topienie - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

topienie - obliczenia najbliższego sąsiada hybrydyzacji kwasów nukleinowych

STRESZCZENIE

topienie [Opcje]

OPIS

Topnienia oblicza dla dupleksu kwasu nukleinowego entalpię i entropię helisy-
przejście cewki, a następnie jego temperatura topnienia. Istnieją trzy rodzaje hybrydyzacji
możliwe: DNA/DNA, DNA/RNA i RNA/RNA. W programie zastosowano metodę najbliższego
sąsiedzi. Można na przykład łatwo zmienić zestaw parametrów termodynamicznych
po eksperymentalnym przełomie. Melting jest programem darmowym w obu znaczeniach
termin. Jest bezpłatny i ma open source. Ponadto jest kodowany w ISO C i
można skompilować na dowolnym systemie operacyjnym. Niektóre skrypty Perla pokazują, jak to zrobić
topienie może służyć jako blok do konstruowania bardziej ambitnych programów.

OPCJE

Opcje są traktowane sekwencyjnie. Jeśli występuje konflikt między wartością dwa
opcji, ta druga zwykle usuwa pierwszą.

-Aplik.nn
Informuje program, który ma być używany plik.nn jako alternatywny zbiór najbliższego sąsiada
parametrów, a nie wartości domyślnych dla określonego typu hybrydyzacji. The
standardowa dystrybucja topnienia udostępnia kilka plików gotowych do użycia: all97a.nn
(Allawi i in. 1997), bre86a.nn (Breslauer i in. 1986), san96a.nn (SantaLucia i in
1996) sug96a.nn (Sugimoto i in. 1996) san04a.nn (Santalucia i in. 2004) (DNA/DNA),
fre86a.nn (Freier i in. 1986), xia98a.nn (Xia i wsp. 1998), (RNA/RNA) i sug95a.nn
(Sugimoto i in. 1995), (DNA/RNA).

Program będzie szukać pliku w katalogu określonym podczas
instalacja. Jeśli jednak zdefiniowana jest zmienna środowiskowa NN_PATH, topienie będzie
najpierw poszukaj w tym. Bądź ostrożny, opcja -A zmienia domyślny parametr
zestaw zdefiniowany przez opcję -H.

-Csekwencja_uzupełniająca
Wchodzi w sekwencję komplementarną od 3' do 5'. Ta opcja jest obowiązkowa, jeśli istnieje
są niedopasowania pomiędzy dwoma pasmami. Jeżeli nie zostanie on użyty, program dokona obliczeń
jako uzupełnienie sekwencji wprowadzonej za pomocą opcji -S.

-Ddnadnade.nn
Informuje program o konieczności użycia pliku dnadnade.nn obliczyć udział
zwisające końce do termodynamiki przejścia spirala-cewka. Wiszące końcówki są
nie są uwzględniane w trybie przybliżonym.

-Fczynnik
Jest to współczynnik korekcyjny stosowany do modulowania działania kwasu nukleinowego
stężenie przy obliczaniu temperatury topnienia. Patrz sekcja ALGORYTM
dla szczegółów.

-Gx.xxe-xx
Stężenie magnezu (obecnie brak maksymalnego stężenia). Efekt
jonów na stabilność termodynamiczną dupleksów kwasów nukleinowych jest złożona,
a funkcje korygujące są w najlepszym razie przybliżonymi przybliżeniami. Opublikowano
Wzór korekcyjny Tm dla jonów dwuwartościowych Mg2+ Owczarzy i in al(2008 może
uwzględnić konkurencyjne wiązanie jednowartościowych i dwuwartościowych jonów w DNA.
Jednakże ten wzór dotyczy tylko dupleksów DNA.

-h Wyświetla krótką pomoc i kończy za pomocą EXIT_SUCCESS.

