Jest to polecenie mcmc_analytic, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
mcmc_analytic - Analiza MCMC
STRESZCZENIE
analiza_mcmc [OPCJE] Dane MCMC ...
OPIS
Ten program odczytuje dane wyjściowe MCMC z jednego lub kilku plików z programów w BEEP
pakiet. Ważne jest, aby w każdym pliku wejściowym znajdowały się te same kolumny.
Format wejściowy:
Dane wyjściowe iteracji MCMC w formacie
gdzie
jest logarytmem prawdopodobieństwa w formacie zmiennoprzecinkowym
to biały znak tabulatora oddzielający pola
jest liczbą całkowitą określającą liczbę porządkową iteracji
to lista pól oddzielonych średnikami zawierająca
parametry MCMC.
Parametry MCMC są wpisywane i nadawane w pierwszej linii pliku,
co jest w formacie
#L N [ ( )]+
Nazwy powinny być unikalne, ale nie muszą. The jest jeden
of
unosić się
logfloat
liczba całkowita
drzewo
pary ortologiczne
i używany do wnioskowania, jak analizować i analizować pozostałe linie.
Format wyjściowy:
Raport z przebiegu MCMC z późniejszymi szacunkami parametrów.
OPCJE
-b [zmiennoprzecinkowy|INT]
Procent (0 <= x <1) lub liczba (x jest liczbą całkowitą >= 1) wejścia, które ma zostać
wyrzucić jako spalanie. Wartość domyślna: 0.1.
-p STRING
Narysuj podany parametr . Dane wyjściowe to dwie kolumny, numer iteracji i
wartość parametru w iteracji.
-i STRING
Zignoruj nazwany parametr. Nazwy kolumn można znaleźć w wierszu nagłówka w wynikach MCMC. Ty
może nazwać kilka kolumn jednocześnie, używając formatu rozdzielanego przecinkami (np. -i
Długość, nazwa). Między nazwami kolumn nie są dozwolone spacje.
-t Wyprowadź LaTex do analizy.
-l Policz i zgłoś liczbę próbek w pliku wejściowym.
-poseł NT Maksymalna liczba punktów do wykreślenia.
-sp Wyraźnie wskaż punkty na wykresach.
-coda Plik wyjściowy pakietu CODA w formacie R
-drzewa kodowe
To samo co -coda, ale zawiera parametry drzewa. Każde drzewo jest wyprowadzane jako identyfikator całkowity
(kolejność nawiedzeń w łańcuchu, 1,2,...). Pamiętaj, aby użyć opcji -i, aby ukryć wszystkie drzewa
zawierające długości/czasy/szybkości.
-P Łańcuchy równoległe. Oznacza to, że na liście znajduje się kilka plików (równoległych) próbek.
URL
Strona główna prime-phylo: http://prime.sbc.su.se
Użyj mcmc_analytic online, korzystając z usług onworks.net
