xml2dsr — online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

xml2dsr — konwertuje plik DICOM SR i zestaw danych do formatu XML

STRESZCZENIE

xml2dsr [opcje] xmlfile-in dsrfile-out

OPIS

Połączenia xml2dsr Narzędzie konwertuje zawartość dokumentu XML (Extensible Markup Language).
do formatu DICOM Structured Reporting (SR) (format pliku lub surowy zbiór danych). Schemat XML
dsr2xml.xsd nie ma jeszcze żadnego standardowego formatu. Jednakże xml2dsr aplikacja
może zostać w przyszłości udoskonalony w tym aspekcie (np. poprzez obsługę HL7/CDA - Clinical
Architektura Dokumentu).

Odpowiedni plik XML można utworzyć za pomocą dsr2xml narzędzie (opcja +Xn zalecane do
dodaj deklarację przestrzeni nazw XML do elementu głównego).

PARAMETRY

xmlfile-in Nazwa pliku wejściowego XML do konwersji (stdin: "-")

dsrfile-out Nazwa pliku wyjściowego DICOM SR

OPCJE

ogólny Opcje
-h --pomoc
wydrukuj ten tekst pomocy i wyjdź

--wersja
wydrukuj informacje o wersji i wyjdź

--argumenty
wypisz rozszerzone argumenty wiersza poleceń

-q --cichy
tryb cichy, drukuj bez ostrzeżeń i błędów

-v --pełne
tryb szczegółowy, szczegóły przetwarzania wydruku

-d --debuguj
tryb debugowania, drukuj informacje debugowania

-ll --log-level [poziom] poziom: ciąg znaków
(krytyczny, błąd, ostrzeżenie, informacje, debugowanie, śledzenie)
użyj poziomu l dla rejestratora

-lc --log-config [f]nazwa_pliku: ciąg
użyj pliku konfiguracyjnego f dla loggera

wkład Opcje
kodowanie:

+Ee --szablon-koperty
Element szablonu zawiera elementy treści

przetwarzanie Opcje
walidacja:

+ Vs --sprawdzanie-schematu
sprawdzić poprawność dokumentu XML względem schematu
(nie z --template-envelope)

# wymaga skompilowania biblioteki libxml z obsługą schematu XML

+Vn --check-przestrzeń nazw
sprawdź przestrzeń nazw XML w katalogu głównym dokumentu

unikalne identyfikatory:

+Ug --generuj-nowe-uidy
wygeneruj nowy identyfikator UID instancji badania/serii/SPO

-Uo --nie-nadpisuj-uidów
nie zastępuj istniejących identyfikatorów UID (domyślnie)

+Uo --nadpisywanie-uidów
nadpisać istniejące identyfikatory UID

wydajność Opcje
format pliku wyjściowego:

+F --zapisz-plik
zapisz format pliku (domyślny)

-F --zapisz-zbiór danych
zapisz zestaw danych bez informacji meta pliku

składnia transferu danych wyjściowych:

+t= --write-xfer-to samo
pisz z tym samym TS co wejście (domyślnie)

+te --write-xfer-mało
pisz z wyraźnym VR little endian TS

+tb --write-xfer-duży
pisz z wyraźnym VR big endian TS

+ti --write-xfer-implicit
pisz z niejawnym VR little endian TS

+td --write-xfer-opróżnione
pisz z deflowanym wyraźnym VR little endian TS

reprezentacje wartości po 1993 roku:

+u --enable-new-vr
włącz obsługę nowych VR (UN/UT) (domyślnie)

-u --wyłącz-nowy-vr
wyłącz obsługę nowych VR, przekonwertuj na OB

kodowanie długości grupy:

+g= --przeliczenie-długości-grupy
przelicz długości grup, jeśli są obecne (domyślnie)

+g --grupa-długość-utwórz
zawsze pisz z elementami długości grupy

-g --grupa-długość-usuń
zawsze pisz bez elementów długości grupy

kodowanie długości w sekwencjach i elementach:

+e --długość-wyraźna
pisz z wyraźnymi długościami (domyślnie)