-Htyp_hybrydyzacji
Określa typ hybrydyzacji. Spowoduje to ustawienie najbliższego sąsiada do użycia jeśli
opcja nie zapewnia żadnego alternatywnego zestawu -A (pamiętaj, że opcje są czytane
sekwencyjnie). Ponadto ten parametr określa równanie, które należy zastosować, jeśli
długość sekwencji przekracza granicę zastosowania podejścia najbliższego sąsiada
(arbitralnie ustawione przez autora). Możliwe wartości to dnadna, dnarna i rnadna
(synonim) i rnarna. Ze względu na kompatybilność wartości poprzedniego
wersje topnienia A, B, C, F, R, S, T, U, W są nadal dostępne strongly
przestarzałe. Skorzystaj z opcji -A wymagać alternatywnego zestawu termodynamicznego
parametry. WAŻNE: Jeśli dupleks jest heterodupleksem DNA/RNA, sekwencja
W opcji należy wprowadzić nić DNA -S.

-Iplik_wejściowy
Podaje nazwę pliku wejściowego zawierającego parametry przebiegu. Wejście
musi zawierać jeden parametr w każdym wierszu, sformatowany jak w wierszu poleceń. Kolejność
nie jest ważne, a także puste linie. przykład:

###początek###
-HDnadna
-Asug96a.nn
-SAGCTCGACTC
-CTCGAGGTGAG
-N0.2
-P0.0001
-v
-Ksan96a

###koniec###

-iplik.nn
Informuje program, aby użył pliku file.nn jako alternatywnego zestawu pary inozyny
parametrów, a nie wartości domyślnych dla określonego typu hybrydyzacji.
Standardowa dystrybucja topnienia udostępnia kilka plików gotowych do użycia:
san05a.nn
(Santalucia i in. 2005) dla deoksyinozyny w dupleksach DNA, bre07a.nn (Brent M.
Znosko
i in. 2007) dla inozyny w dupleksach RNA. Należy pamiętać, że nie cała inozyna
niedopasowany
zbadano pary wobble'a. Dlatego może to być niemożliwe
obliczać
Tm dupleksu z parami inozyny. Co więcej, te pary inozyny takie nie są
Zadania
uwzględnić w trybie przybliżonym.

-Kkorekta soli
Pozwala wybrać inną poprawkę na stężenie sodu. Obecnie,
można wybierać pomiędzy mokro91a, San96a, san98a. Patrz sekcja ALGORYTM. TP. BI.
„-k” „x.xxe-xx”
Stężenie potasu (obecnie brak maksymalnego stężenia). Efekt
jonów
na stabilność termodynamiczną dupleksów kwasów nukleinowych jest złożona, a
poprawianie
funkcje są w najlepszym razie przybliżonymi przybliżeniami. Opublikowana poprawka Tm
wzór na
jony sodu Owczarzy i in. (2008) mają zatem zastosowanie również do buforów
zawierający Tris lub
KCl. Jednowartościowe jony K+, Na+, Tris+ stabilizują dupleksy DNA
o podobnej sile, a ich wpływ na stabilność dupleksu jest addytywny.
Jednak ta formuła
dotyczy tylko dupleksów DNA.

-L Drukuje informacje prawne i kończy za pomocą EXIT_SUCCESS.

-Mdnadnamm.nn
Informuje program o konieczności użycia pliku dnadnamm.nn obliczyć udział
niedopasowania do termodynamiki przejścia spirala-cewka. Pamiętaj, że nie wszystkie
zbadano niedopasowane pary Cricka. Dlatego może to być niemożliwe
obliczyć Tm niedopasowanego dupleksu. Co więcej, niedopasowania te nie są uwzględniane
uwzględnić w trybie przybliżonym.

