To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie BLAST Ring Image Generator, której najnowszą wersję można pobrać jako BRIG-0.95-dist.zip. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie BLAST Ring Image Generator z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
Generator obrazu pierścienia BLAST
OPIS
BRIG to wieloplatformowa aplikacja (Windows/Mac/Unix), która może wyświetlać cykliczne porównania dużej liczby genomów, z naciskiem na obsługę danych składania genomu.Proszę zacytować artykuł BRIG, jeśli BRIG jest używany do generowania danych do publikacji: NF Alikhan, NK Petty, NL Ben Zakour, SA Beatson (2011) BLAST Ring Image Generator (BRIG): simple prokaryote genome Compares, BMC Genomics, 12:402. PMID: 21824423
Funkcjonalności
- Obrazy pokazują podobieństwo między centralną sekwencją odniesienia a innymi sekwencjami jako koncentrycznymi pierścieniami.
- BRIG wykona wszystkie porównania BLAST i parsowanie plików automatycznie za pomocą prostego GUI.
- Granice kontigów i zasięg odczytu mogą być wyświetlane dla szkiców genomów; można wyświetlać dostosowane wykresy i adnotacje.
- Wykorzystując zdefiniowany przez użytkownika zestaw genów jako dane wejściowe, BRIG może wyświetlać obecność genów, ich brak, skrócenie lub zmienność sekwencji w zestawie kompletnych genomów, szkicach genomów, a nawet surowych, niezmontowanych danych sekwencji.
- BRIG akceptuje również pliki mapowania odczytu w formacie SAM, umożliwiające jednoczesne porównanie regionów genomowych obecnych w niezmontowanych danych sekwencji z wielu próbek
Publiczność
Nauka/Badania
Język programowania
Java
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/brig/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
