Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie CIMS, której najnowszą wersję można pobrać jako CIMS.v1.0.5.tgz. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie CIMS z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
CIMS
OPIS
Ten pakiet zawiera skrypty do wykrywania statystycznie powtarzalnych miejsc mutacji wywołanych sieciowaniem (CIMS) i miejsc obcięcia wywołanych sieciowaniem (CITS) na podstawie danych HITS-CLIP.
Referencje:
Moore, M.*, Zhang, C.*, Gantman, EC, Mele, A., Darnell, JC, Darnell, RB 2014. Mapowanie interakcji argonautów i konwencjonalnych białek wiążących RNA z RNA przy rozdzielczości pojedynczego nukleotydu przy użyciu HITS-CLIP oraz analiza CIMS. Protokoły Nat, 9:263-293.
Zhang, C.†, Darnell, RB† 2011. Mapowanie interakcji białko-RNA in vivo w rozdzielczości pojedynczego nukleotydu na podstawie danych HITS-CLIP. Nat. Biotechnologia. 29:607-614.
Funkcjonalności
- Mapowanie surowych odczytów CLIP do genomu referencyjnego (za pomocą novoalign)
- Zapadanie się duplikatów PCR z różnymi modelami w zależności od obecności losowych kodów kreskowych
- Cluster CLIP tagi do identyfikacji klastrów i określenia wysokości pików
- Śledzenie mutacji (insercje, delecje i substytucje) w unikalnych tagach CLIP
- Identyfikacja silnych miejsc mutacji indukowanych wiązaniami krzyżowymi (CIMS)
- Identyfikacja silnych miejsc obcięcia wywołanych wiązaniem krzyżowym (CITS) z BrdU-CLIP, iCLIP lub innych podobnych odmian
Publiczność
Zaawansowani użytkownicy końcowi
Interfejs użytkownika
Wiersz poleceń
Język programowania
Perl
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/ngs-cims/. Jest hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