-Nx.xxe-xx
Stężenie sodu (od 0 do 10 M). Wpływ jonów na termodynamikę
stabilność dupleksów kwasów nukleinowych jest złożona i ma funkcje korygujące
są w najlepszym razie przybliżonymi przybliżeniami. Co więcej, są one na ogół niezawodne
dla [Na+] należącego do [0.1,10M]. Jeśli nie ma innych jonów
rozwiązania, możemy zastosować jedynie korekcję sodu. W drugim przypadku korzystamy z
Owczarzy
algorytm.

-Oplik wyjściowy
Dane wyjściowe są kierowane do tego pliku zamiast na standardowe wyjście. Nazwa
plik można pominąć. Następnie generowana jest automatyczna nazwa formularza
MeltingYYYYMMMDD_HHhMMm.out (oczywiście w systemach zgodnych z POSIX można emulować
to z przekierowaniem stdout do pliku utworzonego z datą programu).

-Px.xxe-xx
Nadmierne stężenie nici kwasu nukleinowego (od 0 do 0.1 M).

-p Zwróć katalog, który powinien zawierać zestawy parametrów kalorymetrycznych i
zakończ za pomocą EXIT_SUCCESS. Jeśli zmienna środowiskowa NN_PATH jest ustawiona, jest ona zwracana.
W przeciwnym razie zwracana jest wartość zdefiniowana domyślnie podczas kompilacji.

-q Wyłącz interaktywną korektę błędnie wprowadzonego parametru. Przydatne do biegania
za pośrednictwem serwera lub skryptu wsadowego. Wartość domyślna to WYŁ. (tj. interaktywność włączona). The
przełącznik działa w obu znaczeniach. Dlatego jeśli -q został ustawiony w pliku wejściowym, innym
-q w wierszu poleceń wyłączy tryb cichy (to samo, jeśli dwa -q są ustawione
w tym samym wierszu poleceń).

-Ssekwencja
Sekwencja jednej nici dupleksu kwasu nukleinowego, wprowadzona od 5' do 3'. WAŻNE: Jeśli
jest to heterodupleks DNA/RNA, należy wprowadzić sekwencję nici DNA.
Urydynę i tymidynę uważa się za identyczne. Podstawy mogą być górne lub
małe litery.

-Txxx Próg wielkości przed przybliżonymi obliczeniami. Metoda najbliższego sąsiada
zostanie użyte tylko wtedy, gdy długość sekwencji będzie mniejsza od tego progu.

-tx.xxe-xx
Stężenie buforu Tris (w tej chwili brak maksymalnego stężenia).
Wpływ jonów na stabilność termodynamiczną kwasu nukleinowego
drukowanie dwustronne jest złożone, a funkcje korygujące są w najlepszym wypadku
przybliżone przybliżenia. Opublikowany wzór korekcji Tm dla jonów sodu
Owczarzy i in al(2008) ma zatem zastosowanie również do buforów zawierających Tris lub
KCl. Jednowartościowe jony K+, Na+, Tris+ stabilizują dupleksy DNA o podobnych właściwościach
potencja i
ich wpływ na stabilność dupleksu jest addytywny. Jednak ta formuła jest przeznaczona tylko dla
DNA
dupleksy. Uważaj, stężenie jonów Tris+ wynosi około połowy całkowitego stężenia
bufor tris
stężenie.

-v Kontroluj tryb szczegółowy, wydając znacznie więcej informacji o bieżącym uruchomieniu (spróbuj
raz, żeby zobaczyć, czy uda ci się uzyskać coś interesującego). Wartość domyślna to WYŁ. Przełącznik
działa w obu znaczeniach. Dlatego jeśli -v został ustawiony w pliku wejściowym, innym -v on
linia poleceń wyłączy tryb szczegółowy (to samo, jeśli dwa -v są włączone
ten sam wiersz poleceń).

-V Wyświetla numer wersji i kończy za pomocą EXIT_SUCCESS.

-x Zmuś program do obliczenia przybliżonego tm na podstawie zawartości G+C. Ta opcja
należy używać ostrożnie. Należy zauważyć, że takie obliczenia są coraz bardziej błędne, gdy
długość dupleksu maleje. Co więcej, nie bierze pod uwagę nukleinowych
stężenie kwasu, co jest poważnym błędem.

