Jest to polecenie palinear, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
palinear — wykonaj analizę asocjacji całego genomu przy użyciu modelu liniowego
STRESZCZENIE
palinarny [ wiersza polecenia Opcje ]
OPIS
palinarny efektywnie przeprowadza regresję liniową na dużych zestawach danych imputowanych.
Opcje
Wymagane komenda linia Opcje
-P, --feno FILE
Odczytaj dane fenotypowe z FILE
-ja, --informacje FILE
Przeczytaj informacje o SNP z FILE (np. plik MLINFO).
-D, --dawka FILE
Nazwa pliku predyktora SNP (np. MLDOSE/MLPROB).
Opcjonalnie komenda linia Opcje
-M, --mapa FILE
Nazwa pliku mapy, zawierająca pozycje par bazowych dla każdego SNP.
-N, --nidy LICZBA
Liczba osób do analizy.
-C, --chrom FILE
Chromosom (do przekazania na wyjście).
-o, --na zewnątrz FILE
Nazwa pliku wyjściowego (domyślnie regresja.out.txt ).
-tak, --pomiń LICZBA
Ile kolumn należy pominąć w pliku predyktora (dawka/prob) (domyślnie 2).
-T, --n-cechy LICZBA
Ile cech jest analizowanych (domyślnie 1).
-G, --ngpreds LICZBA
Ile kolumn predykcyjnych na znacznik (domyślnie 1 = MLDOSE; w przeciwnym razie użyj 2 dla MLPROB).
-za, --oddziel FILE
Znak oddzielający pola (domyślnie spacja).
-R, --wynik
Użyj testu punktowego.
-mi, --Bezgłowy
Nie zgłaszaj wiersza nagłówka w danych wyjściowych.
-l --allcov
Raportuj dane szacunkowe dla wszystkich zmiennych towarzyszących (duże dane wyjściowe!).
-B, --interakcja
Którą współzmienną użyć do interakcji z analizą SNP (domyślnie nie
interakcja, 0).
-k, --tylko_interakcja
Jak --interakcja ale bez współzmiennej działającej w interakcji z SNP (domyślnie
brak interakcji, 0).
-v, --mmwynik FILE
Test punktowy w próbkach spokrewnionych osób. Argument PLIK jest nazwą pliku a
plik z odwrotnością macierzy wariancji-kowariancji.
-ty, --solidny
Zgłaszaj solidne (inaczej kanapkowe, inaczej Hubert-White) standardowe błędy.
--help Pomoc do druku.
Korzystaj z palinearu online, korzystając z usług onworks.net