-e --długość-nieokreślona
pisz z nieokreślonymi długościami

dopełnienie końcowe zestawu danych (nie z opcją --write-dataset):

-p= --dopełnienie-zachowaj
nie zmieniaj wypełnienia (domyślnie, jeśli nie --write-dataset)

-p --wypełnienie-off
bez dopełnienia (domyślnie, jeśli --write-dataset)

+p --padding-create [plik-pad] [i]tem-pad: liczba całkowita
wyrównaj plik na wielokrotność f bajtów
i pozycje na wielokrotności i bajtów

poziom kompresji deflate (tylko z opcją --write-xfer-deflated):

+cl --poziom kompresji [poziom]: liczba całkowita (domyślnie: 6)
0=bez kompresji, 1=najszybszy, 9=najlepsza kompresja

UWAGI

DICOM Zgodność
Połączenia xml2dsr narzędzie obsługuje następujące klasy SOP:

SpektaklReceptaRaportPrzechowywanie 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.78.6
Plamka Siatka Grubość I Objętość Raport Przechowywanie 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.79.1
Podstawowy tekstSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.11
Rozszerzona pamięć SRS 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.22
Kompleksowe przechowywanie SRS 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.33
Kompleksowa pamięć 3DSRS 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.34
ProceduraLogStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.40
MammografiaCADSRSprzechowywanie 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.50
KeyObjectSelectionDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.59
SkrzyniaCADSRSpamięć 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.65
Promieniowanie XPromieniowanieDawkaSRSprzechowywanie 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.67
Radiofarmaceutyk Dawka promieniowania SRSprzechowywanie 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.68
ColonCADSRSprzechowywanie 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.69
ImplantacjaPlanSRDokumentPrzechowywanie 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.70

Należy pamiętać, że obecnie obsługiwane są tylko atrybuty obowiązkowe i niektóre opcjonalne.

Postać kodowanie
Kodowanie znaków DICOM jest określane automatycznie na podstawie elementu ze znacznikiem
„0008,0005” (specyficzny zestaw znaków) — jeśli występuje. Następujące zestawy znaków są
obecnie obsługiwane (wymaga libxml zawierać iconv wsparcie, zob --wersja wyjście):

ASCII (ISO_IR 6) (UTF-8)
UTF-8 "ISO_IR 192" (UTF-8)
ISO łaciński 1 „ISO_IR 100” (ISO-8859-1)
ISO łaciński 2 „ISO_IR 101” (ISO-8859-2)
ISO łaciński 3 „ISO_IR 109” (ISO-8859-3)
ISO łaciński 4 „ISO_IR 110” (ISO-8859-4)
ISO łaciński 5 „ISO_IR 148” (ISO-8859-9)
Cyrylica „ISO_IR 144” (ISO-8859-5)
Arabski „ISO_IR 127” (ISO-8859-6)
Grecki „ISO_IR 126” (ISO-8859-7)
Hebrajski „ISO_IR 138” (ISO-8859-8)

Wiele zestawów znaków nie jest obsługiwanych (tylko pierwsza wartość właściwości „Specific Character
Set' służy do kodowania znaków w przypadku krotności wartości).

Kompresja
Jeśli libxml jest skompilowany z obsługą zlib, plik wejściowy (plik xml) może też być
skompresowane za pomocą ZIP, co zwykle skutkuje znacznie mniejszymi plikami. Zobacz wyjście opcji
--wersja w celu sprawdzenia, czy dostępna jest obsługa zlib.

Ograniczenia
Schemat XML dsr2xml.xsd nie obsługuje wszystkich odmian dsr2xml format wyjściowy.
Jednak domyślny format wyjściowy (plus opcja --use-xml-przestrzeń nazw) powinno działać.

Różne wersje libxml wydają się mieć różne limity maksymalnej długości pliku an
Wartość elementu XML. Dlatego należy unikać używania bardzo długich wartości elementów. A
typowy limit dla libxml w wersji 2.7.3 (i nowszych) wynosi 10 MB dla pojedynczej wartości elementu.

