To polecenie snp-sites, które można uruchomić w darmowym dostawcy hostingu OnWorks, korzystając z jednej z wielu naszych darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
snp-sites – wyszukuje witryny snp z pliku wyrównania multi fasta
STRESZCZENIE
snp_sites [-mvph] [-o nazwa_pliku_wyjściowego] [plik wejściowy]
OPIS
Ta aplikacja wykonuje wieloetapowe dopasowanie fasta, znajduje wszystkie miejsca SNP, a następnie generuje
witryny SNP w jednym z następujących formatów:
wielopunktowe ustawienie fasta, VCF, zrelaksowany format Phylipa.
OPCJE
-m
Wyjście pliku wyrównania multi fasta (domyślne)
-v
Wyjście pliku VCF
-p
Wyjście pliku phylip
-o
Określ nazwę pliku wyjściowego
-h
Ten dokument
-V
Pokaż wersję i wyjdź
PRZYKŁADY
snp-sites my-alignment.aln
snp-sites mój-skompresowany-wyrównanie.aln.gz
FORMAT OF THE WEJŚCIE FILE
Pliki wejściowe powinny wyglądać następująco:
>sekwencja_odniesienia
aaccggtt
>sekwencja_porównawcza
AACCGGTT
>inna_sekwencja_porównawcza
AACCGCT
Więcej przykładów znajdziesz na stronie:
https://github.com/sanger-pathogens/snp_sites/tree/master/tests/data
Użyj snp-sites online za pomocą usług onworks.net
