prof - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

prof - struktura drugorzędowa i predyktor dostępności rozpuszczalnika

STRESZCZENIE

prof.PLIK WEJŚCIOWY+] [OPCJE]

OPIS

Strukturę drugorzędową przewiduje system ocen sieci neuronowych na oczekiwanym poziomie
średnia dokładność > 72% dla trzech stanów helisy, nici i pętli (Rost & Sander, PNAS,
1993, 90, 7558-7562; Rost i Sander, JMB, 1993, 232, 584-599; i Rost & Sander,
Proteins, 1994, 19, 55-72; ocena dokładności). Oceniane na tym samym zbiorze danych,
PROFsec jest oceniany na dziesięć punktów procentowych wyższą dokładnością w trzech stanach niż metody wykorzystujące
tylko informacje o pojedynczej sekwencji io więcej niż sześć punktów procentowych powyżej,
np. metoda wykorzystująca informacje o wyrównaniu na podstawie statystyk (Levin, Pascarella, Argos i
Garnier, Prot. Eng., 6, 849-54, 1993). Prognozy PHDsec mają trzy główne cechy:

1. zwiększona dokładność dzięki informacjom ewolucyjnym z wielu dopasowań sekwencji
2. ulepszone przewidywanie nici beta poprzez zrównoważoną procedurę treningową
3. dokładniejsze przewidywanie segmentów struktury drugorzędowej za pomocą systemu wielopoziomowego

Dostępność rozpuszczalnika jest przewidywana przez ocenę metody sieci neuronowej w korelacji
współczynnik (korelacja między obserwowanym eksperymentalnie a przewidywanym względnym rozpuszczalnikiem)
dostępności) 0.54 zweryfikowanych krzyżowo na zestawie 238 białek globularnych (Rost & Sander,
Proteiny, 1994, 20, 216-226; ocena dokładności). Wyjście sieci neuronowej
kody dla 10 stanów względnej dostępności. Wyrażona w jednostkach różnicy
między przewidywaniem przez modelowanie homologii (najlepsza metoda) a przewidywaniem losowym (najgorszy
metody), PROFacc jest o około 26 punktów procentowych lepszy od porównywalnej sieci neuronowej
przy użyciu trzech stanów wyjściowych (pochowany, pośredni, odsłonięty) i bez informacji z
wiele linii trasowania.

Helisy transbłonowe w integralnych białkach błonowych są przewidywane przez układ nerwowy
sieci. Wadą systemu sieciowego jest to, że często zbyt długie helisy są
przewidywane. Są one odcinane przez filtr empiryczny. Ostateczna prognoza (Rost i in.,
Protein Science, 1995, 4, 521-533; ocena dokładności) ma oczekiwany wynik
dokładność około 95%. Liczba wyników fałszywie dodatnich, tj. helisy transbłonowe
przewidywana w białkach kulistych wynosi około 2%. Przewidywanie sieci neuronowych
helisy transbłonowe (PHDhtm) są udoskonalane przez dynamiczny algorytm podobny do programowania. Ten
metoda zaowocowała poprawnymi przewidywaniami wszystkich helis transbłonowych dla 89% z 131
białka stosowane w teście walidacji krzyżowej; ponad 98% helis transbłonowych było
prawidłowo przewidziane. Wynik tej metody służy do przewidywania topologii, tj
orientacja N-terminu w stosunku do membrany. Oczekiwana dokładność
przewidywanie topologii wynosi > 86%. Dokładność przewidywania jest wyższa niż średnia dla eukariotów
białka i niższy od średniej dla prokariontów. PHDtopologia jest dokładniejsza niż wszystkie
inne metody testowane na identycznych zestawach danych.

Jeśli nie ma opcji pliku wyjściowego (takiej jak --plikRdb or --plikWyjście) otrzymuje format RDB
dane wyjściowe są zapisywane w ./NAZWAPLIKU WEJŚCIOWEGO.prof gdzie „prof” zastępuje rozszerzenie
plik wejściowy. W przypadku braku rozszerzenia do nazwy pliku wejściowego dołączany jest '.prof'.

