Jest to polecenie dwa, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
twofeat - Znajduje sąsiadujące pary cech w sekwencji (ach)
STRESZCZENIE
dwa wyczyny -sekwencja następna [-źródło ciąg] -typ ciąg [-sens podstęp] [-minscore unosić się]
[-amaxscore unosić się] [-znacznik ciąg] [-wartość ciąg] [-bźródło ciąg] -btyp ciąg
[-bezsensu podstęp] [-bminscore unosić się] [-bmaxscore unosić się] [-btag ciąg]
[-bwartość ciąg] [-zachodzić na siebie podstęp] -minrange liczba całkowita -maksymalny zasięg liczba całkowita
[-typ zakresu podstęp] [-sens podstęp] [-zamówienie podstęp] [-dwa wyjścia przełącznik] -przepisanie ciąg
-plik wyjściowy raport
dwa wyczyny -Pomoc
OPIS
dwa wyczyny to program wiersza poleceń firmy EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Pakiet oprogramowania"). Jest to część grup poleceń „Tabele funkcji”.
OPCJE
Wkład Sekcja
-sekwencja następna
Imię cecha Opcje
-źródło ciąg
Domyślnie dozwolone jest dowolne źródło elementów w tabeli elementów. Możesz ustawić to na
dopasuj dowolne źródło funkcji, na które chcesz zezwolić. Nazwa źródła jest zwykle albo nazwą
programu, który wykrył cechę lub jest to tabela cech (np.: EMBL), która
pochodzi z tej funkcji. W źródle można użyć symbolu wieloznacznego, używając „*”. Jeśli chcesz zezwolić
więcej niż jedno źródło, oddziel ich nazwy znakiem '|', np.: gen* | embl
Domyślna wartość: *
-typ ciąg
Domyślnie każda funkcja w tabeli funkcji jest dozwolona. Możesz ustawić to jako dowolne
typ funkcji, na który chcesz zezwolić. Widzieć http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ aby uzyskać listę
typy funkcji EMBL i patrz Dodatek A do instrukcji obsługi Swissprot w
http://www.expasy.org/sprot/userman.html aby uzyskać listę typów elementów Swissprot.
Typ może być oznaczony symbolem wieloznacznym za pomocą „*”. Jeśli chcesz zezwolić na więcej niż jeden typ,
oddziel ich nazwy znakiem '|', np.: *UTR | intron Wartość domyślna: *
-sens podstęp
Domyślnie dozwolony jest każdy sens funkcji. Możesz to ustawić tak, aby pasowało do wymaganego sensu.
-minscore unosić się
Jeśli jest on większy lub równy maksymalnemu wynikowi, każdy wynik jest dozwolony.
Wartość domyślna: 0.0
-amaxscore unosić się
Jeśli jest to mniej niż lub równa maksymalnej liczbie punktów, każdy wynik jest dozwolony.
Wartość domyślna: 0.0
-znacznik ciąg
Tagi to rodzaje dodatkowych wartości, które może posiadać funkcja. Na przykład w EMBL
tabela funkcji, obiekt typu 'CDS' może mieć tagi '/codon', '/codon_start',
'/db_xref', '/EC_number', '/evidence', '/Exception', '/function', '/gene', '/label',
'/map', '/note', '/number', '/partal', '/product', '/protein_id', '/pseudo',
„/standard_name”, „/translation”, „/transl_except”, „/transl_table” lub „/usedin”.