ALGORYTM

Termodynamika of cewka spiralna przejście of nukleinowy kwas
Podejście najbliższego sąsiada opiera się na fakcie, że przejście helisa-cewka działa jak
zamek błyskawiczny. Po początkowym przyłączeniu hybrydyzacja rozprzestrzenia się poprzecznie.
Dlatego proces zależy od sąsiednich nukleotydów na każdej nici (Crick's
pary). Dwa dupleksy z tymi samymi parami zasad mogą mieć różną stabilność i tak dalej
wręcz przeciwnie, dwa dupleksy o różnych sekwencjach, ale identycznych zestawach par Cricka
będzie miał te same właściwości termodynamiczne (patrz Sugimoto i in. 1994). Ten program
najpierw oblicza entalpię i entropię hybrydyzacji na podstawie podstawowych parametrów
każdą parę Cricka.

DeltaH = deltaH(inicjacja) + SUMA(deltaH(para Cricka))
DeltaS = deltaS(inicjacja) + SUMA(deltaS(para Cricka))

Szczegółowe recenzje na temat kwasu nukleinowego można znaleźć w Wetmur JG (1991) i SantaLucia (1998).
hybrydyzacji i na innym zestawie parametrów najbliższego sąsiada.

Efekt of niedopasowania i zwisające kończy się
Uwzględniane są również niedopasowane pary. Jednak parametry termodynamiczne
nadal nie są dostępne dla wszystkich możliwych przypadków (zwłaszcza gdy obie pozycje są
niedopasowany). W takim przypadku program, nie mogąc obliczyć żadnego istotnego wyniku, zakończy działanie
z ostrzeżeniem.

Dwie pierwsze pozycje i nie mogą być niedopasowane. w takim przypadku wynik jest taki
nieprzewidywalne i wszystkie przypadki są możliwe. na przykład (patrz Allawi i SanLucia 1997),
dupleks

W
GTGAGCTCAT
TACTCGAGTG
TA

jest bardziej stabilny niż

AGTGAGCTCATT
TTACTCGAGTGA

Można uwzględnić zwisające końce, czyli dopasowane nukleotydy końcowe.

Przykład
DeltaH(
AGCGATGAA-
-CGCTGCTTT
) = DeltaH(AG/-C)+DeltaH(A-/TT)
+DeltaH(initG/C)+DeltaH(initA/T)
+DeltaH(GC/CG)+DeltaH(CG/GC)+2xDeltaH(GA/CT)+DeltaH(AA/TT)
+Delta(niedopasowanie AT/TG) +DeltaG(niedopasowanie TC/GG)

(To samo obliczenie przeprowadza się dla DeltaS)

Połączenia topienie temperatura
Następnie temperaturę topnienia oblicza się ze wzoru:

Tm = DeltaH / (DeltaS + Rx ln ([kwas nukleinowy]/F))
Tm in K (dla [Na+] = 1 M )
+ f([Na+]) - 273.15
korekta dla stężenia soli (jeżeli w składzie znajdują się wyłącznie kationy sodu).
roztworu) i uzyskać temperaturę w stopniach Celsjusza. (W rzeczywistości niektóre poprawki są
bezpośrednio włączone do DeltaS, patrz SanLucia 1998)

Korekta dla dotychczasowy stężenie of nukleinowy kwas
Jeśli stężenie dwóch nici jest podobne, F wynosi 1 w przypadku samouzupełniania
oligonukleotydy, 4 w przeciwnym razie. Jeżeli jedna nić jest w nadmiarze (na przykład w PCR
eksperyment), F wynosi 2 (Właściwie wzór musiałby wykorzystać różnicę
stężenia, a nie stężenie całkowite, lecz jeżeli nadmiar jest wystarczający,
można założyć, że całkowite stężenie jest identyczne ze stężeniem nici
nadmiar).