LOGOWANIE

Poziom rejestrowania danych wyjściowych różnych narzędzi wiersza poleceń i podstawowych bibliotek może:
być określony przez użytkownika. Domyślnie w standardzie zapisywane są tylko błędy i ostrzeżenia
strumień błędów. Korzystanie z opcji --gadatliwy także komunikaty informacyjne, takie jak szczegóły przetwarzania
Jest zgłoszony. Opcja --odpluskwić można wykorzystać, aby uzyskać więcej szczegółów na temat działalności wewnętrznej,
np. do celów debugowania. Inne poziomy rejestrowania można wybrać za pomocą opcji --Dziennik-
poziom, w --cichy w trybie zgłaszane są tylko błędy krytyczne. W tak bardzo poważnych błędach,
aplikacja zwykle kończy się. Aby uzyskać więcej informacji na temat różnych poziomów rejestrowania,
patrz dokumentacja modułu 'oflog'.

W przypadku, gdy dane wyjściowe logowania powinny być zapisywane do pliku (opcjonalnie z rotacją logów),
do syslog (Unix) lub opcji dziennika zdarzeń (Windows) --log-config może być użyty. Ten
plik konfiguracyjny pozwala również na kierowanie tylko niektórych komunikatów na określone wyjście
strumienia i do filtrowania niektórych wiadomości na podstawie modułu lub aplikacji, w której są
Są generowane. Przykładowy plik konfiguracyjny znajduje się w /logger.cfg.

COMMAND LINE

Wszystkie narzędzia wiersza poleceń używają następującej notacji dla parametrów: nawiasy kwadratowe otocz
wartości opcjonalne (0-1), trzy końcowe kropki oznaczają, że dozwolone są różne wartości
(1-n), kombinacja obu oznacza od 0 do n wartości.

Opcje wiersza poleceń są odróżniane od parametrów przez wiodący znak '+' lub '-',
odpowiednio. Zazwyczaj kolejność i pozycja opcji wiersza poleceń są dowolne (tzn
może pojawić się w dowolnym miejscu). Jeśli jednak opcje wzajemnie się wykluczają, najbardziej odpowiedni wygląd
jest używany. To zachowanie jest zgodne ze standardowymi regułami oceny powszechnych powłok uniksowych.

Ponadto jeden lub więcej plików poleceń można określić za pomocą znaku „@” jako przedrostka do
nazwa pliku (np. @komenda.txt). Taki argument polecenia jest zastępowany treścią
odpowiedni plik tekstowy (wiele białych znaków jest traktowanych jako pojedynczy separator, chyba że
pojawiają się między dwoma cudzysłowami) przed dalszą oceną. Proszę to zanotować
plik poleceń nie może zawierać innego pliku poleceń. To proste, ale skuteczne podejście
pozwala podsumować typowe kombinacje opcji/parametrów i uniknąć długich i
mylące wiersze poleceń (przykład znajduje się w pliku) /dumppat.txt).

ŚRODOWISKO

Połączenia xml2dsr narzędzie spróbuje załadować słowniki danych DICOM określone w
ŚCIEŻKA DDMDICT Zmienna środowiskowa. Domyślnie, tj. jeśli ŚCIEŻKA DDMDICT zmienna środowiskowa
nie jest ustawiony, plik /dicom.dic zostanie załadowany, chyba że słownik zostanie zbudowany
do aplikacji (domyślnie dla Windows).

Preferowane jest zachowanie domyślne, a ŚCIEŻKA DDMDICT tylko zmienna środowiskowa
używane, gdy wymagane są alternatywne słowniki danych. ten ŚCIEŻKA DDMDICT zmienna środowiskowa
ma taki sam format jak powłoka uniksowa PATH zmienna, w której oddziela się dwukropek (':')
wpisy. W systemach Windows średnik (';') jest używany jako separator. Słownik danych
kod spróbuje załadować każdy plik określony w ŚCIEŻKA DDMDICT Zmienna środowiskowa. Ono
jest błędem, jeśli nie można załadować słownika danych.

Korzystaj z xml2dsr online, korzystając z usług onworks.net