Niektóre z tych tagów mają również wartości, na przykład „/gen” może mieć wartość
nazwa genu. Domyślnie każdy znacznik funkcji w tabeli funkcji jest dozwolony. Możesz ustawić
to, aby dopasować dowolny tag funkcji, na który chcesz zezwolić. W tagu można użyć symbolu wieloznacznego, używając
'*'. Jeśli chcesz zezwolić na więcej niż jeden tag, oddziel ich nazwy znakiem
'|', np.: gen | etykieta Wartość domyślna: *
-wartość ciąg
Wartości znaczników to wartości skojarzone z oznaczeniem elementu. Tagi to rodzaje dodatków
wartości, jakie może mieć funkcja. Na przykład w tabeli funkcji EMBL typ „CDS”
obiekt może mieć tagi '/codon', '/codon_start', '/db_xref', '/EC_number',
„/dowód”, „/wyjątek”, „/funkcja”, „/gen”, „/etykieta”, „/mapa”, „/notatka”, „/liczba”,
'/partial', '/produkt', '/protein_id', '/pseudo', '/standard_name', '/translation',
„/transl_except”, „/transl_table” lub „/usedin”. Tylko niektóre z tych tagów mogą mieć
wartości, na przykład „/gen” może mieć wartość nazwy genu. Domyślnie dowolny
wartość znacznika funkcji w tabeli funkcji jest dozwolona. Możesz ustawić to, aby pasowało do dowolnego
wartość tagu funkcji, na którą chcesz zezwolić. Wartość tagu może być oznaczona symbolem wieloznacznym za pomocą „*”. Gdyby
chcesz zezwolić na więcej niż jedną wartość tagu, oddziel ich nazwy znakiem
'|', np.: pax* | 10 Wartość domyślna: *
Sekunda cecha Opcje
-bźródło ciąg
Domyślnie dozwolone jest dowolne źródło elementów w tabeli elementów. Możesz ustawić to na
dopasuj dowolne źródło funkcji, na które chcesz zezwolić. Nazwa źródła jest zwykle albo nazwą
programu, który wykrył cechę lub jest to tabela cech (np.: EMBL), która
pochodzi z tej funkcji. W źródle można użyć symbolu wieloznacznego, używając „*”. Jeśli chcesz zezwolić
więcej niż jedno źródło, oddziel ich nazwy znakiem '|', np.: gen* | embl
Domyślna wartość: *
-btyp ciąg
Domyślnie każda funkcja w tabeli funkcji jest dozwolona. Możesz ustawić to jako dowolne
typ funkcji, na który chcesz zezwolić. Widzieć http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ aby uzyskać listę
typy funkcji EMBL i patrz Dodatek A do instrukcji obsługi Swissprot w
http://www.expasy.org/sprot/userman.html aby uzyskać listę typów elementów Swissprot.
Typ może być oznaczony symbolem wieloznacznym za pomocą „*”. Jeśli chcesz zezwolić na więcej niż jeden typ,
oddziel ich nazwy znakiem '|', np.: *UTR | intron Wartość domyślna: *
-bezsensu podstęp
Domyślnie dozwolony jest każdy sens funkcji. Możesz to ustawić tak, aby pasowało do wymaganego sensu.
-bminscore unosić się
Jeśli jest on większy lub równy maksymalnemu wynikowi, każdy wynik jest dozwolony.
Wartość domyślna: 0.0
-bmaxscore unosić się
Jeśli jest to mniej niż lub równa maksymalnej liczbie punktów, każdy wynik jest dozwolony.
Wartość domyślna: 0.0
-btag ciąg
Tagi to rodzaje dodatkowych wartości, które może posiadać funkcja. Na przykład w EMBL
tabela funkcji, obiekt typu 'CDS' może mieć tagi '/codon', '/codon_start',
'/db_xref', '/EC_number', '/evidence', '/Exception', '/function', '/gene', '/label',
'/map', '/note', '/number', '/partal', '/product', '/protein_id', '/pseudo',
„/standard_name”, „/translation”, „/transl_except”, „/transl_table” lub „/usedin”.