Należy jednak pamiętać, że MELTING zakłada brak samodzielnego montażu, tj. obliczenia tak
nie należy przyjmować żadnego terminu entropicznego, aby skorygować samouzupełnianie.

Korekta dla dotychczasowy stężenie of sól
Jeśli w roztworze znajdują się tylko jony sodu, możemy zastosować następujące poprawki:

Można wybrać korekcję pomiędzy mokro91a, zaprezentowane w Wetmur 1991 tj.
16.6 x log([Na+] / (1 + 0.7 x [Na+])) + 3.85

san96a zaprezentowane w SantaLucia i in. 1996 tj.
12.5 x log[Na+]

i san98a zaprezentowany w SantaLucia 1998 tj. korekta terminu entropicznego bez
modyfikacja entalpii
DeltaS = DeltaS([Na+]=1M) + 0.368 x (N-1) x ln[Na+]

Gdzie N jest długością dupleksu (SantaLucia 1998 faktycznie użył „N” liczby nie-
końcowe fosforany, czyli skutecznie równe naszemu N-1). UWAGA, ta poprawka jest
przeznaczony do korygowania wartości entropii wyrażonych w cal.mol-1.K-1!!!

Korekta dla dotychczasowy stężenie of jony jeśli chodzi o komunikację i motywację inny jednowartościowy jony taki as Tris+ i K+ or
dwuwartościowy Mg2 + jony jest w dodatku
Jeśli występują tylko jony Na+, możemy zastosować poprawkę na stężenie soli (patrz
powyżej). W odwrotnym przypadku zastosujemy korekcję magnezu i jonów jednowartościowych
z Owczarzy i in. (2008). (tylko dla dupleksów DNA)

[Pon+] = [Na+] + [K+] + [Tris+]

Gdzie [Tris+] = [bufor Tris]/2. (w opcji -t jest to stężenie buforu Tris
który jest wpisany).

Jeśli [Mon+] = 0, jony dwuwartościowe są jedynymi obecnymi jonami
a temperatura topnienia wynosi:

1/Tm(Mg2+) = 1/Tm(1M Na+) + a - bx ln([Mg2+]) + Fgc x (c + dx ln([Mg2+]) + 1/(2 x (Nbp -
1)) x (- e +fx ln([Mg2+]) + gx ln([Mg2+]) x ln([Mg2+]))

gdzie: a = 3.92/100000. b = 9.11/1000000. c = 6.26/100000. d = 1.42/100000. mi =
4.82/10000. f = 5.25/10000. g = 8.31/100000. Fgc to ułamek par zasad GC
sekwencja, a Nbp to długość sekwencji (liczba par zasad).

Jeśli [Mon+] > 0, istnieje kilka przypadków, ponieważ możemy uzyskać konkurencyjne wiązanie DNA
pomiędzy kationami jednowartościowymi i dwuwartościowymi:

Jeśli stosunek [Mg2+]^(0.5)/[Mon+] jest mniejszy niż 0.22, wpływ jonów jednowartościowych jest
dominujące kationy dwuwartościowe można pominąć, a temperatura topnienia wynosi:

1/Tm(Mg2+) = 1/Tm(1M Na+) + (4.29 x Fgc - 3.95) x 1/100000 x ln([mon+]) + 9.40 x 1/1000000
x ln([Pon+]) x ln([Pon+])

gdzie: Fgc jest ułamkiem par zasad GC w sekwencji.

