To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie BamBam, której najnowszą wersję można pobrać jako bambam-1.4.tgz. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie BamBam z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
BamBam
Ad
OPIS
BamBam zawiera liczne narzędzia do analizy danych sekwencjonowania DNA nowej generacji. Dostępne są narzędzia do wywoływania SNP i indel, identyfikowania delecji na dużą skalę, tabelaryzowania zmapowanych odczytów, analizy metylacji i innych.
Zależy od SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/) i BAMtools (https://github.com/pezmaster31/bamtools). Używa również BioPerl, który jest zawarty w archiwum tar.
Korzyści
- zadzwoń do SNP i indel
- imputować genotypy
- buduj sekwencje konsensusu
- sporządzić tabelę liczby zmapowanych odczytów (sekwencja RNA)
- wywnioskować fazowanie haplotypów z grupowaniem K-średnich
- analizować metylację DNA (sekwencjonowanie wodorosiarczynem)
Publiczność
Nauka/Badania
Język programowania
Perla, C++
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/bambam/. Jest hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
