mauveAligner - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

mauveAligner - efektywne konstruowanie wielu dopasowań genomowych

STRESZCZENIE

mauveAligner [opcje] ...
nazwa pliku>

OPIS

Algorytmy wyrównania mauveAligner i progressiveMauve zostały zaimplementowane jako
programy wiersza polecenia dołączone do pobieranego oprogramowania Mauve. Kiedy uciekasz z
z wiersza poleceń, programy te udostępniają opcje, które nie są jeszcze dostępne w interfejsie graficznym.

OPCJE

--wyjście=Nazwa pliku wyjściowego.
Domyślnie drukuje na ekranie

--mamy Znajdź tylko MUM, nie próbuj określać lokalnie współliniowych bloków (LCB)

--bez rekurencji Nie wykonuj rekurencyjnej identyfikacji kotwicy (oznacza:
--wyrównanie bez przerw)

--no-lcb-rozszerzenie W przypadku określania LCB, nie próbuj przedłużać LCB

--rozmiar-nasiona=Początkowy rozmiar dopasowania nasion, domyślnie log_2 ( średnia długość sekwencji )

--max-rozszerzenie-iteracje=Ogranicz rozszerzenia LCB do tej liczby prób,
domyślnie 4

--wyeliminuj wtrącenia Wyeliminuj połączone wtrącenia w dopasowaniach podzbiorów.

--waga=Minimalna waga LCB w parach zasad na sekwencję

--match-input=Użyj określonego pliku dopasowania zamiast wyszukiwania dopasowań

--lcb-match-wejście Wskazuje, że plik wejściowy dopasowania zawiera dopasowania, które zostały:
skupione w LCB

--lcb-wejście=Użyj podanego pliku lcb zamiast konstruowania LCB (pomija LCB
generacja)

--scratch-ścieżka=W przypadku dużych genomów użyj katalogu do przechowywania danych tymczasowych.
Należy podać dwa lub więcej razy z różnymi ścieżkami.

--id-macierz=Generuj statystyki LCB i zapisuj je w określonym pliku

--rozmiar-wyspy=Znajdź wyspy większe niż podana liczba

--wyspa-wyjście=Wypisz wyspy podanego pliku (wymagane --rozmiar-wyspy)

--backbone-rozmiar=Znajdź odcinki kręgosłupa dłuższe niż podana liczba pz

--maksymalna przerwa-szkieletowa=Pozwalają na przerwanie kręgosłupa przez przerwy do tej długości w
bp

--backbone-wyjście=Wypisz wyspy podanego pliku (wymagane --rozmiar-wyspy)

--pokrycie-wyjście=Wypisz listę pokrycia do określonego pliku (- dla stdout)

--powtarza się Generuje powtarzalną mapę. Można określić tylko jedną sekwencję

--output-guide-drzewo=Napisz drzewo przewodnie do wyznaczonego pliku

--współliniowe Załóżmy, że sekwencje wejściowe są współliniowe — nie mają przegrupowań

Gapped wyrównanie sterownica:
--wyrównanie bez przerw Nie wykonuj wyrównania z przerwami

--maksymalna-długość-nakładki-odstępu=Maksymalna liczba par zasad do wyrównania z
wyrównywacz z przerwami

--min-rekursywna-długość-przerwy=Minimalny rozmiar przerw, które Mauve wykona rekurencyjnie
Zakotwiczenie MUM włączone (domyślnie 200)

Podpisano permutacja matryca opcje:
--permutacja-macierz-wyjście=Zapisz LCB jako podpisaną macierz permutacji, aby
podany plik

--permutacja-macierz-min-waga=Dla każdego zostanie napisana macierz permutacji
zestaw LCBs o wadze pomiędzy tą wartością a wartością --waga

Wyrównanie wydajność opcje:
--wyrównanie-katalog-wyjściowy=Wyprowadza zestaw plików wyrównania (jeden na LCB) do a
podany katalog

--wyrównanie-format-wyjściowy=Wybiera format wyjściowy dla --wyrównanie-kierunek-wyjściowy

--wyrównanie-wyjścia=Zapisz wyrównanie formatu XMFA do wyznaczonego pliku

Obsługiwane formaty wyjściowe wyrównania to: phylip, clustal, msf, nexus, mega, codon

Korzystaj z mauveAligner online, korzystając z usług onworks.net