Wydajność format
Format RDB jest samoopisujący, zobacz przykładowe dane wyjściowe w /share/profphd/prof/exa.

LITERATURA

Rost B. i Sander C. (1994a). Łączenie informacji ewolucyjnych i sieci neuronowych w celu:
przewidzieć drugorzędową strukturę białka. białka, 19(1) 55-72.
Rost, B. i Sander, C. (1994b). Ochrona i przewidywanie dostępności rozpuszczalnika w
rodziny białek. białka, 20(3) 216-26.
Rost B., Casadio R., Fariselli P. i Sander C. (1995). Helisy transbłonowe
przewidywane z dokładnością 95%. Sci białkowe, 4(3) 521-33.

OPCJE

Zobacz każde słowo kluczowe, aby uzyskać dodatkową pomoc. Większość z nich prawdopodobnie zostanie zepsuta.

alternatywne wzorce połączeń (domyślnie=3)

3 przewiduj s + acc + htm

acc przewidzieć dostępność rozpuszczalnika, tylko

ali dodaj wyrównanie do „czytelnych dla człowieka” plików wyjściowych PROF

łuk
architektura systemu (np.: SGI64|SGI5|SGI32|SUNMP|ALPHA)

Ascii
zapisz 'czytelny dla człowieka' plik(i) wyjściowy(e) PROF

Najlepiej
PROF z najlepszą dokładnością i najdłuższym czasem pracy

obie
przewidzieć strukturę drugorzędową i dostępność rozpuszczalnika

dane
dane= dla wyjścia HTML: tylko te części prognoz zostały napisane

debug
przechowuj większość plików pośrednich, drukuj komunikaty debugowania

dirPraca
katalog roboczy, domyślnie: katalog tymczasowy z File::Temp::tempdir. Musi być w pełni
kwalifikowana ścieżka.

Znany z pracy.

zróbEval
Ocena DO dla listy (tylko dla znanych struktur i list)

doFilterHssp
filtrować wejściowy plik HSSP (z wyłączeniem niektórych par)

doHtmfil
NALEŻY filtrować prognozę membranową (domyślnie)

wykonaj
Sprawdź siłę przewidywanej helisy membrany (domyślnie)

doHtmref
Uściślij prognozę membrany (domyślnie)

doHtmtop
Topologia helisy membranowej DO (domyślnie)

dssp
konwertuj PROF na format DSSP

rozszerzać
rozwiń wstawki podczas konwersji danych wyjściowych do formatu MSF

szybki
PROF o najniższej dokładności i najwyższej prędkości

plikCasp
nazwa wyjścia PROF w formacie CASP (plik.caspProf)

plikDssp
nazwa wyjścia PROF w formacie DSSP (plik.dsspProf)

plikHtml
nazwa wyjścia PROF w formacie HTML (plik.htmlProf)

plikMsf
nazwa wyjścia PROF w formacie MSF (plik.msfProf)

plikNotHtm
nazwa pliku z oznaczeniem, że nie znaleziono helisy membrany

plikOut
nazwa wyjścia PROF w formacie RDB (plik.rdbProf)

Znany z pracy.

plikProf
nazwa wyjścia PROF w formacie czytelnym dla człowieka (plik.prof)

Złamany.

plikRdb
nazwa wyjścia PROF w formacie RDB (plik.rdbProf)

Znany z pracy.

plikSaf
nazwa wyjścia PROF w formacie SAF (plik.safProf)

filtrować
filtrować wejściowy plik HSSP (z wyłączeniem niektórych par)

dobry
PROF z dobrą celnością i umiarkowaną szybkością

wykres
dodaj wykres ASCII do „czytelnego dla człowieka” pliku wyjściowego PROF

htm użyj: 'htm= ' daje minimalną wykrytą helisę transbłonową, domyślna wartość to 'htm=0'
(odp. htm=0.8) mniejsze liczby, więcej fałszywie dodatnich i mniej fałszywie ujemnych!

