Jest to polecenie maskseqe, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu Mac OS
PROGRAM:
IMIĘ
maskseq - Napisz sekwencję z zamaskowanymi regionami
STRESZCZENIE
maskaq -sekwencja sekwencja -regiony zasięg [-obniżyć przełącznik] -maska ciąg
-nast sekwencja
maskaq -Pomoc
OPIS
maskaq to program wiersza poleceń firmy EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Pakiet oprogramowania"). Jest częścią grupy (grup) poleceń „Edycja”.
OPCJE
Wkład Sekcja
-sekwencja sekwencja
Wymagane Sekcja
-regiony zasięg
Regiony do zamaskowania. Zbiór regionów jest określony przez zbiór par pozycji. ten
pozycje są liczbami całkowitymi. Są one oddzielone dowolnym niecyfrowym, niealfatycznym znakiem.
Przykładowe specyfikacje regionów to: 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888
1,5,8,10,23,45,57,99
Dodatkowy Sekcja
-obniżyć przełącznik
Region można „zamaskować” poprzez konwersję znaków sekwencji na małe litery, niektóre
programy inne niż EMBOSS, np. fasta, mogą zinterpretować to jako zamaskowany region. Sekwencja to
bez zmian, z wyjątkiem zmiany przypadku. Możesz się upewnić, że cała sekwencja
jest pisany wielkimi literami przed maskowaniem określonych regionów małymi literami za pomocą
Flaga „-kolacja”. Wartość domyślna: N
-maska ciąg
Znak używany podczas maskowania. Domyślnie jest to „X” dla sekwencji białkowych, „N” dla nukleinowych
sekwencje. Jeśli znak maski jest ustawiony jako spacja lub znak null,
następnie sekwencja jest „maskowana” poprzez zmianę jej na małe litery, tak jak w przypadku
flaga „-małe”. Wartość domyślna: @($(acdprotein)?X:N)
Wydajność Sekcja
-nast sekwencja
Korzystaj z maskseqe online za pomocą usług onworks.net
