Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie CAMPARI do działania w systemie Linux online, której najnowszą wersję można pobrać w formacie campari_v3_09052017.zip. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie CAMPARI, która będzie działać bezpłatnie w systemie Linux online z OnWorks.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
CAMPARI do uruchomienia w systemie Linux online
Ad
OPIS
Z dumą przedstawiamy wersję 3 CAMPARI. Jest to duży krok w stosunku do wersji 2, przede wszystkim ze względu na kompleksową obsługę OpenMP (równoległość wątków) oraz znaczną poprawę zarówno użyteczności, jak i wydajności. Ponownie dodaliśmy także szereg nowych algorytmów z najnowszej literatury, a CAMPARI oczywiście w dalszym ciągu wspiera paradygmat pola siłowego ABSINTH i ukryty model solwatacji.CAMPARI to wspólny pakiet do wykonywania i analizowania symulacji molekularnych, w szczególności polimerów o znaczeniu biologicznym. Koncentruje się na szerokiej dostępności algorytmów (zaawansowanego) próbkowania i umożliwia płynne łączenie próbkowania Monte Carlo i dynamiki molekularnej. CAMPARI oferuje użytkownikowi bardzo wysoki poziom kontroli nad wszystkimi zaimplementowanymi funkcjami. Więcej informacji i funkcji można znaleźć na stronie głównej projektu pod adresem http://campari.sourceforge.net. Wersja 2 nie jest już aktywnie utrzymywana, ale wersja ostateczna jest nadal dostępna.
Funkcjonalności
- Łączone próbkowanie MC i MD, MD w przestrzeni kartezjańskiej lub skrętnej/sztywnej
- Wydajna równoległość OpenMP wszystkich podstawowych procedur energii/siły
- Analiza w locie lub wykonanie jako narzędzie do analizy trajektorii (również równolegle)
- Wiele wbudowanych procedur analizy (DSSP, mapy kontaktów, funkcje korelacji par itp.)
- Obsługa kilku grupowania strukturalnego i powiązanych algorytmów wraz z analizami modelu stanu Markowa
- W pełni udokumentowane (html), a ponadto dostarczane z 13 samouczkami
- Bardzo wysoki poziom kontroli (np. niestandardowe ograniczenia holonomiczne w MD)
- Szerokie wsparcie dla równoległych technik symulacji wielu replik, takich jak wymiana replik w hybrydowym wykonywaniu równoległym MPI/OpenMP
- Samodzielne narzędzie do analizy dla klastrów/modeli stanu Markowa
Publiczność
Nauka/Badania
Interfejs użytkownika
Konsola/Terminal
Język programowania
Fortran
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/campari/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