argument html
'hmtl' lub 'html= ' zapis w formacie HTML przewidywania 'html' spowoduje
że wyjście PROF jest konwertowane na HTML 'html=body' ogranicza plik HTML do
Część znacznika HTML_BODY 'html=head' ogranicza plik HTML do części znacznika HTML_HEADER
'html=all' daje zarówno HEADER, jak i BODY

zachowaj konw
zachowaj konwersję pliku wejściowego do formatu HSSP

argument keepFilter
<*|doKeepFilter=1> zachowaj przefiltrowany plik HSSP

zachowaj argument Hssp
<*|doKeepHssp=1> zachowaj pośredni plik HSSP

zachowaj argument NetDb
<*|doKeepNetDb=1> zachowaj pośrednie pliki DbNet

lista argumentów
<*|isList=1> plik wejściowy to lista plików

msf konwertuj PROF na format MSF

miło
podaj 'nice-D', aby ustawić ładną wartość (priorytet) zadania

nieProfHead
NIE kopiuj pliku z tabelami do lokalnego katalogu

brak wyszukiwania
skrót od doSearchFile=0, czyli brak wyszukiwania plików DB

noasci
pomijać pisanie plików wynikowych ASCII (tj. czytelnych dla człowieka)

niehtml
pominąć pisanie plików wynikowych HTML

niemiły
zadanie nie będzie miłe, tzn. nie będzie uruchamiane z niższym priorytetem

nieEval
NIE sprawdzaj dokładności nawet w przypadku znanych struktur

nieHtmfil
NIE filtruj prognozy membrany!

nie czekaj
NIE sprawdzaj, czy helisa membrany jest wystarczająco mocna

nieHtmref
NIE poprawiaj prognozy membrany

nieHtmtop
NIE stosuj topologii helisy membranowej

nresPerLineAli
Liczba znaków używanych w pliku MSF. Domyślnie: 50.

liczbaMin
Minimalna liczba reszt do uruchomienia sieci, w przeciwnym razie prd=symbolPrdShort. Domyślnie: 9.

optJury
Dodaje doktorat do jury. Domyślnie: 'normalny,użyjPHD'.

Wiele innych parametrów zmienia wartość domyślną dla tego jako efekt uboczny, lista to
nie wyczerpujące:

phd, nophd, /^para(3|Both|Sec|Acc|Htm|CapH|CapE|CapHE)/, /^para?/, jct

para3
Plik parametrów dla sec+acc+htm. Domyślnie: ` /net/PROFboth_best.par”.

paraAcc
Plik parametrów dla wg. Domyślnie: ` /net/PROFacc_best.par”.

paraOboje
Plik parametrów dla sec+ac. Domyślnie: ` /net/PROFboth_best.par”.

paraSek
Plik parametrów dla sek. Domyślnie: ` /net/PROFsec_best.par”.

riSubAcc
Minimalny wskaźnik niezawodności (RI) dla podzbioru PROFacc. Domyślnie: 4.

riSubSek
Minimalny wskaźnik niezawodności (RI) dla podzbioru PROFsec. Domyślnie: 5.

riSubSym
Symbol reszt przewidywanych przy RI < riSubSec/Acc. Domyślnie: `.'.

pominąć
problemy, instrukcja, podpowiedzi, notacja, txt, znane, gotowe, data, data, aa, Lhssp, numaa,
kod

saf konwertuj PROF na format SAF

scrAddPomoc
scrCel
przełączanie sieci neuronowych

scrHelpTxt
Akceptowane formaty plików wejściowych:
hssp,dssp,msf,saf,fastamul,pirmul,fasta,pir,gcg,szwajcarski

scrIn
lista_plików (lub pojedynczy plik) plik_parametrów

scrNazwa
prof

scrNarg
2

sec przewidzieć strukturę drugorzędową, tylko

cichy
brak informacji zapisanych na ekranie - jest to ustawienie domyślne

pomińBrak
nie przerywaj, jeśli brakuje pliku wejściowego!

Plik źródłowy
prof

test
to tylko test (szybciej)

przetłumacz-jobid-in-param-wartości
Łańcuch 'jobid' zostaje zastąpiony przez $par{jobid}

tst szybki przebieg programu, niska dokładność

użytkownik
Nazwa Użytkownika

--wersja
Wersja do druku

Korzystaj z prof online za pomocą usług onworks.net