Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie BiomeNet, działająca w systemie Linux online, której najnowszą wersję można pobrać w formacie BiomeNet.zip. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie BiomeNet, która będzie działać bezpłatnie w systemie Linux online z OnWorks.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
BiomeNet do działania w systemie Linux online
Ad
OPIS
Metagenomika dostarcza ogromnej liczby sekwencji drobnoustrojów, którym można przypisać funkcję metaboliczną. Wykorzystanie takich danych do wnioskowania o rozbieżności metabolicznej na poziomie społeczności jest utrudnione przez brak odpowiednich ram statystycznych. Tutaj opisujemy nowy hierarchiczny model bayesowski, zwany BiomeNet (wnioskowanie bayesowskie o sieciach metabolicznych), do wnioskowania o różnym rozpowszechnieniu sieci metabolicznych wśród społeczności drobnoustrojów. Aby wywnioskować strukturę interakcji metabolicznych na poziomie społeczności, BiomeNet stosuje ramy modelowania mieszanego członkostwa do informacji o obfitości enzymów. Podstawową ideą jest to, że składniki mieszaniny modelu (reakcje metaboliczne, podsieci i sieci) są wspólne dla wszystkich grup (próbki mikrobiomu), ale proporcje mieszaniny różnią się w zależności od grupy. Dzięki tej strukturze model może przechwytywać zagnieżdżone struktury w danych. BiomeNet jest unikalny w modelowaniu każdej próbki metagenomu jako mieszaniny złożonych systemów metabolicznych (metabosystemów).Publiczność
Nauka/Badania
Język programowania
C++, S/R
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/biomenet/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