Niektóre z tych tagów mają również wartości, na przykład „/gen” może mieć wartość
nazwa genu. Domyślnie każdy znacznik funkcji w tabeli funkcji jest dozwolony. Możesz ustawić
to, aby dopasować dowolny tag funkcji, na który chcesz zezwolić. W tagu można użyć symbolu wieloznacznego, używając
'*'. Jeśli chcesz zezwolić na więcej niż jeden tag, oddziel ich nazwy znakiem
'|', np.: gen | etykieta Wartość domyślna: *
-bwartość ciąg
Wartości znaczników to wartości skojarzone z oznaczeniem elementu. Tagi to rodzaje dodatków
wartości, jakie może mieć funkcja. Na przykład w tabeli funkcji EMBL typ „CDS”
obiekt może mieć tagi '/codon', '/codon_start', '/db_xref', '/EC_number',
„/dowód”, „/wyjątek”, „/funkcja”, „/gen”, „/etykieta”, „/mapa”, „/notatka”, „/liczba”,
'/partial', '/produkt', '/protein_id', '/pseudo', '/standard_name', '/translation',
„/transl_except”, „/transl_table” lub „/usedin”. Tylko niektóre z tych tagów mogą mieć
wartości, na przykład „/gen” może mieć wartość nazwy genu. Domyślnie dowolny
wartość znacznika funkcji w tabeli funkcji jest dozwolona. Możesz ustawić to, aby pasowało do dowolnego
wartość tagu funkcji, na którą chcesz zezwolić. Wartość tagu może być oznaczona symbolem wieloznacznym za pomocą „*”. Gdyby
chcesz zezwolić na więcej niż jedną wartość tagu, oddziel ich nazwy znakiem
'|', np.: pax* | 10 Wartość domyślna: *
Cecha relacja Opcje
-zachodzić na siebie podstęp
Pozwala to określić dozwolone nakładanie się funkcji A i B. Możesz zezwolić
dowolne lub żadne nakładanie się, określić, że muszą lub nie mogą się nakładać, że muszą lub nie muszą się pokrywać;
nie być całkowicie zamkniętym w innej funkcji. Wartość domyślna: A
-minrange liczba całkowita
Jeśli wartość ta jest większa lub równa „maxrange”, to nie jest określony żaden minimalny ani maksymalny zakres
-maksymalny zasięg liczba całkowita
Jeśli jest on mniejszy lub równy „minrange”, to nie jest określony żaden minimalny ani maksymalny zakres
-typ zakresu podstęp
Pozwala to określić pozycje, od których dozwolone minimum lub maksimum
mierzona jest odległość między cechami Wartość domyślna: N
-sens podstęp
Pozwala to określić wymagany zwrot, w którym obie funkcje muszą być włączone. Ten
jest ignorowane (zawsze 'Dowolny') podczas patrzenia na cechy sekwencji białka. Wartość domyślna: A
-zamówienie podstęp
Pozwala to określić wymaganą kolejność dwóch funkcji. Zamówienie jest
mierzone od pozycji początkowych cech. To kryterium jest zawsze stosowane
pomimo wymaganego określonego typu zakładki. Wartość domyślna: A
Wydajność Sekcja
-dwa wyjścia przełącznik
Jeśli ustawisz to jako prawdziwe, same dwie funkcje zostaną zapisane. Gdyby
jeśli zostanie to fałszywe, zostanie wypisana jedna cecha, obejmująca obie
znalezione funkcje. Wartość domyślna: N
-przepisanie ciąg
Jeśli określiłeś, że znalezione pary cech powinny być zgłaszane jako
jedną cechę w danych wyjściowych, możesz określić nazwę „typu” nowej funkcji
tutaj. Domyślnie każda funkcja w tabeli funkcji jest dozwolona. Widzieć
http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ aby zapoznać się z listą typów funkcji EMBL i zobacz
Dodatek A do instrukcji obsługi Swissprot w http://www.expasy.org/sprot/userman.html
aby uzyskać listę typów elementów Swissprot. Jeśli określisz nieprawidłowy typ funkcji
name, używana jest nazwa domyślna „misc_feature”. Wartość domyślna: misc_feature
-plik wyjściowy raport
Korzystaj z twofeate online za pomocą usług onworks.net