Jeśli stosunek [Mg2+]^(0.5)/[Mon+] uwzględnimy w [0.22, 6[, musimy uwzględnić oba
Stężenia Mg2+ i kationów jednowartościowych. Temperatura topnienia wynosi:

1/Tm(Mg2+) = 1/Tm(1M Na+) + a - bx ln([Mg2+]) + Fgc x (c + dx ln([Mg2+]) + 1/(2 x (Nbp -
1)) x (- e + fx ln([Mg2+]) + gx ln([Mg2+]) x ln([Mg2+]))

gdzie: a = 3.92/100000 x (0.843 - 0.352 x [Pon+]0.5 x ln([Mon+])).
b = 9.11/1000000. c = 6.26/100000.
d = 1.42/100000 x (1.279 - 4.03/1000 x ln([mon+]) - 8.03/1000 x ln([mon+] x
ln([mon+]). e = 4.82/10000. f = 5.25/10000. g = 8.31/100000 x (0.486 -
0.258 x ln([mon+]) + 5.25/1000 x ln([mon+] x ln([mon+] x ln([mon+]).

Fgc to ułamek par zasad GC w sekwencji, a Nbp to długość sekwencji
(Liczba par zasad).

Wreszcie, jeśli stosunek [Mg2+]^(0.5)/[Mon+] jest większy niż 6, wpływ jonów dwuwartościowych jest
dominujące, jednowartościowe kationy można pominąć, a temperatura topnienia wynosi:

1/Tm(Mg2+) = 1/Tm(1M Na+) + a - bx ln([Mg2+]) + Fgc x (c + dx ln([Mg2+]) + 1/(2 x (Nbp -
1)) x (- e + fx ln([Mg2+]) + gx ln([Mg2+]) x ln([Mg2+]))

gdzie: a = 3.92/100000. b = 9.11/1000000. c = 6.26/100000. d = 1.42/100000. mi =
4.82/10000. f = 5.25/10000. g = 8.31/100000.

Fgc to ułamek par zasad GC w sekwencji, a Nbp to długość sekwencji
(Liczba par zasad).

długo sekwencje
Ważne jest, aby zdać sobie sprawę, że ustalono podejście najbliższego sąsiada
małe oligonukleotydy. Dlatego zastosowanie topienia w trybie nieprzybliżonym jest
naprawdę dokładne tylko dla stosunkowo krótkich sekwencji (chociaż jeśli sekwencje są dwie
krótko, powiedzmy < 6 pz, wpływ kończyn staje się zbyt ważny i
niezawodność znacznie spada). Dla długich ciągów zaprojektowano tryb przybliżony.
Tryb ten uruchamiany jest jeżeli długość sekwencji jest większa niż wartość podana w opcji
-T (domyślny próg to 60 bp).

Temperaturę topnienia oblicza się za pomocą następujących wzorów:

DNA/DNA:
Tm = 81.5+16.6*log10([Na+]/(1+0.7[Na+]))+0.41%GC-500/size

DNA/RNA:
Tm = 67+16.6*log10([Na+]/(1.0+0.7[Na+]))+0.8%GC-500/size

RNA/RNA:
Tm = 78+16.6*log10([Na+]/(1.0+0.7[Na+]))+0.7%GC-500/size

Niemniej jednak ten tryb jest strongly zniechęcony.

Różne komentarze
Topienie jest obecnie dokładne tylko wtedy, gdy hybrydyzację przeprowadza się przy pH 71.

Obliczenia obowiązują tylko dla hybrydyzacji przeprowadzanych w środowisku wodnym.
Dlatego użycie środków denaturujących, takich jak formamid, całkowicie unieważnia
wyników.

LITERATURA

Allawi HT, SantaLucia J. (1997). Termodynamika i NMR wewnętrznych niedopasowań GT w
DNA. Biochemia 36: 10581-10594

Allawi HT, SantaLucia J. (1998). Parametry termodynamiki najbliższego sąsiada dla
wewnętrzne niedopasowania GA w DNA. Biochemia 37: 2170-2179

Allawi HT, SantaLucia J. (1998). Termodynamika wewnętrznych niedopasowań CT w DNA.
nukleinowy Kwasy Res 26: 2694-2701.

