Jest to polecenie TMalign, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
TMalign - dopasowanie struktury białek
STRESZCZENIE
Wyrównaj struktura.pdbcel.pdb[Opcje]
OPIS
TMalign przeprowadza strukturalne dopasowanie białek. Dopasowanie jest oceniane przez TM-
algorytm punktacji.
OPCJE
Po uruchomieniu bez opcji wyświetlane jest podsumowanie poleceń. Z dwiema strukturami białkowymi
prezentowane jako argumenty, wynik TM wykorzystuje długość drugiego białka
znormalizowany. Ostateczne wyrównanie konstrukcyjne jest niezmienne w stosunku do dowolnej z poniższych opcji.
-L numer normalizuje wynik TM o przypisaną długość (w aa)
-a normalizuje wynik TM przez średnią długość dwóch struktur
-b normalizuje wynik TM o długość krótszej z dwóch struktur
-c normalizuje wynik TM o długość dłuższej z dwóch struktur
-o filename Uruchom TM-align i wyprowadź superpozycję do pliku „filename.sup” i
„nazwa pliku.sup_all”. Pliki wyjściowe służą jako skrypty dla programu rasmol. Do
zobacz nałożone struktury wywołania wyrównanych regionów
'rasmol -script TM.sup' Aby wyświetlić nałożone na siebie struktury wszystkich regionów
'rasmol -script TM.sup_all'.
Korzystaj z TMalign online, korzystając z usług onworks.net
