Jest to polecenie xplor2gmx, które można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
xplor2gmx - Konwersja ograniczeń odległości XPLOR do formatu Gromacs
STRESZCZENIE
xplor2gmx (pozostałość zrównoważyć) wejście.pdb
OPIS
xplor2gmx odczytuje plik wejściowy XPLOR z danymi ograniczenia odległości, jak to czasami można znaleźć w
baza danych pdb (http://www.pdb.org). Z tego pliku wejściowego powinny być restrinty dwuścienne
usunięte, tak że pozostają tylko ograniczenia odległości. Skrypt może obsługiwać niejednoznaczne
ograniczenia. Konwertuje ograniczenia odległości do formatu GROMACS.
Plik ograniczeń (.dat) powinien być dostarczony w STDIN, a odpowiedni plik wyjściowy (.itp)
wysłane do STDOUT.
PRZYKŁADY
xplor2gmx.pl 33 conf.pdb < ograniczenia.dat > disre.itp
OPCJE
xplor2gmx wymaga dwóch opcji wiersza poleceń: po pierwsze, przesunięcie pozostałości (liczba całkowita); drugi,
nazwa pliku .pdb. Plik pdb musi mieć poprawne numery atomów.
Korzystaj z xplor2gmx online, korzystając z usług onworks.net