Allawi HT, SantaLucia J. (1998). Termodynamika najbliższego sąsiada wewnętrznego prądu przemiennego
niedopasowania w DNA: zależność sekwencji i skutki pH. Biochemia 37: 9435-9444.

Bommarito S., Peyret N., SantaLucia J. (2000). Parametry termodynamiczne sekwencji DNA
z wiszącymi końcówkami. nukleinowy Kwasy Res 28: 1929-1934

Breslauer KJ, Frank R., Blóker H., Marky LA (1986). Przewidywanie stabilności dupleksu DNA
z sekwencji podstawowej. Proc Natl akademik Sci USA 83: 3746-3750

Freier SM, Kierzek R., Jaeger JA, Sugimoto N., Caruthers MH, Neilson T., Turner DH
(1986). Ulepszone parametry energii swobodnej do przewidywania stabilności dupleksu RNA.
Biochemia 83: 9373-9377

Owczarzy R., Moreira BG, You Y., Behlke MB, Walder JA (2008) Przewidywanie stabilności
dupleksów DNA w roztworach zawierających magnez i kationy jednowartościowe. Biochemia 47:
5336-5353.

Peyret N., Seneviratne PA, Allawi HT, SantaLucia J. (1999). Najbliższy sąsiad
termodynamika i NMR sekwencji DNA z wewnętrznymi niedopasowaniami AA, CC, GG i TT.
uzależnienie i efekty pH. Biochemia 38: 3468-3477

SantaLucia J. Jr, Allawi HT, Seneviratne PA (1996). Ulepszony najbliższy sąsiad
parametry przewidywania stabilności dupleksu DNA. Biochemia 35: 3555-3562

Sugimoto N., Katoh M., Nakano S., Ohmichi T., Sasaki M. (1994). Dupleksy hybrydowe RNA/DNA
z identycznymi parami zasad najbliższego sąsiada mają identyczną stabilność. LUTY Listy 354:
74-78

Sugimoto N., Nakano S., Katoh M., Matsumura A., Nakamuta H., Ohmichi T., Yoneyama M.,
Sasaki M. (1995). Parametry termodynamiczne do przewidywania stabilności hybrydy RNA/DNA
dupleksy. Biochemia 34: 11211-11216

Sugimoto N., Nakano S., Yoneyama M., Honda K. (1996). Poprawa parametrów termodynamicznych
oraz czynnik inicjacji helisy do przewidywania stabilności dupleksów DNA. NUC Kwasy Res 24:
4501-4505

Watkins NE, Santalucia J. Jr. (2005). Termodynamika najbliższego sąsiada deoksyinozyny
pary w dupleksach DNA. Badania nad kwasami nukleinowymi 33: 6258-6267

Wright DJ, Rice JL, Yanker DM, Znosko BM (2007). Parametry najbliższego sąsiada dla
pary inozyna-urydyna w dupleksach RNA. Biochemia 46: 4625-4634

Xia T., SantaLucia J., Burkard ME, Kierzek R., Schroeder SJ, Jiao X., Cox C., Turner
DH (1998). Parametry termodynamiczne dla rozszerzonego modelu najbliższego sąsiada
tworzenie dupleksów RNA z parami zasad Watsona-Cricka. Biochemia 37: 14719-14735

Aby zapoznać się z recenzją, zobacz:

SantaLucia J. (1998) Ujednolicony pogląd na najbliższe DNA polimerów, hantli i oligonukleotydów
termodynamika sąsiada. Proc Natl akademik Sci USA 95: 1460-1465

SantaLucia J., Hicks Donald (2004) Termodynamika motywów strukturalnych DNA. Annu.
Ks. Biofizyka. Struktura. 33: 415 -440

Wetmur JG (1991) Sondy DNA: zastosowania zasad kwasu nukleinowego
hybrydyzacja. Crit Obrót silnika Biochemiczne Mol Biol 26: 227-259

Korzystaj z topienia online, korzystając z usług onworks.net