Jest to komenda trimeste, którą można uruchomić u dostawcy darmowego hostingu OnWorks, korzystając z jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
trimest - Usuń ogony poli-A z sekwencji nukleotydowych
STRESZCZENIE
trymestr -sekwencja następna [-minimalna długość liczba całkowita] [-niedopasowania liczba całkowita] [-odwrócić boolean]
[-obniżyć przełącznik] -piątka boolean -nast kolejne
trymestr -Pomoc
OPIS
trymestr to program wiersza poleceń firmy EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Pakiet oprogramowania"). Jest częścią grupy poleceń „Nucleic:Functional sites,Edit”.
OPCJE
Wkład Sekcja
-sekwencja następna
Dodatkowy Sekcja
-minimalna długość liczba całkowita
Jest to minimalna długość, jaką musi mieć ogon poli-A (lub poli-T).
REMOVED. Jeśli są niedopasowania w ogonie, to musi być co najmniej taka długość
ogona poli-A przed niedopasowaniem, aby niedopasowanie można było uznać za część ogona.
Wartość domyślna: 4
-niedopasowania liczba całkowita
Jeśli w ogonie poli-A jest taka liczba lub mniej ciągłych zasad innych niż A, to jeśli
znajdują się przed nimi podstawy „-minlength”, będą one uważane za część ogona
i usunięte. Na przykład terminal 4 A GCAGAAAA zostałby usunięty z
domyślne wartości -minlength=4 i -mismatches=1 (Nie ma co najmniej 4 A przed
ostatnie „G”, a więc tylko A po nim są uważane za część ogona). The
terminal 9 zasad GCAAAAGAAAA zostanie usunięty; Istnieje co najmniej -minlength A
przed ostatnim „G”, więc jest częścią ogona. Wartość domyślna: 1
-odwrócić boolean
Kiedy region poli-T na końcu 5' sekwencji zostanie znaleziony i usunięty, jest to prawdopodobne
że kolejność jest odwrotna. Ta opcja zmieni kolejność na
sens do przodu, kiedy jest zapisany. Jeśli ta opcja nie jest ustawiona, to zrobi to sens
nie ulec zmianie. Wartość domyślna: T
-obniżyć przełącznik
Region poli-A można „zamaskować” przez konwersję znaków sekwencji na małe litery.
Niektóre programy inne niż EMBOSS, np. fasta, mogą interpretować to jako zamaskowany region. The
kolejność pozostaje niezmieniona poza zmianą wielkości liter. Możesz chcieć upewnić się, że
cała sekwencja jest pisana wielkimi literami przed zamaskowaniem określonych regionów małymi literami przez
używając kwalifikatora sekwencji „-kolacja”. Wartość domyślna: N
Zaawansowany Sekcja
-piątka boolean
Jeśli jest to ustawione jako prawda, to koniec 5' sekwencji jest sprawdzany pod kątem ogonów poli-T.
Zostaną one usunięte, jeśli będą dłuższe niż ogony poli-A o długości 3'. Jeśli to nieprawda,
wtedy koniec 5' jest ignorowany. Wartość domyślna: T
Wydajność Sekcja
-nast kolejne
Korzystaj z trimeste online, korzystając z usług onworks.net
