sierp - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

sierp - okienkowe narzędzie do adaptacyjnego przycinania plików FASTQ przy użyciu jakości

STRESZCZENIE

sierp [Opcje]

OPIS

## Stosowanie

Sickle ma dwa tryby pracy zarówno z odczytami sparowanymi, jak i pojedynczymi: `sickle se` i
`sierpowy pe`.

Samo uruchomienie sierpa spowoduje wydrukowanie pomocy:

sierp

Bieganie sierpem za pomocą komend „se” lub „pe” zapewni pomoc specyficzną dla nich
polecenia:

sierp se
sierp pe

### Sierp Pojedynczy Koniec („sierp se”)

`sickle se` pobiera wejściowy plik fastq i wyświetla przyciętą wersję tego pliku. To również
ma opcje zmiany progów długości i jakości przycinania, a także wyłączania
5'-przycinanie i umożliwianie obcinania sekwencji z Ns.

#### Przykłady

sierp se -f input_file.fastq -t illumina -o trimmed_output_file.fastq
sierp se -f input_file.fastq -t illumina -o trimmed_output_file.fastq -q 33 -l 40
sierp se -f input_file.fastq -t illumina -o trimmed_output_file.fastq -x -n
sierp se -t sanger -g -f input_file.fastq -o trimmed_output_file.fastq.gz

### Sparowany koniec sierpa (`sierp pe`)

`sickle pe` może działać z dwoma typami danych wejściowych. Po pierwsze, może zająć dwa sparowane pliki końcowe
jako dane wejściowe i wyjściowe dwa przycięte pliki ze sparowanymi końcami oraz plik „pojedynczy”. Drugi
form zaczyna się od pojedynczego połączonego pliku wejściowego odczytów, w których już się przeplatałeś
odczyty z sekwencera. W tym formularzu podajesz również pojedynczą nazwę pliku wyjściowego jako
jak również jako plik „singli”. Plik „single” zawiera odczyty, które przeszły filtr w jednym z nich
kierunku jazdy do przodu lub do tyłu, ale nie w kierunku przeciwnym. Wreszcie istnieje opcja (-M), aby
utwórz tylko jeden plik wyjściowy z przeplotem, w którym znajdą się wszystkie odczyty, które nie przeszły filtra
wyjście jako rekord FastQ z pojedynczym „N” (którego wartość jakości jest najniższa z możliwych
w oparciu o typ jakości), zachowując w ten sposób sparowany charakter danych. Możesz również
zmienić progi długości i jakości przycinania, a także wyłączyć przycinanie 5' i
włączyć obcinanie sekwencji za pomocą Ns.

#### Przykłady

sierp pe -f input_file1.fastq -r input_file2.fastq -t sanger -o
przycięty plik_wyjściowy1.fastq -p przycięty plik_wyjściowy2.fastq -s przycięty plik_pojedynczy.fastq

sierp pe -f input_file1.fastq -r input_file2.fastq -t sanger -o
przycięty plik_wyjściowy1.fastq -p przycięty plik_wyjściowy2.fastq -s przycięty plik_pojedynczy.fastq
-q 12 -l 15

sierp pe -f input_file1.fastq -r input_file2.fastq -t sanger -o
przycięty plik_wyjściowy1.fastq -p przycięty plik_wyjściowy2.fastq -s przycięty plik_pojedynczy.fastq
-n

sierp pe -c combo.fastq -t sanger -m combo_trimmed.fastq -s
plik_przycięty_singles.fastq -n

sierp pe -t sanger -g -f plik_wejściowy1.fastq -r plik_wejściowy2.fastq -o
trimmed_plik_wyjściowy1.fastq.gz -p trimmed_plik_wyjściowy2.fastq.gz -s
przycięty_singles_file.fastq.gz

sierp pe -c combo.fastq -t sanger -M combo_trimmed_all.fastq

Polecenie: pe przycinanie sekwencji na końcach par se przycinanie sekwencji na jednym końcu

--help, wyświetl tę pomoc i wyjdź --wersja, wypisz informacje o wersji i wyjdź

Korzystaj z sierpa online, korzystając z usług onworks.net