Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie ChIP-RNA-seqPRO do działania w systemie Linux online, której najnowszą wersję można pobrać jako cloudclientID.zip. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie ChIP-RNA-seqPRO, która będzie działać bezpłatnie w systemie Linux online z OnWorks.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
ChIP-RNA-seqPRO do uruchomienia w systemie Linux online
OPIS
ChIP-RNA-seqPRO: Strategia identyfikacji regionów deregulacji epigenetycznej związanych z nieprawidłowym składaniem transkryptów i miejscami edycji RNA. Uruchamialne skrypty Pythona spakowane razem z dostosowanymi bibliotekami adnotacji, wprowadzaniem danych demonstracyjnych i przewodnikiem README.9/26: v1.1 Zaktualizowano MAIN_IV w celu debugowania błędu generowanego przez pandy Pythona, które nie obsługują już „podzbioru”.
Ten kod nie będzie już tutaj aktywnie utrzymywany/aktualizowany. Dostępny jest już zasób oparty na chmurze do analizy porównawczej zestawów danych epigenetycznych, zmienności sekwencji i ekspresji. Odwiedź Cloudomics, projekt dotyczący zasobów w chmurze: https://sourceforge.net/projects/cloudomics-for-aws/
Funkcje
- Narzędzie do analizy porównawczej szerokiej gamy sparowanych zestawów danych próbek epigenomicznych (ChIPseq, MBDseq itp.) i opartych na sekwencjonowaniu RNA
- Jeśli używasz tego narzędzia lub dowolnej biblioteki adnotacji, dołącz następujące odniesienie: Champion M., Hlady R., Yan H., Evans J., Nie J., Lee J., Bogenberger J., Nandakumar K., Davila J., Moore R., Nair A., O'Brien D., Zhu Y., Kortüm K., Ordog T., Zhang Z., Joseph R., Kocher J., Jonasch E., Robertson K., Tibes R. i H. Ho T. (2015). Strategie bioinformatyczne do identyfikacji regionów deregulacji epigenetycznej związanych z nieprawidłowym składaniem transkryptów i edycją RNA. W Proceedings of the International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, strony 163-170. DOI: 10.5220/0005248001630170
Publiczność
Nauka/Badania
Język programowania
Powłoka uniksowa, Python
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/chiprnaseqpro/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
