane z każdą ścieżką i
dostosuj listę przykładów podaną w instrukcjach (domyślnie ten skrypt używa rozszerzenia
pełna lista punktów wejścia, która może być dość długa).
Należy również pamiętać, że ten skrypt tworzy zestaw agregatorów, które mogą, ale nie muszą
prawidłowy. Rozważmy przypadek serwera DAS, który wykorzystuje strukturę kanoniczną dla a
złożony mRNA:
główna metoda: mRNA
podczęści: 5'-UTR, CDS, 3'-UTR
Ten skrypt konwersji wygeneruje następujący zestaw agregatorów:
mRNA{mRNA}
5'-UTR{5'-UTR}
CDS{CDS}
3'-UTR{3'-UTR}
Wygeneruje także w sumie cztery ścieżki, po jednej dla mRNA i każdej jego części.
Jest to oczywiście błędne. Będziesz chciał skonsolidować je w jeden
agregator:
mRNA{5'-UTR,3'-UTR,CDS/mRNA}
Użyj make_das_confp online, korzystając z usług onworks.net
